ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.036 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.015, 0.050, 0.086, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.050 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.015, 0.055, 0.095, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.055 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.014, 0.059, 0.104, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.059 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.021, 0.072, 0.123, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.072 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.026, 0.085, 0.143, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.085 std_dev=0.059
OP1 B 0, 0.040, 0.106, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.106 std_dev=0.066
P A 0, 0.028, 0.096, 0.164, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.096 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.036, 0.118, 0.199, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.118 std_dev=0.082
OP1 A 0, 0.040, 0.124, 0.208, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.124 std_dev=0.084
OP2 A 0, 0.056, 0.142, 0.228, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.142 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.056, 0.152, 0.248, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.152 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.042, 0.142, 0.242, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.142 std_dev=0.100
P B 0, 0.046, 0.165, 0.284, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.165 std_dev=0.119
O5' B 0, 0.064, 0.208, 0.352, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.208 std_dev=0.144
C5' B 0, 0.081, 0.254, 0.427, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.254 std_dev=0.173
C6 B 0, 0.091, 0.266, 0.442, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.266 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.096, 0.278, 0.460, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.278 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.090, 0.286, 0.483, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.286 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.093, 0.296, 0.499, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.296 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.114, 0.350, 0.587, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.350 std_dev=0.236
C1' B 0, 0.108, 0.345, 0.582, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.345 std_dev=0.237
OP2 B 0, 0.041, 0.281, 0.522, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.281 std_dev=0.240
C3' B 0, 0.112, 0.355, 0.597, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.355 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.133, 0.380, 0.627, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.380 std_dev=0.247
N4 B 0, 0.140, 0.397, 0.655, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.397 std_dev=0.257
C2' B 0, 0.122, 0.392, 0.662, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.392 std_dev=0.270
O3' B 0, 0.127, 0.407, 0.688, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.407 std_dev=0.280
O2' B 0, 0.122, 0.414, 0.705, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.414 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.140, 0.446, 0.751, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.446 std_dev=0.305
N3 B 0, 0.155, 0.464, 0.774, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.464 std_dev=0.310
O2 B 0, 0.151, 0.518, 0.885, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.518 std_dev=0.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.05 0.00
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01
N4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.02 0.03 0.02
O2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.05
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.14 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.01
O5' 0.04 0.07 0.01 0.04 0.10 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.11 0.05 0.02 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.10 0.11 0.04 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.10 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01
C2 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.10 0.01
C2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00
C3' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.02 0.07 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.08 0.00
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.10 0.01
C4' 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.00 0.09 0.02
C5 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.14 0.02
C5' 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.05 0.07 0.04 0.04 0.08 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03
C6 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01
N1 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.12 0.00
N3 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03 0.04 0.08 0.01
N4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.01
O2 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.08 0.01
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00
O3' 0.03 0.07 0.02 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01
O4' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01
O5' 0.07 0.02 0.07 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.00 0.10
OP1 0.09 0.11 0.09 0.07 0.12 0.06 0.11 0.05 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.08 0.06 0.06 0.06 0.03 0.15 0.06
OP2 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.02 0.01 0.11 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.11 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.12 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.10 0.08 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.09 0.08 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.10 0.06 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.04 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.11 0.06 0.02
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.10 0.09 0.02
O2 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.11 0.04 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.04
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.01 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.14 0.12 0.11 0.06 0.10 0.05 0.09 0.02 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.02 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.10 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00