ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48076

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.025, 0.043, 0.062, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.043 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.048, 0.088, 0.128, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.088 std_dev=0.040
C4 A 0, 0.036, 0.080, 0.125, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.080 std_dev=0.045
C5 A 0, 0.052, 0.106, 0.160, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.106 std_dev=0.054
N1 A 0, 0.027, 0.084, 0.142, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.084 std_dev=0.057
C1' A 0, 0.035, 0.103, 0.170, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.103 std_dev=0.068
N3 A 0, 0.046, 0.116, 0.186, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.116 std_dev=0.070
C2 A 0, 0.046, 0.125, 0.204, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.125 std_dev=0.079
C8 A 0, 0.103, 0.187, 0.272, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.187 std_dev=0.085
N7 A 0, 0.107, 0.201, 0.295, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.201 std_dev=0.094
N6 A 0, 0.072, 0.169, 0.267, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.169 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.124, 0.275, 0.425, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.275 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.098, 0.256, 0.414, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.256 std_dev=0.158
O4' A 0, 0.219, 0.392, 0.565, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.392 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.187, 0.421, 0.655, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.421 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.090, 0.354, 0.618, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.354 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.464, 0.831, 1.198, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.831 std_dev=0.367
O3' A 0, 0.381, 0.765, 1.148, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.765 std_dev=0.383
P B 0, 0.421, 0.824, 1.227, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.824 std_dev=0.403
C4' B 0, 0.317, 0.720, 1.123, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.720 std_dev=0.403
C5' A 0, 0.242, 0.655, 1.069, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.655 std_dev=0.413
OP2 B 0, 0.473, 0.938, 1.404, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.938 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.300, 0.813, 1.325, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.813 std_dev=0.512
OP1 B 0, 0.438, 0.966, 1.494, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.966 std_dev=0.528
P A 0, 0.575, 1.152, 1.729, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.152 std_dev=0.577
C5' B 0, 0.225, 0.987, 1.749, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.987 std_dev=0.762
OP1 A 0, 0.943, 1.720, 2.497, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.720 std_dev=0.777
OP2 A 0, 1.204, 2.100, 2.997, 2.730 max_d=2.730 avg_d=2.100 std_dev=0.896
