ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48077

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.010, 0.029, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.018, 0.052, 0.086, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.052 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.022, 0.058, 0.095, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.058 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.034, 0.112, 0.190, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.112 std_dev=0.078
C2' B 0, 0.094, 0.173, 0.252, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.173 std_dev=0.079
O5' B 0, 0.088, 0.172, 0.255, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.172 std_dev=0.084
C1' B 0, 0.082, 0.176, 0.269, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.176 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.033, 0.130, 0.226, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.130 std_dev=0.097
O4' B 0, 0.063, 0.163, 0.262, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.163 std_dev=0.100
C3' B 0, 0.099, 0.201, 0.304, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.201 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.036, 0.144, 0.251, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.144 std_dev=0.108
C4' B 0, 0.085, 0.193, 0.301, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.193 std_dev=0.108
P A 0, 0.081, 0.191, 0.301, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.191 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.046, 0.158, 0.270, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.158 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.053, 0.175, 0.297, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.175 std_dev=0.122
O3' B 0, 0.110, 0.236, 0.362, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.236 std_dev=0.126
O2' B 0, 0.032, 0.170, 0.307, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.170 std_dev=0.138
P B 0, 0.108, 0.252, 0.395, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.252 std_dev=0.143
C5' B 0, 0.116, 0.262, 0.408, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.262 std_dev=0.146
N9 B 0, 0.097, 0.254, 0.411, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.254 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.063, 0.228, 0.393, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.228 std_dev=0.165
C8 B 0, 0.120, 0.292, 0.465, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.292 std_dev=0.172
OP2 B 0, 0.117, 0.303, 0.490, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.303 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.134, 0.334, 0.533, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.334 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.160, 0.375, 0.590, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.375 std_dev=0.215
N7 B 0, 0.150, 0.376, 0.602, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.376 std_dev=0.226
OP1 B 0, 0.112, 0.349, 0.586, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.349 std_dev=0.237
C5 B 0, 0.154, 0.394, 0.634, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.394 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.194, 0.460, 0.726, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.460 std_dev=0.266
OP1 A 0, 0.189, 0.464, 0.740, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.464 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.189, 0.479, 0.768, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.479 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.205, 0.508, 0.810, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.508 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.118, 0.445, 0.772, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.445 std_dev=0.327
N6 B 0, 0.210, 0.547, 0.884, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.547 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.260, 0.681, 1.103, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.681 std_dev=0.421

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.15 0.12 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.07 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.05 0.04 0.08 0.25 0.01 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.18 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.14 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.20 0.08 0.06
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.08 0.22 0.07 0.06
C5' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.11 0.10 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.24 0.03 0.04
C8 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.18 0.11 0.08
N1 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.08 0.26 0.01 0.02
N3 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.04 0.07 0.22 0.05 0.04
N6 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.25 0.03 0.04
N7 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.09 0.20 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.17 0.11 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.17 0.19 0.21 0.07
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.12 0.14 0.12 0.02
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.15 0.07 0.08
O5' 0.05 0.08 0.13 0.15 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.17 0.12 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.15 0.25 0.16 0.14 0.20 0.14 0.22 0.14 0.24 0.18 0.26 0.22 0.25 0.20 0.17 0.19 0.14 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.12 0.01 0.18 0.14 0.08 0.07 0.07 0.05 0.03 0.11 0.01 0.05 0.03 0.09 0.11 0.21 0.12 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.07 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.07 0.02 0.07 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.08 0.11 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.03 0.07 0.08 0.12 0.08
C2 0.07 0.05 0.06 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.13 0.06 0.05 0.10 0.12 0.10 0.05 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.04
C2' 0.06 0.12 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.07 0.02 0.10 0.12 0.05 0.02 0.06 0.11 0.02 0.02 0.07 0.08 0.12 0.08
C3' 0.04 0.12 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.10 0.11 0.04 0.02 0.03 0.09 0.04 0.04 0.07 0.07 0.10 0.06
C4 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.07 0.11 0.06
C4' 0.03 0.12 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.04 0.03 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05
C5 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.08 0.04
C5' 0.06 0.13 0.04 0.07 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.12 0.11 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.10 0.10 0.05 0.08 0.05
C6 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04 0.10 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03
C8 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.08 0.04 0.04 0.06 0.11 0.04 0.06 0.05 0.10 0.12 0.09
N1 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.12 0.07 0.10 0.06 0.05 0.09 0.10 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.04
N3 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.11 0.05
N6 0.03 0.10 0.03 0.06 0.06 0.08 0.07 0.11 0.10 0.02 0.11 0.07 0.12 0.05 0.02 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03
N7 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.04 0.08 0.08 0.06
N9 0.08 0.08 0.08 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.04 0.06 0.08 0.13 0.08
O2' 0.08 0.13 0.08 0.02 0.09 0.01 0.07 0.04 0.08 0.04 0.11 0.13 0.06 0.04 0.07 0.12 0.01 0.03 0.06 0.08 0.11 0.07
O3' 0.05 0.12 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.10 0.12 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05 0.04 0.05 0.09 0.10 0.07
O4' 0.05 0.11 0.07 0.02 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.09 0.11 0.04 0.03 0.04 0.12 0.01 0.04 0.08 0.07 0.10 0.07
O5' 0.30 0.33 0.34 0.28 0.31 0.22 0.29 0.19 0.30 0.26 0.32 0.33 0.30 0.27 0.30 0.36 0.26 0.22 0.13 0.14 0.11 0.12
OP1 0.21 0.09 0.19 0.21 0.10 0.24 0.07 0.24 0.03 0.16 0.07 0.09 0.02 0.11 0.16 0.19 0.23 0.25 0.25 0.22 0.19 0.20
OP2 0.13 0.22 0.20 0.20 0.15 0.15 0.14 0.13 0.17 0.10 0.21 0.19 0.16 0.11 0.12 0.23 0.24 0.12 0.08 0.09 0.10 0.08
P 0.09 0.13 0.08 0.06 0.11 0.07 0.11 0.07 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04
C2 0.06 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.12 0.05 0.08 0.06 0.13 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.09 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03
C4 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.06 0.10 0.05
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.10 0.08 0.06
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03 0.05 0.06 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.06 0.10 0.08 0.06
C8 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.07 0.12 0.08 0.08
N1 0.05 0.00 0.09 0.08 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.10 0.03 0.07 0.07 0.11 0.06
N3 0.06 0.01 0.10 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.10 0.05 0.08 0.05 0.14 0.09
N6 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.08 0.14 0.08 0.08
N7 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.15 0.09 0.09
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.04
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.03 0.11 0.11 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.11 0.08
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.10 0.10 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.06
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.05
O5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.10 0.03 0.10 0.12 0.07 0.05 0.14 0.15 0.06 0.08 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.09 0.13 0.07 0.03 0.10 0.05 0.08 0.02 0.08 0.08 0.11 0.14 0.08 0.09 0.09 0.11 0.04 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.04 0.08 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00