ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48061

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.015, 0.051, 0.087, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.051 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.026, 0.091, 0.156, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.091 std_dev=0.065
O2 A 0, 0.028, 0.095, 0.163, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.095 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.063, 0.217, 0.370, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.217 std_dev=0.154
O4' A 0, 0.095, 0.326, 0.558, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.326 std_dev=0.231
OP2 B 0, 0.078, 0.312, 0.545, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.312 std_dev=0.234
P B 0, 0.125, 0.460, 0.794, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.460 std_dev=0.334
C5' A 0, 0.177, 0.629, 1.080, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.629 std_dev=0.451
O5' A 0, 0.185, 0.650, 1.114, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.650 std_dev=0.464
P A 0, 0.195, 0.667, 1.140, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.667 std_dev=0.473
C4' A 0, 0.217, 0.748, 1.278, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.748 std_dev=0.530
O2' A 0, 0.227, 0.777, 1.327, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.777 std_dev=0.550
C3' A 0, 0.317, 1.082, 1.848, 1.643 max_d=1.643 avg_d=1.082 std_dev=0.765
OP1 B 0, 0.314, 1.080, 1.846, 1.689 max_d=1.689 avg_d=1.080 std_dev=0.766
O3' A 0, 0.471, 1.611, 2.750, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.611 std_dev=1.139
OP2 A 0, 0.520, 1.789, 3.058, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.789 std_dev=1.269
O5' B 0, 0.609, 2.086, 3.562, 3.213 max_d=3.213 avg_d=2.086 std_dev=1.477
OP1 A 0, 0.672, 2.295, 3.918, 3.458 max_d=3.458 avg_d=2.295 std_dev=1.623
C5' B 0, 1.029, 3.518, 6.006, 5.380 max_d=5.380 avg_d=3.518 std_dev=2.489
C4' B 0, 1.460, 4.989, 8.518, 7.577 max_d=7.577 avg_d=4.989 std_dev=3.529
C3' B 0, 1.665, 5.685, 9.706, 8.612 max_d=8.612 avg_d=5.685 std_dev=4.021
O4' B 0, 1.823, 6.227, 10.630, 9.438 max_d=9.438 avg_d=6.227 std_dev=4.404
O3' B 0, 1.874, 6.399, 10.924, 9.646 max_d=9.646 avg_d=6.399 std_dev=4.525
C6 B 0, 1.964, 6.708, 11.451, 10.125 max_d=10.125 avg_d=6.708 std_dev=4.743
C5 B 0, 2.084, 7.116, 12.147, 10.718 max_d=10.718 avg_d=7.116 std_dev=5.032
C2' B 0, 2.116, 7.228, 12.340, 10.945 max_d=10.945 avg_d=7.228 std_dev=5.112
C1' B 0, 2.172, 7.418, 12.663, 11.228 max_d=11.228 avg_d=7.418 std_dev=5.246
N1 B 0, 2.296, 7.842, 13.387, 11.846 max_d=11.846 avg_d=7.842 std_dev=5.545
O2' B 0, 2.461, 8.405, 14.350, 12.724 max_d=12.724 avg_d=8.405 std_dev=5.944
C4 B 0, 2.579, 8.806, 15.034, 13.254 max_d=13.254 avg_d=8.806 std_dev=6.227
N4 B 0, 2.732, 9.329, 15.925, 14.016 max_d=14.016 avg_d=9.329 std_dev=6.596
C2 B 0, 2.782, 9.499, 16.216, 14.334 max_d=14.334 avg_d=9.499 std_dev=6.717
N3 B 0, 2.915, 9.954, 16.993, 14.997 max_d=14.997 avg_d=9.954 std_dev=7.039
O2 B 0, 3.087, 10.541, 17.996, 15.917 max_d=15.917 avg_d=10.541 std_dev=7.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.12 0.25 0.18 0.09