O4' B 0, 1.261, 2.163, 3.064, 2.811 max_d=2.811 avg_d=2.163 std_dev=0.901
C3' B 0, 1.113, 2.293, 3.473, 3.768 max_d=3.768 avg_d=2.293 std_dev=1.180
C1' B 0, 1.565, 2.908, 4.250, 4.324 max_d=4.324 avg_d=2.908 std_dev=1.343
O3' B 0, 1.907, 3.363, 4.819, 4.569 max_d=4.569 avg_d=3.363 std_dev=1.456
O2' B 0, 0.769, 2.263, 3.757, 4.410 max_d=4.410 avg_d=2.263 std_dev=1.494
C2' B 0, 1.123, 2.635, 4.147, 4.683 max_d=4.683 avg_d=2.635 std_dev=1.512
N3 B 0, 2.895, 4.922, 6.950, 6.093 max_d=6.093 avg_d=4.922 std_dev=2.028
N9 B 0, 2.779, 4.812, 6.845, 6.391 max_d=6.391 avg_d=4.812 std_dev=2.033
C4 B 0, 3.312, 5.648, 7.983, 7.121 max_d=7.121 avg_d=5.648 std_dev=2.336
C2 B 0, 3.632, 6.156, 8.680, 7.343 max_d=7.343 avg_d=6.156 std_dev=2.524
C8 B 0, 3.713, 6.371, 9.028, 8.249 max_d=8.249 avg_d=6.371 std_dev=2.658
C5 B 0, 4.439, 7.537, 10.635, 9.288 max_d=9.288 avg_d=7.537 std_dev=3.098
N1 B 0, 4.650, 7.876, 11.101, 9.332 max_d=9.332 avg_d=7.876 std_dev=3.225
N7 B 0, 4.723, 8.032, 11.342, 10.032 max_d=10.032 avg_d=8.032 std_dev=3.309
C6 B 0, 5.119, 8.668, 12.217, 10.397 max_d=10.397 avg_d=8.668 std_dev=3.549
N6 B 0, 6.234, 10.549, 14.864, 12.537 max_d=12.537 avg_d=10.549 std_dev=4.315

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.11 0.13 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.12 0.12 0.05
C2 0.13 0.00 0.11 0.09 0.03 0.12 0.04 0.12 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.17 0.08 0.16 0.19 0.13 0.24 0.15
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.08 0.12 0.08 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.13 0.14 0.10
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.13 0.08 0.11 0.13 0.14 0.08 0.03 0.01 0.02 0.14 0.14 0.17 0.15
C4 0.05 0.03 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.08 0.14 0.08 0.20 0.07
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.09 0.14 0.11 0.12 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.11 0.17 0.07
C5 0.02 0.04 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.12 0.06 0.15 0.08 0.25 0.10
C5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.14 0.11 0.13 0.19 0.16 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.13 0.17 0.03
C6 0.04 0.03 0.04 0.08 0.02 0.06 0.01 0.12 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.11 0.07 0.18 0.10 0.30 0.15
C8 0.05 0.06 0.07 0.13 0.02 0.10 0.04 0.14 0.05 0.00 0.05 0.03 0.09 0.01 0.01 0.06 0.16 0.10 0.13 0.13 0.16 0.08
N1 0.11 0.01 0.08 0.08 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.13 0.09 0.13 0.19 0.11 0.29 0.16
N3 0.13 0.01 0.12 0.11 0.01 0.14 0.03 0.13 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.17 0.10 0.16 0.16 0.14 0.19 0.12
N6 0.02 0.03 0.08 0.13 0.01 0.11 0.03 0.19 0.01 0.09 0.02 0.03 0.00 0.10 0.03 0.07 0.17 0.07 0.21 0.18 0.37 0.20
N7 0.05 0.05 0.07 0.14 0.02 0.12 0.02 0.16 0.05 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.03 0.06 0.19 0.09 0.13 0.13 0.24 0.09
N9 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.03 0.10 0.09 0.14 0.03
