ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48067

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5' B 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O5' B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C4' B 0, 0.000, 0.163, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
O4' B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C1' B 0, 0.000, 0.277, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C2' A 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O4' A 0, 0.000, 0.327, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.327 std_dev=0.327
C2' B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
OP2 B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
C3' B 0, 0.000, 0.424, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.424 std_dev=0.424
P B 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
N1 B 0, 0.000, 0.495, 0.990, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.495 std_dev=0.495
C6 B 0, 0.000, 0.535, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C4' A 0, 0.000, 0.537, 1.074, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.537 std_dev=0.537
C3' A 0, 0.000, 0.547, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O2 B 0, 0.000, 0.607, 1.215, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.607 std_dev=0.607
O2' B 0, 0.000, 0.628, 1.256, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.628 std_dev=0.628
C2 B 0, 0.000, 0.691, 1.383, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.691 std_dev=0.691
OP1 B 0, 0.000, 0.766, 1.533, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.766 std_dev=0.766
O3' A 0, 0.000, 0.774, 1.549, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.774 std_dev=0.774
C5 B 0, 0.000, 0.817, 1.635, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.817 std_dev=0.817
C5' A 0, 0.000, 0.899, 1.799, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.899 std_dev=0.899
O3' B 0, 0.000, 0.907, 1.815, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.907 std_dev=0.907
N3 B 0, 0.000, 0.976, 1.952, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.976 std_dev=0.976
C4 B 0, 0.000, 1.054, 2.108, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.054 std_dev=1.054
O5' A 0, 0.000, 1.088, 2.177, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.088 std_dev=1.088
P A 0, 0.000, 1.270, 2.539, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.270 std_dev=1.270
OP2 A 0, 0.000, 1.286, 2.572, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.286 std_dev=1.286
N4 B 0, 0.000, 1.371, 2.743, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.371 std_dev=1.371
OP1 A 0, 0.000, 1.448, 2.896, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.448 std_dev=1.448

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.06 0.11
C2 0.01 0.00 0.10 0.18 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.01 0.18 0.18 0.18 0.20
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.19 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.17 0.11 0.26 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.25 0.24 0.27 0.26
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.08 0.13 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.24 0.24 0.26 0.27
C5' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.13 0.01 0.06 0.00 0.03 0.07 0.16 0.14 0.17 0.05 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02
C6 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.20 0.20 0.20 0.23
N1 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.16 0.16 0.15 0.19
N3 0.00 0.00 0.08 0.17 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.01 0.22 0.21 0.23 0.23
N4 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.27 0.27 0.30 0.28
O2 0.02 0.01 0.19 0.26 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.28 0.02 0.16 0.15 0.16 0.18
O2' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.08
O3' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.14 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.21 0.16 0.28 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.09 0.05 0.11
