ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48079

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C8 A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.025
O4' A 0, -0.008, 0.067, 0.143, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.067 std_dev=0.076
P A 0, 0.011, 0.098, 0.185, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.098 std_dev=0.087
C2' A 0, -0.019, 0.074, 0.168, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.074 std_dev=0.093
C4' A 0, -0.021, 0.107, 0.234, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.107 std_dev=0.128
C3' A 0, -0.035, 0.104, 0.244, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.104 std_dev=0.140
OP1 A 0, -0.001, 0.142, 0.285, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.142 std_dev=0.143
OP2 B 0, 0.016, 0.173, 0.330, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.173 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.003, 0.170, 0.336, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.170 std_dev=0.167
O2' A 0, -0.020, 0.154, 0.328, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.154 std_dev=0.174
C5' A 0, -0.049, 0.133, 0.315, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.133 std_dev=0.182
OP1 B 0, 0.019, 0.230, 0.442, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.230 std_dev=0.211
P B 0, 0.005, 0.224, 0.443, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.224 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.014, 0.252, 0.491, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.252 std_dev=0.239
C8 B 0, 0.022, 0.282, 0.542, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.282 std_dev=0.260
O3' A 0, -0.093, 0.169, 0.430, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.169 std_dev=0.262
C5' B 0, 0.006, 0.296, 0.586, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.296 std_dev=0.290
N9 B 0, 0.021, 0.311, 0.602, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.311 std_dev=0.290
N7 B 0, 0.013, 0.305, 0.598, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.305 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.011, 0.312, 0.613, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.312 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.010, 0.320, 0.630, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.320 std_dev=0.310
O4' B 0, -0.003, 0.310, 0.622, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.310 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.004, 0.323, 0.643, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.323 std_dev=0.320
O3' B 0, -0.015, 0.307, 0.628, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.307 std_dev=0.321
C4' B 0, -0.003, 0.328, 0.659, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.328 std_dev=0.331
C3' B 0, -0.014, 0.317, 0.648, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.317 std_dev=0.331
C6 B 0, -0.004, 0.330, 0.665, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.330 std_dev=0.335
C4 B 0, 0.025, 0.364, 0.703, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.364 std_dev=0.339
C2' B 0, -0.011, 0.329, 0.669, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.329 std_dev=0.340
N6 B 0, -0.034, 0.325, 0.685, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.325 std_dev=0.359
O2' B 0, -0.004, 0.358, 0.719, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.358 std_dev=0.362
N1 B 0, 0.026, 0.418, 0.809, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.418 std_dev=0.391
N3 B 0, 0.025, 0.481, 0.936, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.481 std_dev=0.455
C2 B 0, 0.034, 0.498, 0.961, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.498 std_dev=0.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.15 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.04 0.04 0.18 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.08 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.06 0.18 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.18 0.07
C5' 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.03 0.04 0.17 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.09 0.12 0.18 0.11
N1 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.05 0.04 0.03 0.18 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05 0.19 0.06
N6 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.01 0.03 0.03 0.03 0.17 0.06
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.09 0.18 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.17 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.06 0.04
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.15 0.17 0.16
O4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.14 0.06
