ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48073

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 21, 11, 6, 4, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.001, 0.022, 0.044, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.002, 0.031, 0.061, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.031 std_dev=0.029
N7 A 0, -0.004, 0.035, 0.075, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.035 std_dev=0.040
C8 A 0, -0.004, 0.040, 0.084, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.040 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.094, 0.182, 0.271, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.182 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.114, 0.204, 0.294, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.204 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.149, 0.244, 0.340, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.244 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.193, 0.324, 0.455, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.324 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.193, 0.333, 0.473, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.333 std_dev=0.140
OP2 B 0, 0.076, 0.245, 0.414, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.245 std_dev=0.169
O3' A 0, 0.279, 0.475, 0.670, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.475 std_dev=0.196
OP1 B 0, 0.068, 0.269, 0.469, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.269 std_dev=0.201
C5' A 0, 0.330, 0.534, 0.739, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.534 std_dev=0.204
P B 0, 0.075, 0.286, 0.498, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.286 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.365, 0.596, 0.827, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.596 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.105, 0.367, 0.628, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.367 std_dev=0.261
P A 0, 0.412, 0.696, 0.981, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.696 std_dev=0.284
OP1 A 0, 0.394, 0.699, 1.004, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.699 std_dev=0.305
OP2 A 0, 0.428, 0.768, 1.108, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.768 std_dev=0.340
C5' B 0, 0.152, 0.501, 0.849, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.501 std_dev=0.348
N7 B 0, 0.254, 0.673, 1.093, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.673 std_dev=0.419
C8 B 0, 0.247, 0.678, 1.109, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.678 std_dev=0.431
C4' B 0, 0.252, 0.686, 1.121, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.686 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.290, 0.735, 1.180, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.735 std_dev=0.445
C3' B 0, 0.282, 0.742, 1.202, 2.287 max_d=2.287 avg_d=0.742 std_dev=0.460
N6 B 0, 0.398, 0.859, 1.320, 2.403 max_d=2.403 avg_d=0.859 std_dev=0.461
C5 B 0, 0.349, 0.820, 1.291, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.820 std_dev=0.471
N9 B 0, 0.336, 0.819, 1.301, 2.454 max_d=2.454 avg_d=0.819 std_dev=0.483
C6 B 0, 0.420, 0.908, 1.397, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.908 std_dev=0.488
O3' B 0, 0.348, 0.838, 1.328, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.838 std_dev=0.490
C1' B 0, 0.353, 0.856, 1.359, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.856 std_dev=0.503
C4 B 0, 0.410, 0.921, 1.432, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.921 std_dev=0.511
C2' B 0, 0.345, 0.874, 1.402, 2.675 max_d=2.675 avg_d=0.874 std_dev=0.529
N1 B 0, 0.536, 1.075, 1.614, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.075 std_dev=0.539
N3 B 0, 0.529, 1.094, 1.659, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.094 std_dev=0.565
C2 B 0, 0.578, 1.152, 1.726, 3.121 max_d=3.121 avg_d=1.152 std_dev=0.574
O2' B 0, 0.361, 0.950, 1.540, 2.935 max_d=2.935 avg_d=0.950 std_dev=0.590

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.05 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.10 0.12 0.13 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.09 0.08 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.09 0.08 0.06
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.09 0.09 0.10 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.08 0.10 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.09 0.10 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.10 0.11 0.11 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.09 0.09 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.10 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.09 0.06 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.05 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.03
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.05 0.05
O5' 0.04 0.10 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.12 0.07 0.04 0.09 0.05 0.09 0.01 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.13 0.05 0.07 0.08 0.05 0.08 0.06 0.10 0.07 0.12 0.11 0.10 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.03 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.09 0.10 0.08 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.08 0.09 0.06 0.12 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07
C2 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08
C2' 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07
C3' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.10 0.07 0.14 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07
C4 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07
C4' 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.11 0.08 0.10 0.07 0.13 0.10 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06
C5 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.10 0.09 0.08 0.13 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08
C5' 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05 0.10 0.05 0.11 0.08 0.10 0.07 0.14 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06
C6 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.12 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07
C8 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.10 0.06 0.11 0.10 0.09 0.08 0.13 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.08
N1 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.06 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07
N3 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.09 0.06 0.12 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08
N6 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.13 0.11 0.12 0.09 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08
N7 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.12 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08
N9 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.06 0.12 0.10 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.10 0.07
O2' 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.09 0.14 0.11 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.12 0.09
O3' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.12 0.09 0.15 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07
O4' 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.13 0.11 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.12 0.09
O5' 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.11 0.08 0.14 0.11 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07
OP1 0.11 0.14 0.11 0.11 0.12 0.10 0.14 0.10 0.15 0.12 0.15 0.13 0.17 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.10
OP2 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.12 0.08 0.11 0.08 0.15 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07
P 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.12 0.08 0.11 0.08 0.15 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.10 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.08 0.08 0.12 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.08 0.11 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.10 0.14 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.10 0.11 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.09 0.10 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.11 0.13 0.17 0.13
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.11 0.12 0.15 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04
O5' 0.05 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.08 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.05 0.05 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.10 0.10 0.07 0.13 0.12 0.08 0.07 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.05 0.05 0.11 0.02 0.14 0.02 0.15 0.12 0.14 0.10 0.17 0.15 0.10 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.07 0.13 0.12 0.08 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00