ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48064

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
P B 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
OP1 B 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O2 A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
OP2 B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.000, 0.099, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O5' B 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C5' B 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
O5' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C5' A 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C3' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O4' B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.000, 0.250, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
P A 0, 0.000, 0.271, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O3' B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
OP1 A 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O2 B 0, 0.000, 0.357, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.357 std_dev=0.357
OP2 A 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.000, 0.395, 0.791, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.395 std_dev=0.395
N3 B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C5 B 0, 0.000, 0.477, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C4 B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
N4 B 0, 0.000, 0.613, 1.226, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07
C2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.08 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06
N3 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00
N4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04
O2 0.06 0.00 0.09 0.07 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.08 0.05 0.05 0.02 0.08 0.07
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.11 0.09
O5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.07 0.16 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.03 0.08 0.03 0.08 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.07 0.01 0.07 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.18 0.12 0.10 0.31 0.06 0.34 0.01 0.26 0.19 0.24 0.37 0.12 0.13 0.13 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01
C2 0.11 0.19 0.10 0.08 0.32 0.04 0.32 0.00 0.23 0.17 0.25 0.39 0.14 0.10 0.10 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01
C2' 0.12 0.17 0.11 0.09 0.30 0.05 0.33 0.00 0.26 0.17 0.23 0.37 0.10 0.11 0.11 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01
C3' 0.07 0.10 0.07 0.05 0.24 0.01 0.28 0.04 0.22 0.12 0.16 0.30 0.03 0.07 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03
C4 0.10 0.18 0.08 0.07 0.31 0.03 0.31 0.00 0.22 0.16 0.25 0.38 0.14 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00
C4' 0.09 0.10 0.08 0.06 0.23 0.02 0.28 0.03 0.22 0.13 0.15 0.28 0.03 0.08 0.09 0.04 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.13 0.19 0.11 0.10 0.31 0.06 0.33 0.02 0.26 0.18 0.24 0.36 0.13 0.10 0.11 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01
C5' 0.07 0.06 0.06 0.04 0.18 0.01 0.24 0.04 0.19 0.10 0.10 0.22 0.02 0.07 0.08 0.02 0.01 0.06 0.05 0.05
C6 0.14 0.19 0.13 0.11 0.31 0.07 0.34 0.02 0.27 0.19 0.24 0.36 0.13 0.13 0.14 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01
N1 0.14 0.19 0.13 0.11 0.32 0.06 0.34 0.01 0.26 0.19 0.25 0.38 0.14 0.13 0.13 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01
N3 0.09 0.18 0.08 0.06 0.31 0.02 0.30 0.01 0.21 0.15 0.25 0.38 0.13 0.07 0.08 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01
N4 0.07 0.17 0.05 0.04 0.29 0.01 0.28 0.02 0.19 0.13 0.24 0.37 0.13 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
O2 0.11 0.19 0.10 0.08 0.31 0.03 0.31 0.02 0.22 0.16 0.25 0.39 0.14 0.11 0.10 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02
O2' 0.12 0.17 0.11 0.08 0.32 0.05 0.34 0.00 0.26 0.18 0.24 0.39 0.10 0.10 0.11 0.07 0.05 0.01 0.04 0.02
O3' 0.05 0.08 0.04 0.02 0.22 0.02 0.27 0.07 0.20 0.10 0.14 0.28 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04
O4' 0.12 0.15 0.11 0.09 0.27 0.05 0.31 0.00 0.24 0.16 0.20 0.32 0.08 0.11 0.12 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01
O5' 0.07 0.06 0.06 0.04 0.18 0.00 0.23 0.05 0.19 0.10 0.10 0.21 0.01 0.07 0.08 0.02 0.01 0.07 0.06 0.05
OP1 0.11 0.11 0.10 0.05 0.23 0.01 0.29 0.06 0.25 0.15 0.15 0.26 0.03 0.14 0.10 0.05 0.01 0.11 0.05 0.06
OP2 0.07 0.10 0.05 0.02 0.24 0.05 0.29 0.11 0.24 0.13 0.15 0.28 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.15 0.07 0.10
P 0.06 0.07 0.05 0.00 0.20 0.03 0.26 0.09 0.21 0.11 0.12 0.24 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.12 0.07 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.08 0.05 0.08 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.11 0.15 0.18 0.15
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.14 0.16 0.13
C5' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.05 0.04 0.09 0.11 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.10 0.12 0.14 0.13
N4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.13 0.18 0.22 0.18
O2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.14 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.09 0.05 0.16 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.14 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.06 0.05 0.10 0.13 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.08 0.00 0.02 0.15 0.00 0.14 0.01 0.09 0.05 0.12 0.18 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.10 0.01 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.09 0.06 0.14 0.22 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.00 0.02 0.15 0.00 0.13 0.00 0.07 0.05 0.13 0.18 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00