O5' 0.05 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.12 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.04 0.08 0.10 0.06 0.09 0.05 0.05 0.04 0.12 0.03 0.05 0.03 0.09 0.08 0.09 0.15 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.18 0.08 0.07 0.18 0.07 0.18 0.07 0.17 0.18 0.18 0.19 0.17 0.18 0.17 0.06 0.17 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.01 0.06 0.07 0.03 0.07 0.01 0.06 0.11 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.04 0.16 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.10 0.08 0.17 0.11 0.16 0.09 0.15 0.16 0.16 0.18 0.13 0.16 0.15 0.11 0.07 0.15 0.03 0.12 0.12 0.04
C2 0.18 0.26 0.14 0.12 0.23 0.16 0.23 0.15 0.23 0.22 0.24 0.25 0.22 0.23 0.21 0.15 0.09 0.18 0.13 0.09 0.14 0.12
C2' 0.10 0.12 0.08 0.07 0.12 0.08 0.11 0.04 0.09 0.11 0.10 0.13 0.08 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.05 0.19 0.10 0.05
C3' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.01 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.24 0.06 0.09
C4 0.18 0.24 0.14 0.12 0.23 0.16 0.22 0.15 0.21 0.21 0.23 0.24 0.19 0.21 0.21 0.15 0.09 0.19 0.12 0.08 0.15 0.12
C4' 0.05 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.09 0.02 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.03 0.08 0.07 0.08 0.21 0.06 0.07
C5 0.20 0.26 0.16 0.13 0.25 0.18 0.24 0.17 0.23 0.23 0.25 0.26 0.22 0.24 0.23 0.17 0.09 0.21 0.16 0.09 0.15 0.14
C5' 0.07 0.07 0.03 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.04 0.07 0.09 0.12 0.21 0.12 0.11
C6 0.20 0.28 0.16 0.13 0.26 0.18 0.26 0.17 0.25 0.24 0.27 0.27 0.24 0.26 0.23 0.16 0.09 0.20 0.17 0.10 0.14 0.15
C8 0.19 0.23 0.14 0.12 0.22 0.17 0.21 0.15 0.20 0.20 0.21 0.23 0.17 0.20 0.20 0.16 0.09 0.20 0.12 0.06 0.15 0.11
N1 0.19 0.27 0.15 0.13 0.25 0.17 0.25 0.17 0.25 0.24 0.26 0.26 0.24 0.25 0.23 0.15 0.09 0.19 0.16 0.09 0.14 0.14
N3 0.17 0.24 0.13 0.11 0.22 0.15 0.22 0.14 0.21 0.21 0.23 0.24 0.20 0.22 0.20 0.14 0.08 0.18 0.11 0.09 0.14 0.11
N6 0.21 0.29 0.16 0.14 0.27 0.18 0.27 0.18 0.27 0.26 0.28 0.28 0.26 0.27 0.25 0.17 0.10 0.20 0.19 0.12 0.12 0.15
N7 0.21 0.26 0.16 0.13 0.25 0.19 0.24 0.18 0.23 0.23 0.24 0.26 0.21 0.23 0.23 0.17 0.10 0.22 0.17 0.09 0.16 0.15
N9 0.17 0.22 0.13 0.11 0.21 0.15 0.20 0.13 0.19 0.19 0.20 0.22 0.17 0.19 0.19 0.14 0.08 0.18 0.09 0.08 0.14 0.09
O2' 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.02 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.20 0.10 0.06
O3' 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.02 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.12 0.27 0.06 0.11
O4' 0.10 0.14 0.06 0.05 0.14 0.08 0.14 0.06 0.13 0.13 0.14 0.14 0.12 0.14 0.12 0.07 0.06 0.12 0.01 0.14 0.09 0.02
O5' 0.19 0.18 0.14 0.13 0.19 0.19 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.19 0.15 0.18 0.19 0.17 0.11 0.21 0.18 0.16 0.20 0.15
OP1 0.08 0.10 0.05 0.05 0.11 0.10 0.12 0.08 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.07 0.02 0.10 0.03 0.15 0.07 0.06
OP2 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.14 0.14 0.10 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.13 0.11 0.13 0.06 0.15 0.08 0.08
P 0.12 0.13 0.09 0.09 0.14 0.14 0.14 0.12 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.15 0.14 0.12 0.07 0.15 0.08 0.13 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.15 0.07 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.02 0.16 0.24 0.12 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.09 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.16 0.23 0.10 0.14
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.17 0.24 0.09 0.15
C5' 0.02 0.05 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.16 0.24 0.09 0.14
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03 0.17 0.23 0.07 0.15
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.16 0.24 0.11 0.14
N3 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.16 0.23 0.11 0.14
N6 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.15 0.25 0.08 0.13
N7 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.18 0.25 0.08 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.15 0.21 0.08 0.13
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.05 0.10 0.04 0.06 0.08 0.11 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.11 0.16 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.16 0.08 0.09
O5' 0.10 0.16 0.04 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.18 0.15 0.04 0.08 0.10 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.15 0.24 0.06 0.02 0.23 0.03 0.24 0.02 0.24 0.23 0.24 0.23 0.25 0.25 0.21 0.06 0.11 0.16 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.12 0.09 0.12 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.06 0.16 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.02 0.03 0.14 0.02 0.15 0.01 0.14 0.15 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.03 0.10 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00