Doublet Group distance statistics: 48074

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 1, 3, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.021, 0.034, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N3	A	0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N6	A	0, 0.046, 0.078, 0.109, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.078 std_dev=0.031
N7	A	0, 0.042, 0.074, 0.105, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.074 std_dev=0.032
C8	A	0, 0.043, 0.077, 0.110, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.077 std_dev=0.034
OP2	B	0, 0.116, 0.244, 0.371, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.244 std_dev=0.127
O4'	A	0, 0.106, 0.250, 0.395, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.250 std_dev=0.144
C2'	A	0, 0.121, 0.266, 0.410, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.266 std_dev=0.145
P	B	0, 0.122, 0.269, 0.416, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.269 std_dev=0.147
O2'	A	0, 0.192, 0.373, 0.553, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.373 std_dev=0.180
O5'	B	0, 0.142, 0.331, 0.521, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.331 std_dev=0.190
C4'	A	0, 0.151, 0.349, 0.546, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.349 std_dev=0.198
C5'	B	0, 0.186, 0.390, 0.593, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.390 std_dev=0.203
OP1	B	0, 0.115, 0.328, 0.540, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.328 std_dev=0.212
C4'	B	0, 0.232, 0.450, 0.668, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.450 std_dev=0.218
P	A	0, 0.198, 0.420, 0.642, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.420 std_dev=0.222
C3'	A	0, 0.160, 0.382, 0.605, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.382 std_dev=0.222
C3'	B	0, 0.251, 0.483, 0.714, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.483 std_dev=0.232
O3'	B	0, 0.292, 0.559, 0.827, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.559 std_dev=0.267
O4'	B	0, 0.287, 0.558, 0.828, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.558 std_dev=0.270
C2'	B	0, 0.279, 0.579, 0.880, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.579 std_dev=0.301
C1'	B	0, 0.281, 0.582, 0.883, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.582 std_dev=0.301
O3'	A	0, 0.252, 0.583, 0.914, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.583 std_dev=0.331
N9	B	0, 0.275, 0.611, 0.946, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.611 std_dev=0.336
C8	B	0, 0.297, 0.636, 0.975, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.636 std_dev=0.339
O2'	B	0, 0.324, 0.689, 1.054, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.689 std_dev=0.365
C4	B	0, 0.257, 0.628, 1.000, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.628 std_dev=0.371
C5'	A	0, 0.275, 0.648, 1.020, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.648 std_dev=0.373
N7	B	0, 0.294, 0.668, 1.042, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.668 std_dev=0.374
N3	B	0, 0.254, 0.635, 1.016, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.635 std_dev=0.381
C5	B	0, 0.261, 0.658, 1.055, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.658 std_dev=0.397
C2	B	0, 0.239, 0.664, 1.089, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.664 std_dev=0.425
OP1	A	0, 0.395, 0.825, 1.255, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.825 std_dev=0.430
O5'	A	0, 0.309, 0.743, 1.177, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.743 std_dev=0.434
OP2	A	0, 0.318, 0.753, 1.189, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.753 std_dev=0.436
C6	B	0, 0.247, 0.690, 1.132, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.690 std_dev=0.443
N1	B	0, 0.229, 0.686, 1.142, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.686 std_dev=0.456
N6	B	0, 0.259, 0.739, 1.218, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.739 std_dev=0.479

