ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48060

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.010, 0.034, 0.059, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C2' A 0, -0.009, 0.088, 0.185, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.088 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.027, 0.142, 0.257, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.142 std_dev=0.115
O4' A 0, 0.013, 0.156, 0.299, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.156 std_dev=0.143
P B 0, 0.055, 0.253, 0.452, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.253 std_dev=0.198
C3' A 0, 0.047, 0.257, 0.467, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.210
C4' A 0, 0.069, 0.315, 0.560, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.315 std_dev=0.245
O3' A 0, 0.097, 0.439, 0.781, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.439 std_dev=0.342
C5' A 0, 0.133, 0.499, 0.866, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.499 std_dev=0.366
OP1 B 0, 0.175, 0.610, 1.045, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.610 std_dev=0.435
OP2 B 0, 0.212, 0.738, 1.264, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.738 std_dev=0.526
O5' B 0, 0.194, 0.758, 1.323, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.758 std_dev=0.565
O5' A 0, 0.278, 0.982, 1.686, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.982 std_dev=0.704
C5' B 0, 0.369, 1.262, 2.155, 1.942 max_d=1.942 avg_d=1.262 std_dev=0.893
C5 B 0, 0.403, 1.742, 3.082, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.742 std_dev=1.340
C4' B 0, 0.565, 1.950, 3.336, 3.088 max_d=3.088 avg_d=1.950 std_dev=1.385
C6 B 0, 0.492, 1.942, 3.392, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.942 std_dev=1.450
C4 B 0, 0.442, 1.931, 3.421, 3.625 max_d=3.625 avg_d=1.931 std_dev=1.489
N4 B 0, 0.475, 1.979, 3.483, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.979 std_dev=1.504
O4' B 0, 0.619, 2.183, 3.746, 3.579 max_d=3.579 avg_d=2.183 std_dev=1.563
C3' B 0, 0.649, 2.231, 3.813, 3.485 max_d=3.485 avg_d=2.231 std_dev=1.582
P A 0, 0.656, 2.282, 3.908, 3.671 max_d=3.671 avg_d=2.282 std_dev=1.626
N3 B 0, 0.518, 2.184, 3.851, 4.043 max_d=4.043 avg_d=2.184 std_dev=1.667
N1 B 0, 0.627, 2.344, 4.060, 4.062 max_d=4.062 avg_d=2.344 std_dev=1.716
O3' B 0, 0.687, 2.431, 4.175, 4.009 max_d=4.009 avg_d=2.431 std_dev=1.744
C2 B 0, 0.632, 2.436, 4.240, 4.311 max_d=4.311 avg_d=2.436 std_dev=1.804
OP1 A 0, 0.744, 2.728, 4.712, 4.661 max_d=4.661 avg_d=2.728 std_dev=1.984
C1' B 0, 0.784, 2.772, 4.760, 4.563 max_d=4.563 avg_d=2.772 std_dev=1.988
O2 B 0, 0.759, 2.817, 4.875, 4.860 max_d=4.860 avg_d=2.817 std_dev=2.058
C2' B 0, 0.936, 3.240, 5.544, 5.162 max_d=5.162 avg_d=3.240 std_dev=2.304
OP2 A 0, 1.052, 3.613, 6.173, 5.640 max_d=5.640 avg_d=3.613 std_dev=2.561
O2' B 0, 1.340, 4.638, 7.936, 7.383 max_d=7.383 avg_d=4.638 std_dev=3.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.36 0.11 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.30 0.18 0.42 0.28
