ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48068

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
OP1 B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C4' A 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C5' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
P B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C3' A 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O5' B 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
OP2 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O3' A 0, 0.000, 0.306, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C5' A 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
P A 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
O5' A 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O4' B 0, 0.000, 0.398, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C3' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
O3' B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C6 B 0, 0.000, 0.489, 0.978, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C1' B 0, 0.000, 0.513, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C2' B 0, 0.000, 0.535, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.535 std_dev=0.535
OP2 A 0, 0.000, 0.542, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.542 std_dev=0.542
N1 B 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
C5 B 0, 0.000, 0.548, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.548 std_dev=0.548
O2' B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
C4 B 0, 0.000, 0.636, 1.273, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.636 std_dev=0.636
C2 B 0, 0.000, 0.652, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.652 std_dev=0.652
N3 B 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693
N4 B 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
O2 B 0, 0.000, 0.731, 1.462, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.731 std_dev=0.731

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.19 0.01 0.09
C2 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.18 0.03 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.01 0.06
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.15 0.10 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.12 0.15 0.12 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.11 0.16 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.04 0.07
N3 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.11 0.17 0.06 0.06
N4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.14 0.12 0.04
O2 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.19 0.00 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.19 0.07 0.10
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.19 0.03 0.09
O5' 0.07 0.10 0.04 0.02 0.11 0.02 0.12 0.01 0.11 0.10 0.11 0.11 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.19 0.18 0.14 0.07 0.15 0.11 0.15 0.03 0.16 0.18 0.17 0.14 0.19 0.19 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.12 0.00 0.09 0.04 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.07 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.10 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02
C2 0.06 0.02 0.10 0.11 0.04 0.09 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.13 0.14 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03
C2' 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.11 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02
C3' 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.08 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00
C4 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.09 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C4' 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.00 0.02 0.02 0.07 0.08 0.09 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00
C5 0.03 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
C5' 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.07 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.11 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
N1 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.11 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02
N3 0.05 0.02 0.09 0.10 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.12 0.13 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02
N4 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.08 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
O2 0.10 0.05 0.13 0.14 0.07 0.12 0.08 0.09 0.08 0.07 0.05 0.06 0.02 0.17 0.17 0.09 0.06 0.03 0.03 0.03
O2' 0.03 0.02 0.06 0.08 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.09 0.11 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03
O3' 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.08 0.09 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00
O4' 0.03 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.09 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01
O5' 0.08 0.13 0.06 0.05 0.08 0.05 0.04 0.05 0.05 0.10 0.13 0.08 0.18 0.03 0.02 0.07 0.07 0.11 0.11 0.10
OP1 0.14 0.18 0.13 0.10 0.09 0.10 0.03 0.08 0.06 0.14 0.16 0.07 0.25 0.12 0.09 0.12 0.08 0.10 0.07 0.08
OP2 0.15 0.11 0.16 0.19 0.18 0.19 0.23 0.20 0.22 0.15 0.12 0.19 0.04 0.18 0.21 0.17 0.19 0.15 0.17 0.17
P 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.12 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02
N4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
O2 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.06 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.04 0.07 0.08 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.08 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00