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.21	0.25	0.32	0.12
C2	0.04	0.00	0.14	0.10	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.19	0.15	0.07	0.25	0.31	0.28	0.11
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.08	0.01	0.06	0.02	0.08	0.05	0.12	0.14	0.07	0.03	0.01	0.01	0.03	0.01	0.07	0.28	0.32	0.08
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.05	0.08	0.07	0.10	0.05	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.23	0.36	0.29	0.11
C4	0.02	0.01	0.08	0.04	0.00	0.04	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.07	0.04	0.24	0.33	0.28	0.10
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.07	0.04	0.05	0.06	0.07	0.04	0.03	0.02	0.01	0.02	0.32	0.30	0.07
C5	0.02	0.01	0.06	0.04	0.01	0.05	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.04	0.04	0.24	0.38	0.25	0.08
C5'	0.03	0.11	0.02	0.02	0.11	0.01	0.14	0.00	0.15	0.14	0.13	0.09	0.17	0.16	0.09	0.02	0.05	0.03	0.01	0.43	0.29	0.02
C6	0.02	0.01	0.08	0.05	0.01	0.05	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.07	0.05	0.24	0.38	0.24	0.08
C8	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.07	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.09	0.05	0.22	0.38	0.26	0.11
N1	0.03	0.00	0.12	0.07	0.01	0.04	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.12	0.06	0.25	0.35	0.26	0.08
N3	0.04	0.00	0.14	0.10	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.18	0.14	0.07	0.25	0.29	0.30	0.12
N6	0.02	0.01	0.07	0.05	0.01	0.06	0.01	0.17	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.10	0.06	0.05	0.24	0.40	0.22	0.07
N7	0.02	0.01	0.03	0.06	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.03	0.07	0.04	0.23	0.40	0.24	0.10
N9	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.22	0.32	0.28	0.10
O2'	0.01	0.19	0.01	0.01	0.10	0.03	0.08	0.02	0.11	0.03	0.16	0.18	0.10	0.03	0.02	0.00	0.06	0.03	0.09	0.21	0.33	0.10
O3'	0.03	0.15	0.03	0.01	0.07	0.02	0.04	0.05	0.07	0.09	0.12	0.14	0.06	0.07	0.02	0.06	0.00	0.02	0.45	0.35	0.30	0.20
O4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.04	0.01	0.04	0.03	0.05	0.05	0.06	0.07	0.05	0.04	0.02	0.03	0.02	0.00	0.33	0.25	0.31	0.15
O5'	0.21	0.25	0.07	0.23	0.24	0.02	0.24	0.01	0.24	0.22	0.25	0.25	0.24	0.23	0.22	0.09	0.45	0.33	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.25	0.31	0.28	0.36	0.33	0.32	0.38	0.43	0.38	0.38	0.35	0.29	0.40	0.40	0.32	0.21	0.35	0.25	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.32	0.28	0.32	0.29	0.28	0.30	0.25	0.29	0.24	0.26	0.26	0.30	0.22	0.24	0.28	0.33	0.30	0.31	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.12	0.11	0.08	0.11	0.10	0.07	0.08	0.02	0.08	0.11	0.08	0.12	0.07	0.10	0.10	0.10	0.20	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.13	0.11	0.16	0.14	0.12	0.09	0.13	0.07	0.13	0.14	0.12	0.11	0.13	0.14	0.13	0.20	0.19	0.10	0.10	0.10	0.10	0.09
C2	0.08	0.08	0.10	0.10	0.08	0.07	0.08	0.07	0.08	0.08	0.08	0.08	0.09	0.08	0.08	0.15	0.15	0.06	0.08	0.14	0.11	0.08
C2'	0.05	0.08	0.07	0.06	0.06	0.06	0.06	0.10	0.06	0.06	0.07	0.07	0.06	0.06	0.06	0.15	0.09	0.06	0.14	0.14	0.12	0.11
C3'	0.09	0.11	0.09	0.09	0.10	0.12	0.10	0.16	0.10	0.10	0.10	0.11	0.10	0.10	0.09	0.13	0.06	0.11	0.19	0.20	0.15	0.17
C4	0.08	0.08	0.10	0.10	0.08	0.07	0.08	0.07	0.08	0.09	0.08	0.08	0.09	0.09	0.08	0.14	0.15	0.07	0.08	0.13	0.10	0.08
C4'	0.07	0.07	0.08	0.07	0.07	0.05	0.07	0.05	0.07	0.08	0.07	0.07	0.07	0.07	0.07	0.14	0.13	0.06	0.11	0.06	0.07	0.07
C5	0.06	0.06	0.07	0.08	0.06	0.08	0.07	0.10	0.07	0.08	0.06	0.06	0.08	0.08	0.06	0.09	0.13	0.08	0.10	0.14	0.12	0.09
C5'	0.08	0.11	0.06	0.06	0.08	0.08	0.07	0.05	0.08	0.06	0.09	0.10	0.08	0.06	0.07	0.11	0.17	0.10	0.10	0.06	0.07	0.08
C6	0.06	0.05	0.06	0.07	0.06	0.09	0.07	0.11	0.07	0.08	0.06	0.05	0.09	0.08	0.06	0.08	0.12	0.08	0.11	0.16	0.13	0.11
C8	0.08	0.07	0.10	0.10	0.08	0.08	0.09	0.08	0.09	0.10	0.08	0.08	0.09	0.10	0.08	0.12	0.15	0.08	0.09	0.12	0.10	0.08