O2' 0.03 0.17 0.01 0.03 0.06 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.13 0.17 0.07 0.06 0.02 0.00 0.08 0.08 0.09 0.16 0.16 0.10
O3' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.07 0.02 0.12 0.03 0.11 0.16 0.09 0.10 0.17 0.19 0.08 0.08 0.00 0.02 0.20 0.16 0.24 0.19
O4' 0.01 0.16 0.03 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.13 0.16 0.07 0.09 0.03 0.08 0.02 0.00 0.09 0.13 0.14 0.07
O5' 0.07 0.19 0.08 0.14 0.14 0.01 0.15 0.00 0.18 0.13 0.19 0.16 0.21 0.13 0.10 0.09 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.13 0.13 0.14 0.08 0.11 0.08 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.18 0.13 0.09 0.16 0.16 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.12 0.24 0.14 0.17 0.20 0.17 0.25 0.17 0.30 0.16 0.29 0.19 0.37 0.24 0.14 0.16 0.24 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.05 0.15 0.10 0.15 0.07 0.07 0.10 0.03 0.15 0.08 0.16 0.12 0.20 0.09 0.03 0.10 0.19 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.58 0.23 0.26 0.22 0.21 0.18 0.31 0.35 0.28 0.55 0.43 0.34 0.19 0.14 0.22 0.32 0.28 0.40 0.07 0.09 0.12
C2 0.34 0.69 0.11 0.26 0.46 0.27 0.50 0.27 0.64 0.41 0.76 0.54 0.69 0.44 0.38 0.13 0.46 0.40 0.44 0.09 0.17 0.15
C2' 0.15 0.61 0.27 0.25 0.26 0.19 0.24 0.32 0.37 0.33 0.55 0.48 0.36 0.27 0.16 0.27 0.25 0.23 0.38 0.13 0.09 0.14
C3' 0.14 0.64 0.44 0.34 0.35 0.15 0.30 0.26 0.43 0.23 0.59 0.54 0.42 0.23 0.17 0.45 0.19 0.17 0.19 0.05 0.05 0.04
C4 0.23 0.70 0.19 0.23 0.40 0.19 0.42 0.17 0.59 0.28 0.73 0.53 0.61 0.30 0.26 0.19 0.36 0.33 0.43 0.11 0.19 0.17
C4' 0.10 0.56 0.39 0.33 0.26 0.19 0.25 0.37 0.37 0.29 0.52 0.44 0.38 0.29 0.14 0.39 0.19 0.17 0.17 0.15 0.07 0.04
C5 0.27 0.79 0.31 0.26 0.53 0.17 0.58 0.14 0.75 0.34 0.85 0.63 0.81 0.44 0.35 0.34 0.38 0.33 0.40 0.19 0.27 0.20
C5' 0.13 0.57 0.49 0.40 0.29 0.18 0.28 0.32 0.39 0.25 0.53 0.47 0.40 0.27 0.15 0.51 0.23 0.15 0.07 0.29 0.12 0.11
C6 0.29 0.82 0.27 0.24 0.57 0.18 0.65 0.19 0.84 0.42 0.92 0.64 0.93 0.54 0.40 0.29 0.40 0.35 0.38 0.19 0.28 0.19
C8 0.27 0.77 0.47 0.36 0.51 0.16 0.50 0.08 0.65 0.21 0.78 0.65 0.66 0.31 0.31 0.51 0.36 0.30 0.43 0.20 0.26 0.24
N1 0.31 0.78 0.13 0.21 0.53 0.21 0.61 0.21 0.79 0.43 0.87 0.60 0.87 0.52 0.40 0.12 0.42 0.37 0.42 0.12 0.24 0.16
N3 0.32 0.63 0.16 0.28 0.37 0.28 0.38 0.30 0.52 0.36 0.66 0.48 0.54 0.34 0.32 0.17 0.46 0.39 0.47 0.12 0.14 0.17
N6 0.35 0.87 0.37 0.29 0.65 0.24 0.76 0.28 0.95 0.51 0.99 0.70 1.07 0.66 0.48 0.41 0.45 0.37 0.31 0.30 0.36 0.24
N7 0.34 0.83 0.50 0.38 0.60 0.21 0.63 0.17 0.78 0.35 0.87 0.70 0.82 0.47 0.41 0.55 0.43 0.35 0.41 0.26 0.32 0.26
N9 0.17 0.68 0.28 0.26 0.37 0.16 0.35 0.16 0.52 0.20 0.68 0.53 0.52 0.20 0.19 0.28 0.31 0.28 0.44 0.11 0.17 0.18
O2' 0.35 0.45 0.31 0.33 0.23 0.34 0.33 0.50 0.33 0.58 0.42 0.31 0.38 0.52 0.36 0.33 0.42 0.35 0.33 0.17 0.11 0.14
O3' 0.25 0.64 0.55 0.46 0.40 0.20 0.37 0.28 0.46 0.31 0.59 0.57 0.46 0.33 0.26 0.57 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01
O4' 0.15 0.55 0.28 0.26 0.21 0.20 0.17 0.35 0.32 0.27 0.51 0.41 0.32 0.21 0.11 0.26 0.24 0.25 0.28 0.08 0.07 0.05
O5' 0.20 0.62 0.55 0.44 0.34 0.21 0.30 0.31 0.44 0.21 0.59 0.51 0.43 0.21 0.20 0.60 0.29 0.19 0.26 0.22 0.18 0.16
