ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48072

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 11, 20, 10, 9, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.025, 0.073, 0.121, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.073 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.045, 0.098, 0.151, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.098 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.055, 0.109, 0.162, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.109 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.064, 0.126, 0.188, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.126 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.093, 0.173, 0.253, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.173 std_dev=0.080
N7 B 0, 0.115, 0.200, 0.285, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.200 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.093, 0.179, 0.265, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.179 std_dev=0.086
C5 B 0, 0.104, 0.192, 0.279, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.192 std_dev=0.087
C6 B 0, 0.115, 0.203, 0.291, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.203 std_dev=0.088
C8 B 0, 0.120, 0.209, 0.297, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.209 std_dev=0.088
N9 B 0, 0.119, 0.213, 0.306, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.213 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.100, 0.194, 0.288, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.194 std_dev=0.094
N6 B 0, 0.126, 0.220, 0.315, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.220 std_dev=0.095
C4 B 0, 0.102, 0.198, 0.295, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.198 std_dev=0.097
N1 B 0, 0.122, 0.219, 0.317, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.219 std_dev=0.098
O4' B 0, 0.195, 0.293, 0.391, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.293 std_dev=0.098
C1' B 0, 0.161, 0.260, 0.359, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.260 std_dev=0.099
C2' B 0, 0.173, 0.280, 0.387, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.280 std_dev=0.107
C2 B 0, 0.115, 0.224, 0.333, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.224 std_dev=0.109
N3 B 0, 0.106, 0.216, 0.326, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.216 std_dev=0.110
O5' B 0, 0.218, 0.331, 0.443, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.331 std_dev=0.113
C3' B 0, 0.176, 0.288, 0.401, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.288 std_dev=0.113
C4' B 0, 0.194, 0.309, 0.425, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.309 std_dev=0.116
OP2 B 0, 0.161, 0.279, 0.396, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.279 std_dev=0.117
C5' B 0, 0.211, 0.333, 0.456, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.333 std_dev=0.123
P B 0, 0.226, 0.355, 0.485, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.355 std_dev=0.129
O2' B 0, 0.219, 0.348, 0.478, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.348 std_dev=0.130
O3' B 0, 0.177, 0.310, 0.442, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.310 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.171, 0.309, 0.448, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.309 std_dev=0.138
P A 0, 0.185, 0.336, 0.487, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.336 std_dev=0.151
OP1 A 0, 0.154, 0.306, 0.458, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.306 std_dev=0.152
OP1 B 0, 0.333, 0.499, 0.665, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.499 std_dev=0.166
OP2 A 0, 0.263, 0.441, 0.619, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.441 std_dev=0.178

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.10 0.10 0.09 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.07 0.09 0.07
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.10 0.08 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.08 0.07 0.09 0.07
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.10 0.09 0.10 0.09
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.09 0.09 0.08 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.11 0.10 0.12 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.09 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
O5' 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.09 0.06 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.06 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.09 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06
C2 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07
C2' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07
C3' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06
C4 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06
C4' 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.09 0.08 0.06
C5 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.07
C5' 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.06
C6 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08
C8 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07
N1 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07
N3 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06
N6 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09
N7 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08
N9 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06
O2' 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11
O3' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.09 0.07 0.12 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06
O4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.07
O5' 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.07
OP1 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.08 0.08
OP2 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.10 0.09
P 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.06 0.07 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.02 0.09 0.02 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.07 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00