ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 18, 19, 5, 6, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.013, 0.034, 0.056, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.043 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.043 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.027, 0.098, 0.170, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.098 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.043, 0.123, 0.202, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.123 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.038, 0.120, 0.203, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.120 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.004, 0.105, 0.207, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.105 std_dev=0.101
N7 B 0, 0.126, 0.252, 0.378, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.252 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.080, 0.208, 0.336, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.208 std_dev=0.128
P B 0, 0.162, 0.297, 0.432, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.297 std_dev=0.135
N6 B 0, 0.130, 0.267, 0.403, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.267 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.097, 0.234, 0.372, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.234 std_dev=0.137
C8 B 0, 0.135, 0.276, 0.417, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.276 std_dev=0.141
O3' A 0, 0.011, 0.162, 0.312, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.162 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.123, 0.274, 0.424, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.274 std_dev=0.150
C6 B 0, 0.126, 0.279, 0.431, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.279 std_dev=0.153
OP2 B 0, 0.094, 0.250, 0.406, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.250 std_dev=0.156
C3' B 0, 0.164, 0.330, 0.495, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.330 std_dev=0.166
P A 0, 0.144, 0.314, 0.485, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.314 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.224, 0.397, 0.569, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.397 std_dev=0.172
O3' B 0, 0.178, 0.354, 0.530, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.354 std_dev=0.176
N9 B 0, 0.139, 0.317, 0.495, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.317 std_dev=0.178
OP2 A 0, 0.119, 0.299, 0.480, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.299 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.130, 0.320, 0.510, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.320 std_dev=0.190
N1 B 0, 0.135, 0.328, 0.521, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.328 std_dev=0.193
C4' B 0, 0.166, 0.360, 0.554, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.360 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.165, 0.365, 0.565, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.365 std_dev=0.200
O4' B 0, 0.173, 0.374, 0.574, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.374 std_dev=0.200
C5' B 0, 0.160, 0.362, 0.564, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.362 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.147, 0.356, 0.566, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.356 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.154, 0.366, 0.578, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.366 std_dev=0.212
O2' A 0, -0.022, 0.191, 0.403, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.191 std_dev=0.212
OP1 A 0, 0.203, 0.421, 0.640, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.421 std_dev=0.219
C2 B 0, 0.134, 0.367, 0.600, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.367 std_dev=0.233
N3 B 0, 0.133, 0.370, 0.606, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.370 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.150, 0.434, 0.718, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.434 std_dev=0.284

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.05 0.07 0.10 0.07 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.07 0.05 0.05 0.07 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.07 0.08 0.07 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.08 0.10 0.08 0.07
C5' 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.04 0.10 0.12 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.08 0.12 0.08 0.08
C8 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.03 0.09 0.09 0.08 0.07
N1 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.07 0.11 0.07 0.07
N3 0.02 0.01 0.09 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.04 0.06 0.09 0.07 0.06
N6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.04 0.10 0.13 0.09 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.03 0.10 0.11 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.04 0.08 0.04 0.09 0.09 0.12 0.13 0.10 0.10 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.04
O3' 0.08 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.11 0.08 0.07 0.08 0.04 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.05 0.07 0.06
O5' 0.05 0.07 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.10 0.07 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.05 0.03 0.08 0.03 0.10 0.02 0.12 0.09 0.11 0.09 0.13 0.11 0.07 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.06 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.14 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.19 0.10 0.13 0.10
C2 0.09 0.12 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.17 0.12 0.09 0.13 0.10 0.14 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.21 0.11 0.12 0.11
C2' 0.09 0.06 0.10 0.08 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.18 0.12 0.14 0.12
C3' 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.12 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.15 0.09 0.09 0.08
C4 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.16 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.06 0.08 0.07 0.09 0.21 0.11 0.13 0.11
C4' 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.13 0.09 0.12 0.07
C5 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.17 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.21 0.13 0.15 0.12
C5' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.13 0.16 0.10
C6 0.09 0.13 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.18 0.12 0.09 0.13 0.12 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.21 0.13 0.14 0.12
C8 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.09 0.11 0.16 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.10 0.21 0.13 0.17 0.12
N1 0.09 0.14 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.17 0.13 0.09 0.14 0.12 0.14 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.21 0.12 0.13 0.11
N3 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.16 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.21 0.11 0.12 0.11
N6 0.11 0.16 0.10 0.11 0.13 0.13 0.12 0.18 0.14 0.10 0.16 0.15 0.14 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.21 0.14 0.15 0.13
N7 0.09 0.12 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.17 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.10 0.09 0.09 0.09 0.22 0.14 0.16 0.13
N9 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.15 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.20 0.11 0.14 0.11
O2' 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.08 0.13 0.12 0.08 0.09 0.08 0.13 0.22 0.16 0.18 0.18
O3' 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.15 0.10 0.10 0.09
O4' 0.10 0.06 0.11 0.11 0.06 0.12 0.06 0.16 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.11 0.09 0.12 0.20 0.12 0.12 0.11
O5' 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.01 0.07 0.12 0.14 0.14 0.09
OP1 0.10 0.11 0.10 0.04 0.11 0.05 0.12 0.03 0.13 0.12 0.12 0.11 0.14 0.13 0.11 0.14 0.02 0.07 0.12 0.14 0.12 0.06
OP2 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.11 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.05 0.20 0.16 0.14 0.13
P 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.09 0.08 0.04 0.07 0.01 0.01 0.14 0.14 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.18 0.13 0.08
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.17 0.17 0.14 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.18 0.13 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.19 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.15 0.16 0.14 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.16 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.16 0.14 0.15 0.09
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.09 0.05 0.13 0.14 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.17 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.17 0.14 0.15 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.14 0.13 0.15 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.17 0.15 0.15 0.10
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.16 0.18 0.14 0.10
N6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.02 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.17 0.12 0.16 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.15 0.13 0.16 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.13 0.16 0.14 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.16 0.12 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.13 0.16 0.11 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.19 0.12 0.09
O5' 0.10 0.17 0.05 0.05 0.15 0.01 0.16 0.01 0.17 0.14 0.17 0.16 0.17 0.15 0.13 0.05 0.13 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 0.17 0.18 0.19 0.16 0.16 0.14 0.17 0.14 0.13 0.15 0.18 0.12 0.13 0.16 0.16 0.16 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.11 0.15 0.12 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.16 0.14 0.12 0.11 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.03 0.09 0.01 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.05 0.06 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00