C2 0.02 0.00 0.03 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.10 0.03 0.07 0.50 0.32 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.23 0.01 0.38 0.23
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.23 0.00 0.26 0.00 0.22 0.13 0.17 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03
C4 0.00 0.02 0.02 0.23 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.19 0.25 0.01 0.09 0.76 0.32 0.09
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.05 0.10 0.04 0.19 0.04 0.00 0.01 0.04 0.15 0.02
C5 0.00 0.02 0.01 0.26 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.15 0.29 0.03 0.11 0.77 0.30 0.10
C5' 0.03 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.02 0.04 0.10 0.06 0.09 0.07 0.00 0.01 0.12 0.27 0.01
C6 0.01 0.02 0.02 0.22 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.23 0.05 0.05 0.59 0.27 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.13 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.12 0.01 0.07 0.45 0.28 0.05
N3 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.20 0.17 0.02 0.05 0.65 0.33 0.04
N4 0.01 0.02 0.02 0.26 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.20 0.29 0.01 0.13 0.85 0.32 0.14
O2 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.20 0.03 0.08 0.12 0.41 0.33 0.08
O2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.19 0.19 0.15 0.09 0.10 0.11 0.20 0.20 0.20 0.00 0.06 0.12 0.12 0.05 0.28 0.14
O3' 0.01 0.10 0.05 0.01 0.25 0.04 0.29 0.07 0.23 0.12 0.17 0.29 0.03 0.06 0.00 0.02 0.12 0.04 0.10 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.02 0.00 0.04 0.25 0.06 0.03
O5' 0.12 0.07 0.23 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.05 0.07 0.05 0.13 0.12 0.12 0.12 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.25 0.50 0.01 0.08 0.76 0.04 0.77 0.12 0.59 0.45 0.65 0.85 0.41 0.05 0.04 0.25 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.32 0.38 0.03 0.32 0.15 0.30 0.27 0.27 0.28 0.33 0.32 0.33 0.28 0.10 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.04 0.23 0.03 0.09 0.02 0.10 0.01 0.03 0.05 0.04 0.14 0.08 0.14 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.11 0.25 0.06 0.29 0.42 0.09 0.62 0.12 0.09 0.27 0.48 0.11 0.31 0.16 0.44 0.15 0.06 0.12 0.14
C2 0.35 0.87 0.30 0.38 1.14 0.03 0.86 0.32 0.58 0.61 1.11 1.39 0.86 0.26 0.57 0.08 0.07 0.08 0.10 0.12
C2' 0.35 0.06 0.42 0.20 0.19 0.49 0.07 0.67 0.24 0.19 0.19 0.40 0.06 0.51 0.06 0.49 0.17 0.06 0.13 0.14
C3' 0.33 0.13 0.38 0.10 0.06 0.36 0.15 0.47 0.26 0.23 0.06 0.15 0.12 0.48 0.09 0.42 0.10 0.33 0.22 0.20
C4 0.41 0.91 0.33 0.41 1.23 0.05 1.05 0.24 0.75 0.70 1.14 1.43 0.85 0.30 0.58 0.17 0.09 0.07 0.07 0.09
C4' 0.64 0.47 0.60 0.30 0.37 0.62 0.47 0.71 0.56 0.56 0.39 0.27 0.48 0.67 0.12 0.74 0.15 0.22 0.06 0.05
C5 0.10 0.29 0.16 0.03 0.57 0.33 0.43 0.53 0.18 0.13 0.48 0.76 0.23 0.19 0.20 0.29 0.13 0.06 0.12 0.14
C5' 0.99 0.95 0.92 0.55 0.89 0.85 0.92 0.86 0.95 0.96 0.91 0.84 0.96 1.01 0.38 1.03 0.26 0.25 0.03 0.03
C6 0.30 0.06 0.33 0.13 0.29 0.46 0.13 0.64 0.10 0.12 0.23 0.48 0.04 0.36 0.09 0.47 0.19 0.07 0.13 0.15
N1 0.07 0.35 0.09 0.08 0.58 0.30 0.37 0.53 0.13 0.15 0.54 0.79 0.33 0.14 0.27 0.28 0.10 0.06 0.12 0.14