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.24 0.21 0.10 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.26 0.02 0.06 0.12
C4 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.34 0.07 0.78 0.50
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.33 0.32 0.15
C5 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.33 0.08 0.79 0.52
C5' 0.04 0.09 0.01 0.03 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.10 0.11 0.16 0.07 0.06 0.10 0.04 0.01 0.12 0.10 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.32 0.04 0.57 0.39
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.19 0.36 0.25
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.34 0.09 0.62 0.40
N4 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.35 0.13 0.91 0.57
O2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.02 0.27 0.28 0.29 0.18
O2' 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.17 0.35 0.33 0.12
O3' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.10 0.03 0.01 0.07 0.07 0.09 0.04 0.00 0.02 0.22 0.10 0.22 0.07
O4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.45 0.16 0.08
O5' 0.20 0.30 0.24 0.26 0.34 0.03 0.33 0.01 0.32 0.29 0.34 0.35 0.27 0.17 0.22 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.36 0.18 0.21 0.02 0.07 0.33 0.08 0.12 0.04 0.19 0.09 0.13 0.28 0.35 0.10 0.45 0.01 0.00 0.04 0.00
OP2 0.11 0.42 0.10 0.06 0.78 0.32 0.79 0.10 0.57 0.36 0.62 0.91 0.29 0.33 0.22 0.16 0.04 0.04 0.00 0.00
P 0.04 0.28 0.06 0.12 0.50 0.15 0.52 0.02 0.39 0.25 0.40 0.57 0.18 0.12 0.07 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.77 0.42 0.92 0.75 0.09 0.65 0.13 0.49 0.34 0.50 0.20 0.15 0.54 1.19 0.58 0.66 0.25 0.18 0.13 0.06
C2 0.70 0.44 0.92 0.66 0.18 0.56 0.22 0.47 0.39 0.51 0.27 0.12 0.52 1.13 0.41 0.57 0.22 0.20 0.05 0.08
C2' 0.66 0.33 0.76 0.66 0.06 0.59 0.09 0.45 0.26 0.41 0.13 0.18 0.44 0.95 0.48 0.59 0.24 0.20 0.14 0.06
C3' 0.57 0.23 0.60 0.57 0.11 0.54 0.08 0.39 0.15 0.31 0.04 0.26 0.35 0.77 0.44 0.54 0.19 0.15 0.23 0.02
C4 0.63 0.41 0.86 0.55 0.19 0.48 0.23 0.43 0.39 0.48 0.28 0.08 0.48 0.99 0.27 0.50 0.22 0.19 0.02 0.09
C4' 0.64 0.27 0.68 0.63 0.13 0.57 0.09 0.38 0.17 0.35 0.04 0.30 0.41 0.95 0.58 0.59 0.16 0.10 0.27 0.04
C5 0.68 0.39 0.89 0.61 0.10 0.56 0.14 0.48 0.35 0.48 0.22 0.04 0.47 1.02 0.34 0.57 0.25 0.15 0.08 0.06
C5' 0.55 0.15 0.54 0.54 0.28 0.51 0.24 0.28 0.03 0.22 0.10 0.45 0.32 0.83 0.60 0.52 0.05 0.03 0.42 0.16
C6 0.73 0.40 0.93 0.72 0.06 0.63 0.10 0.50 0.33 0.49 0.20 0.11 0.50 1.12 0.48 0.63 0.25 0.16 0.13 0.05
N1 0.74 0.42 0.93 0.72 0.11 0.62 0.15 0.49 0.36 0.51 0.23 0.11 0.52 1.16 0.50 0.62 0.24 0.18 0.10 0.06
N3 0.66 0.44 0.90 0.60 0.22 0.50 0.25 0.44 0.41 0.51 0.30 0.13 0.51 1.07 0.32 0.52 0.22 0.22 0.02 0.09
N4 0.54 0.39 0.78 0.43 0.22 0.37 0.25 0.35 0.38 0.44 0.29 0.13 0.43 0.88 0.16 0.41 0.18 0.20 0.12 0.10
O2 0.71 0.46 0.92 0.67 0.21 0.56 0.24 0.47 0.41 0.53 0.30 0.15 0.54 1.16 0.43 0.57 0.22 0.23 0.04 0.09