O5' 0.06 0.18 0.04 0.05 0.25 0.00 0.24 0.01 0.20 0.16 0.22 0.27 0.16 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.18 0.05 0.05 0.24 0.06 0.24 0.09 0.20 0.16 0.21 0.27 0.15 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.18 0.01 0.06 0.27 0.05 0.26 0.09 0.20 0.15 0.23 0.30 0.16 0.01 0.11 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.20 0.07 0.04 0.26 0.04 0.27 0.02 0.23 0.19 0.23 0.28 0.18 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.13 0.21 0.11 0.00 0.11 0.03 0.08 0.08 0.10 0.14 0.07 0.24 0.36 0.10 0.06 0.29 0.12 0.19
C2 0.07 0.06 0.10 0.22 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.06 0.07 0.10 0.05 0.22 0.32 0.11 0.07 0.27 0.18 0.21
C2' 0.11 0.12 0.16 0.18 0.15 0.03 0.13 0.03 0.11 0.11 0.14 0.17 0.12 0.26 0.30 0.13 0.06 0.35 0.14 0.23
C3' 0.16 0.18 0.20 0.12 0.20 0.08 0.18 0.08 0.17 0.17 0.19 0.22 0.17 0.27 0.27 0.19 0.03 0.41 0.10 0.22
C4 0.06 0.05 0.12 0.20 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.20 0.30 0.10 0.07 0.31 0.18 0.23
C4' 0.11 0.12 0.15 0.18 0.15 0.05 0.14 0.06 0.12 0.12 0.14 0.17 0.11 0.23 0.36 0.15 0.05 0.40 0.09 0.19
C5 0.07 0.06 0.15 0.18 0.08 0.01 0.08 0.03 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.22 0.34 0.09 0.06 0.34 0.11 0.20
C5' 0.16 0.16 0.19 0.13 0.18 0.09 0.18 0.11 0.16 0.16 0.18 0.20 0.15 0.23 0.35 0.19 0.02 0.44 0.04 0.16
C6 0.07 0.07 0.15 0.19 0.09 0.00 0.09 0.03 0.08 0.07 0.08 0.11 0.06 0.23 0.36 0.09 0.06 0.33 0.10 0.19
N1 0.07 0.07 0.13 0.20 0.10 0.01 0.09 0.03 0.08 0.07 0.09 0.12 0.06 0.23 0.35 0.10 0.06 0.30 0.13 0.20
N3 0.06 0.05 0.10 0.21 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.20 0.29 0.11 0.07 0.27 0.20 0.23
N4 0.06 0.03 0.11 0.19 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.18 0.27 0.10 0.08 0.30 0.23 0.25
O2 0.06 0.05 0.08 0.23 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.09 0.04 0.21 0.31 0.11 0.07 0.25 0.19 0.21
O2' 0.06 0.06 0.11 0.22 0.09 0.01 0.08 0.01 0.06 0.06 0.08 0.11 0.06 0.24 0.34 0.09 0.08 0.32 0.16 0.23
O3' 0.22 0.24 0.26 0.06 0.24 0.15 0.23 0.13 0.22 0.23 0.25 0.26 0.24 0.32 0.20 0.25 0.01 0.40 0.07 0.19
O4' 0.06 0.06 0.10 0.23 0.10 0.01 0.09 0.02 0.07 0.06 0.08 0.12 0.04 0.20 0.43 0.09 0.08 0.35 0.11 0.19
O5' 0.28 0.27 0.31 0.00 0.29 0.23 0.29 0.27 0.28 0.28 0.28 0.31 0.26 0.35 0.25 0.33 0.14 0.23 0.15 0.04
OP1 0.30 0.28 0.33 0.03 0.29 0.26 0.30 0.30 0.29 0.29 0.28 0.30 0.27 0.37 0.24 0.35 0.17 0.20 0.19 0.08
OP2 0.35 0.33 0.40 0.10 0.34 0.31 0.34 0.34 0.34 0.34 0.33 0.35 0.32 0.41 0.19 0.38 0.23 0.17 0.28 0.15
P 0.30 0.29 0.33 0.02 0.31 0.25 0.32 0.29 0.30 0.29 0.30 0.33 0.27 0.37 0.25 0.34 0.18 0.19 0.21 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.11 0.26 0.05 0.12
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.22 0.00 0.07 0.28 0.01 0.06
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.13 0.07 0.03 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.02 0.24 0.50 0.20 0.32
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.05 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.14 0.10 0.03
C4 0.00 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.10 0.02 0.04 0.23 0.05 0.00
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04
C5 0.00 0.01 0.08 0.13 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.18 0.06 0.02
C5' 0.04 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.01 0.01 0.04 0.19 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.00 0.07 0.25 0.00 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.19 0.01 0.06 0.27 0.03 0.03
N4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.27 0.09 0.02 0.03 0.23 0.07 0.02
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.32 0.00 0.09 0.31 0.00 0.09
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.24 0.15 0.23 0.01 0.18 0.13 0.20 0.27 0.06 0.00 0.04 0.10 0.20 0.55 0.25 0.33
O3' 0.20 0.22 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.13 0.01 0.14 0.19 0.09 0.32 0.04 0.00 0.13 0.18 0.16 0.25 0.16
O4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.09 0.04 0.04
O5' 0.11 0.07 0.24 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.06 0.03 0.09 0.20 0.18 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.26 0.28 0.50 0.14 0.23 0.03 0.18 0.09 0.19 0.25 0.27 0.23 0.31 0.55 0.16 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.01 0.20 0.10 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.00 0.03 0.07 0.00 0.25 0.25 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.06 0.32 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.09 0.33 0.16 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00