N1	0.06	0.05	0.07	0.07	0.05	0.07	0.06	0.10	0.06	0.07	0.05	0.05	0.08	0.07	0.06	0.10	0.13	0.07	0.10	0.15	0.12	0.09
N3	0.10	0.10	0.12	0.11	0.10	0.07	0.10	0.06	0.10	0.10	0.10	0.10	0.11	0.10	0.10	0.17	0.17	0.08	0.08	0.13	0.10	0.08
N6	0.09	0.08	0.07	0.08	0.09	0.12	0.10	0.15	0.10	0.11	0.09	0.08	0.12	0.12	0.10	0.06	0.11	0.12	0.14	0.19	0.15	0.14
N7	0.07	0.07	0.07	0.08	0.07	0.09	0.08	0.11	0.08	0.09	0.07	0.07	0.09	0.09	0.08	0.08	0.13	0.09	0.11	0.14	0.12	0.09
N9	0.09	0.08	0.12	0.11	0.09	0.07	0.10	0.06	0.10	0.11	0.09	0.08	0.11	0.11	0.10	0.16	0.16	0.07	0.08	0.12	0.10	0.08
O2'	0.08	0.10	0.10	0.09	0.09	0.09	0.09	0.12	0.09	0.09	0.09	0.09	0.09	0.09	0.09	0.18	0.10	0.09	0.15	0.14	0.11	0.10
O3'	0.19	0.22	0.17	0.18	0.21	0.24	0.20	0.28	0.21	0.19	0.22	0.22	0.20	0.20	0.20	0.17	0.10	0.22	0.29	0.32	0.22	0.26
O4'	0.19	0.17	0.21	0.20	0.19	0.18	0.19	0.15	0.19	0.20	0.18	0.17	0.19	0.20	0.19	0.23	0.24	0.18	0.16	0.18	0.17	0.18
O5'	0.08	0.12	0.15	0.12	0.07	0.16	0.07	0.16	0.07	0.12	0.09	0.11	0.07	0.11	0.08	0.21	0.03	0.15	0.18	0.20	0.19	0.22
OP1	0.14	0.29	0.14	0.09	0.23	0.12	0.21	0.22	0.24	0.13	0.28	0.28	0.23	0.16	0.17	0.31	0.02	0.05	0.34	0.30	0.36	0.33
OP2	0.07	0.16	0.10	0.03	0.13	0.06	0.14	0.06	0.16	0.11	0.17	0.14	0.17	0.13	0.10	0.19	0.01	0.05	0.12	0.15	0.22	0.18
P	0.04	0.04	0.07	0.02	0.05	0.06	0.04	0.07	0.04	0.05	0.04	0.05	0.05	0.05	0.05	0.14	0.01	0.05	0.11	0.11	0.10	0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.02	0.08	0.06	0.06
C2	0.03	0.00	0.04	0.04	0.01	0.07	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.08	0.08	0.07	0.07	0.12	0.07	0.09
C2'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.04	0.04	0.03	0.03	0.04	0.02	0.00	0.04	0.01	0.06	0.14	0.09	0.11
C3'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.04	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.01	0.07	0.12	0.10	0.12
C4	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.06	0.04	0.04	0.11	0.06	0.07
C4'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.04	0.05	0.07	0.04	0.04	0.01	0.03	0.03	0.00	0.01	0.06	0.06	0.05
C5	0.01	0.00	0.03	0.02	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.06	0.03	0.05	0.13	0.08	0.08
C5'	0.02	0.07	0.02	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.06	0.08	0.06	0.07	0.07	0.08	0.04	0.03	0.03	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.07	0.04	0.05	0.13	0.08	0.08
C8	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.08	0.05	0.04	0.07	0.15	0.09	0.10
N1	0.03	0.00	0.04	0.04	0.01	0.05	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.08	0.05	0.05	0.12	0.07	0.08
N3	0.03	0.00	0.03	0.04	0.00	0.07	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.08	0.07	0.07	0.12	0.07	0.09
N6	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.09	0.06	0.04	0.06	0.16	0.09	0.09
N7	0.01	0.01	0.04	0.03	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.09	0.05	0.04	0.07	0.16	0.10	0.10
N9	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.05	0.01	0.03	0.11	0.07	0.07
O2'	0.02	0.08	0.00	0.03	0.05	0.03	0.07	0.03	0.07	0.08	0.07	0.08	0.09	0.09	0.04	0.00	0.09	0.02	0.08	0.16	0.12	0.13
O3'	0.05	0.08	0.04	0.01	0.06	0.03	0.06	0.03	0.07	0.05	0.08	0.08	0.06	0.05	0.05	0.09	0.00	0.04	0.07	0.10	0.14	0.13
O4'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.05	0.07	0.04	0.04	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.08	0.04	0.03
O5'	0.02	0.07	0.06	0.07	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.07	0.05	0.07	0.06	0.07	0.03	0.08	0.07	0.02	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.08	0.12	0.14	0.12	0.11	0.06	0.13	0.07	0.13	0.15	0.12	0.12	0.16	0.16	0.11	0.16	0.10	0.08	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.06	0.07	0.09	0.10	0.06	0.06	0.08	0.02	0.08	0.09	0.07	0.07	0.09	0.10	0.07	0.12	0.14	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.09	0.11	0.12	0.07	0.05	0.08	0.01	0.08	0.10	0.08	0.09	0.09	0.10	0.07	0.13	0.13	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00