ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48062

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
O2 A 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C3' A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C5' A 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP2 B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C5' B 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O3' A 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O5' B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
P B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
O4' B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C4' B 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
OP2 A 0, 0.000, 0.295, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.295 std_dev=0.295
OP1 A 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
P A 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C5 B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C1' B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C3' B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C2' B 0, 0.000, 0.403, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C4 B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.000, 0.414, 0.828, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.414 std_dev=0.414
O2' B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
N3 B 0, 0.000, 0.424, 0.848, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.424 std_dev=0.424
O5' A 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
N4 B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
O3' B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
O2 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02
C2 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.03 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.07
C4 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.04 0.19 0.04 0.06 0.06
C4' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.03 0.08 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00
C5 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.06 0.23 0.05 0.08 0.08
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.07 0.06 0.04 0.00 0.01 0.06 0.15 0.01
C6 0.03 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.06 0.19 0.00 0.05 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03
N3 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01
N4 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.05 0.22 0.07 0.09 0.10
O2 0.10 0.00 0.10 0.06 0.02 0.08 0.00 0.07 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.17 0.07 0.09 0.01 0.09 0.05 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.04 0.00 0.07 0.03 0.17 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.09 0.04 0.05 0.11 0.07 0.01 0.00 0.02 0.13 0.07 0.05 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.02 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03
O5' 0.06 0.07 0.04 0.09 0.19 0.01 0.23 0.01 0.19 0.09 0.13 0.22 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.06 0.08 0.04 0.03 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.00 0.00 0.03 0.06 0.10 0.08 0.15 0.05 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06 0.05 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.07 0.07 0.06 0.00 0.08 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.09 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.10 0.12 0.11 0.02 0.12 0.02 0.10 0.03 0.08 0.04 0.07 0.15 0.17 0.11 0.13 0.14 0.13 0.06 0.11
C2 0.02 0.06 0.02 0.03 0.12 0.06 0.11 0.06 0.08 0.06 0.10 0.13 0.03 0.07 0.02 0.06 0.09 0.09 0.04 0.07
C2' 0.09 0.06 0.09 0.08 0.02 0.10 0.02 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.10 0.13 0.08 0.11 0.13 0.13 0.06 0.11
C3' 0.08 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.04 0.14 0.12 0.07 0.07 0.08 0.11 0.01 0.07
C4 0.03 0.04 0.04 0.06 0.10 0.09 0.10 0.10 0.07 0.04 0.07 0.11 0.02 0.09 0.06 0.08 0.13 0.10 0.05 0.10
C4' 0.15 0.19 0.16 0.14 0.13 0.12 0.07 0.09 0.08 0.13 0.18 0.11 0.23 0.19 0.14 0.12 0.11 0.14 0.02 0.09
C5 0.10 0.05 0.10 0.12 0.02 0.13 0.02 0.13 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.13 0.11 0.13 0.17 0.17 0.10 0.15
C5' 0.16 0.22 0.17 0.15 0.20 0.12 0.13 0.09 0.11 0.15 0.24 0.21 0.25 0.19 0.15 0.13 0.11 0.16 0.02 0.10
C6 0.12 0.08 0.11 0.12 0.01 0.13 0.02 0.12 0.05 0.08 0.04 0.03 0.10 0.14 0.11 0.14 0.16 0.18 0.10 0.15
N1 0.09 0.03 0.08 0.08 0.05 0.10 0.04 0.09 0.00 0.03 0.02 0.08 0.06 0.12 0.07 0.11 0.13 0.14 0.07 0.11
N3 0.02 0.09 0.00 0.01 0.14 0.05 0.14 0.05 0.12 0.10 0.12 0.15 0.07 0.05 0.01 0.03 0.09 0.06 0.02 0.06
N4 0.01 0.06 0.02 0.05 0.11 0.07 0.12 0.09 0.10 0.07 0.09 0.13 0.05 0.06 0.05 0.04 0.11 0.06 0.03 0.07
O2 0.04 0.10 0.04 0.03 0.12 0.00 0.11 0.01 0.10 0.10 0.11 0.12 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04
O2' 0.14 0.07 0.14 0.12 0.05 0.15 0.03 0.12 0.02 0.06 0.00 0.10 0.14 0.20 0.13 0.15 0.16 0.13 0.07 0.12
O3' 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.05 0.15 0.12 0.07 0.07 0.07 0.11 0.00 0.06
O4' 0.17 0.20 0.17 0.15 0.10 0.14 0.06 0.10 0.09 0.14 0.17 0.05 0.24 0.20 0.15 0.15 0.13 0.14 0.03 0.10
O5' 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.08 0.12 0.12 0.11 0.06 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.06 0.09 0.06 0.15 0.11
OP1 0.12 0.16 0.11 0.09 0.14 0.07 0.09 0.04 0.08 0.11 0.17 0.15 0.19 0.13 0.09 0.09 0.07 0.10 0.00 0.05
OP2 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.11 0.08 0.05 0.05 0.06 0.10 0.02 0.06
P 0.08 0.12 0.08 0.06 0.09 0.04 0.04 0.01 0.03 0.07 0.13 0.09 0.15 0.11 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
C4 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.06 0.02 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.02 0.03
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.02 0.04
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03
N4 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02
O5' 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.08 0.04 0.02 0.06 0.00 0.08 0.04 0.10 0.09 0.07 0.04 0.07 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00