N3 0.60 1.16 0.52 0.56 1.47 0.17 1.20 0.16 0.89 0.90 1.42 1.71 1.13 0.49 0.73 0.31 0.15 0.09 0.07 0.09
N4 0.72 1.24 0.62 0.64 1.56 0.29 1.42 0.01 1.13 1.05 1.46 1.71 1.15 0.58 0.78 0.46 0.23 0.09 0.01 0.05
O2 0.49 1.06 0.45 0.49 1.30 0.09 0.97 0.26 0.69 0.76 1.31 1.57 1.07 0.40 0.69 0.19 0.11 0.09 0.10 0.11
O2' 0.38 0.07 0.47 0.28 0.23 0.56 0.08 0.77 0.26 0.21 0.23 0.45 0.08 0.57 0.11 0.53 0.30 0.22 0.29 0.30
O3' 0.31 0.12 0.38 0.08 0.04 0.31 0.15 0.40 0.25 0.22 0.05 0.10 0.11 0.50 0.07 0.36 0.17 0.39 0.30 0.28
O4' 0.52 0.28 0.46 0.21 0.14 0.59 0.27 0.72 0.40 0.40 0.17 0.05 0.29 0.51 0.05 0.68 0.21 0.12 0.10 0.13
O5' 1.02 0.98 1.01 0.61 0.93 0.84 0.97 0.83 1.00 1.00 0.94 0.86 0.99 1.10 0.44 1.01 0.23 0.29 0.07 0.05
OP1 0.91 1.16 0.78 0.28 1.27 0.50 1.13 0.35 0.99 1.03 1.26 1.36 1.16 0.89 0.11 0.82 0.30 1.07 0.77 0.73
OP2 1.93 2.00 1.92 1.43 1.96 1.58 2.00 1.46 1.99 1.98 1.98 1.87 2.00 2.02 1.21 1.81 0.86 0.10 0.45 0.43
P 1.35 1.43 1.30 0.84 1.43 1.04 1.42 0.94 1.38 1.40 1.44 1.40 1.44 1.38 0.66 1.28 0.33 0.36 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.00 0.23 0.28 0.15 0.20
C2 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.13 0.03 0.45 0.50 0.48 0.45
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.11 0.04 0.02 0.06 0.03 0.11 0.00 0.02 0.00 0.03 0.16 0.05 0.04
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.22 0.00 0.25 0.01 0.23 0.14 0.17 0.24 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.22 0.06 0.10
C4 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.06 0.02 0.66 0.74 0.77 0.70
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.05 0.03 0.07 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.15 0.02 0.72 0.79 0.79 0.75
C5' 0.04 0.01 0.11 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.02 0.05 0.03 0.07 0.14 0.00 0.01 0.23 0.21 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.23 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.12 0.03 0.65 0.67 0.59 0.62
N1 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.05 0.00 0.47 0.50 0.42 0.44
N3 0.00 0.00 0.06 0.17 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.03 0.56 0.62 0.65 0.58
N4 0.01 0.01 0.03 0.24 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.09 0.03 0.70 0.81 0.87 0.77
O2 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.27 0.05 0.33 0.37 0.37 0.33
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.20 0.19 0.20 0.07 0.17 0.12 0.17 0.21 0.07 0.00 0.03 0.13 0.07 0.20 0.05 0.08
O3' 0.19 0.13 0.02 0.01 0.06 0.01 0.15 0.14 0.12 0.05 0.06 0.09 0.27 0.03 0.00 0.13 0.06 0.39 0.19 0.20
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.13 0.13 0.00 0.24 0.27 0.08 0.17
O5' 0.23 0.45 0.03 0.03 0.66 0.01 0.72 0.01 0.65 0.47 0.56 0.70 0.33 0.07 0.06 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.28 0.50 0.16 0.22 0.74 0.17 0.79 0.23 0.67 0.50 0.62 0.81 0.37 0.20 0.39 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.48 0.05 0.06 0.77 0.08 0.79 0.21 0.59 0.42 0.65 0.87 0.37 0.05 0.19 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.45 0.04 0.10 0.70 0.01 0.75 0.01 0.62 0.44 0.58 0.77 0.33 0.08 0.20 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00