OP1 0.17 0.60 0.57 0.48 0.33 0.22 0.30 0.34 0.43 0.21 0.58 0.49 0.43 0.22 0.19 0.64 0.36 0.10 0.21 0.27 0.21 0.14
OP2 0.27 0.65 0.62 0.47 0.42 0.18 0.38 0.16 0.50 0.21 0.63 0.56 0.49 0.24 0.28 0.76 0.40 0.24 0.20 0.36 0.17 0.21
P 0.14 0.59 0.54 0.44 0.32 0.18 0.29 0.25 0.43 0.18 0.57 0.47 0.43 0.19 0.16 0.64 0.34 0.10 0.24 0.28 0.20 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.41 0.65 0.38 0.40
C2 0.08 0.00 0.19 0.16 0.01 0.35 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.42 0.18 0.38 0.88 0.84 0.72 0.74
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.08 0.02 0.02 0.11 0.06 0.12 0.14 0.19 0.03 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.58 0.97 0.69 0.72
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.11 0.09 0.14 0.15 0.12 0.10 0.07 0.04 0.01 0.02 0.37 0.89 0.47 0.57
C4 0.04 0.01 0.08 0.10 0.00 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.08 0.20 0.67 0.70 0.54 0.55
C4' 0.02 0.35 0.02 0.01 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.25 0.26 0.34 0.10 0.19 0.06 0.12 0.02 0.01 0.04 0.38 0.16 0.10
C5 0.03 0.01 0.02 0.10 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.06 0.10 0.61 0.61 0.47 0.47
C5' 0.07 0.49 0.11 0.03 0.15 0.01 0.16 0.00 0.16 0.53 0.35 0.45 0.18 0.43 0.19 0.10 0.05 0.02 0.01 0.27 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.19 0.09 0.18 0.71 0.67 0.56 0.56
C8 0.02 0.01 0.12 0.09 0.01 0.25 0.01 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.28 0.05 0.17 0.38 0.48 0.22 0.28
N1 0.06 0.01 0.14 0.14 0.02 0.26 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.33 0.15 0.29 0.83 0.77 0.68 0.68
N3 0.08 0.01 0.19 0.15 0.00 0.34 0.01 0.45 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.39 0.16 0.39 0.82 0.82 0.67 0.70
N6 0.02 0.02 0.03 0.12 0.01 0.10 0.03 0.18 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.15 0.07 0.13 0.68 0.63 0.53 0.53
N7 0.03 0.01 0.08 0.10 0.01 0.19 0.01 0.43 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.20 0.05 0.10 0.45 0.50 0.29 0.32
N9 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.03 0.02 0.48 0.61 0.38 0.40
O2' 0.03 0.42 0.01 0.04 0.19 0.12 0.12 0.10 0.19 0.28 0.33 0.39 0.15 0.20 0.06 0.00 0.09 0.15 0.56 1.08 0.78 0.78
O3' 0.06 0.18 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.05 0.09 0.05 0.15 0.16 0.07 0.05 0.03 0.09 0.00 0.09 0.19 0.84 0.40 0.44
O4' 0.01 0.38 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.02 0.18 0.17 0.29 0.39 0.13 0.10 0.02 0.15 0.09 0.00 0.27 0.42 0.25 0.18
O5' 0.41 0.88 0.58 0.37 0.67 0.04 0.61 0.01 0.71 0.38 0.83 0.82 0.68 0.45 0.48 0.56 0.19 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.65 0.84 0.97 0.89 0.70 0.38 0.61 0.27 0.67 0.48 0.77 0.82 0.63 0.50 0.61 1.08 0.84 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.72 0.69 0.47 0.54 0.16 0.47 0.36 0.56 0.22 0.68 0.67 0.53 0.29 0.38 0.78 0.40 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.40 0.74 0.72 0.57 0.55 0.10 0.47 0.02 0.56 0.28 0.68 0.70 0.53 0.32 0.40 0.78 0.44 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00