O2' 0.70 0.37 0.78 0.68 0.07 0.61 0.10 0.46 0.29 0.45 0.16 0.17 0.49 1.00 0.53 0.62 0.25 0.20 0.13 0.07
O3' 0.48 0.17 0.46 0.48 0.14 0.47 0.11 0.33 0.09 0.24 0.02 0.28 0.29 0.57 0.35 0.48 0.16 0.14 0.25 0.02
O4' 0.79 0.41 0.92 0.77 0.06 0.67 0.09 0.47 0.31 0.50 0.18 0.20 0.55 1.24 0.67 0.68 0.23 0.14 0.19 0.03
O5' 0.66 0.17 0.57 0.73 0.21 0.81 0.13 0.67 0.20 0.32 0.12 0.37 0.26 0.68 0.73 0.76 0.48 0.52 0.06 0.33
OP1 1.13 0.52 0.89 1.09 0.06 1.32 0.08 1.03 0.42 0.67 0.18 0.30 0.73 1.03 1.35 1.30 0.80 0.73 0.13 0.52
OP2 1.41 0.84 1.12 1.41 0.54 1.80 0.71 1.69 0.97 1.06 0.59 0.34 0.87 0.97 1.30 1.72 1.52 1.53 0.91 1.32
P 1.19 0.59 0.98 1.24 0.19 1.44 0.34 1.24 0.63 0.79 0.30 0.03 0.69 1.00 1.36 1.39 1.03 1.02 0.47 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.01 0.12 0.08 0.19 0.11
C2 0.02 0.00 0.09 0.16 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.05 0.13 0.07 0.12 0.05
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.11 0.11 0.02 0.07 0.03 0.17 0.00 0.03 0.02 0.22 0.23 0.31 0.25
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.25 0.01 0.25 0.03 0.20 0.14 0.21 0.27 0.10 0.02 0.02 0.00 0.14 0.09 0.07 0.08
C4 0.00 0.01 0.03 0.25 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.14 0.04 0.17 0.11 0.10 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.15 0.07 0.08 0.14 0.04 0.14 0.03 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02
C5 0.00 0.00 0.09 0.25 0.00 0.17 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.17 0.10 0.20 0.13 0.10 0.09
C5' 0.03 0.04 0.11 0.03 0.15 0.01 0.19 0.00 0.15 0.05 0.09 0.17 0.04 0.02 0.16 0.01 0.02 0.05 0.15 0.03
C6 0.01 0.00 0.11 0.20 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.12 0.12 0.16 0.08 0.14 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.14 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.03 0.02 0.12 0.06 0.15 0.05
N3 0.01 0.00 0.07 0.21 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.06 0.02 0.14 0.07 0.10 0.04
N4 0.00 0.01 0.03 0.27 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.17 0.05 0.18 0.14 0.11 0.11
O2 0.02 0.01 0.17 0.10 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.11 0.14 0.10 0.13 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.23 0.14 0.28 0.02 0.25 0.14 0.15 0.25 0.09 0.00 0.02 0.09 0.20 0.16 0.33 0.22
O3' 0.14 0.05 0.03 0.02 0.14 0.03 0.17 0.16 0.12 0.03 0.06 0.17 0.14 0.02 0.00 0.09 0.16 0.19 0.27 0.20
O4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.02 0.05 0.11 0.09 0.09 0.00 0.04 0.03 0.18 0.06
O5' 0.12 0.13 0.22 0.14 0.17 0.01 0.20 0.02 0.16 0.12 0.14 0.18 0.14 0.20 0.16 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.08 0.07 0.23 0.09 0.11 0.04 0.13 0.05 0.08 0.06 0.07 0.14 0.10 0.16 0.19 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.12 0.31 0.07 0.10 0.12 0.10 0.15 0.14 0.15 0.10 0.11 0.13 0.33 0.27 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.05 0.25 0.08 0.08 0.02 0.09 0.03 0.03 0.05 0.04 0.11 0.09 0.22 0.20 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00