ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48081

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.018, 0.065, 0.111, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.065 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.030, 0.104, 0.178, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.104 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.038, 0.134, 0.230, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.134 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.042, 0.142, 0.243, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.142 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.052, 0.176, 0.301, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.176 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.097, 0.332, 0.567, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.332 std_dev=0.235
C5' A 0, 0.120, 0.409, 0.698, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.409 std_dev=0.289
P B 0, 0.147, 0.505, 0.863, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.505 std_dev=0.358
O5' A 0, 0.150, 0.511, 0.872, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.511 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.185, 0.635, 1.085, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.635 std_dev=0.450
P A 0, 0.220, 0.751, 1.282, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.751 std_dev=0.531
O5' B 0, 0.235, 0.802, 1.370, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.802 std_dev=0.567
OP1 A 0, 0.289, 0.987, 1.685, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.987 std_dev=0.698
O3' B 0, 0.305, 1.041, 1.777, 1.567 max_d=1.567 avg_d=1.041 std_dev=0.736
OP1 B 0, 0.373, 1.273, 2.174, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.273 std_dev=0.901
OP2 A 0, 0.416, 1.421, 2.426, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.421 std_dev=1.005
C5' B 0, 0.526, 1.796, 3.066, 2.703 max_d=2.703 avg_d=1.796 std_dev=1.270
C4' B 0, 0.550, 1.879, 3.208, 2.820 max_d=2.820 avg_d=1.879 std_dev=1.329
N6 B 0, 0.559, 1.907, 3.255, 2.867 max_d=2.867 avg_d=1.907 std_dev=1.348
C3' B 0, 0.580, 1.979, 3.378, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.979 std_dev=1.399
C6 B 0, 0.589, 2.010, 3.431, 3.024 max_d=3.024 avg_d=2.010 std_dev=1.421
C5 B 0, 0.641, 2.188, 3.735, 3.289 max_d=3.289 avg_d=2.188 std_dev=1.547
C4 B 0, 0.655, 2.238, 3.820, 3.365 max_d=3.365 avg_d=2.238 std_dev=1.582
O4' B 0, 0.723, 2.467, 4.212, 3.702 max_d=3.702 avg_d=2.467 std_dev=1.745
N9 B 0, 0.729, 2.487, 4.246, 3.735 max_d=3.735 avg_d=2.487 std_dev=1.759
N1 B 0, 0.748, 2.553, 4.358, 3.835 max_d=3.835 avg_d=2.553 std_dev=1.805
C1' B 0, 0.762, 2.601, 4.441, 3.906 max_d=3.906 avg_d=2.601 std_dev=1.839
N3 B 0, 0.792, 2.705, 4.618, 4.065 max_d=4.065 avg_d=2.705 std_dev=1.913
C2' B 0, 0.818, 2.793, 4.767, 4.198 max_d=4.198 avg_d=2.793 std_dev=1.975
N7 B 0, 0.845, 2.887, 4.928, 4.331 max_d=4.331 avg_d=2.887 std_dev=2.041
C2 B 0, 0.880, 3.005, 5.130, 4.512 max_d=4.512 avg_d=3.005 std_dev=2.125
C8 B 0, 0.894, 3.051, 5.208, 4.578 max_d=4.578 avg_d=3.051 std_dev=2.157
O2' B 0, 0.988, 3.373, 5.758, 5.062 max_d=5.062 avg_d=3.373 std_dev=2.385

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.11 0.09
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.08 0.38 0.21
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.14 0.11 0.32 0.20
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.18 0.18 0.41 0.24
C5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.10 0.06 0.13 0.14 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.17 0.18 0.46 0.26
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.18 0.19 0.28 0.20
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.15 0.14 0.44 0.24
N3 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.06 0.31 0.18
N6 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.19 0.22 0.51 0.28
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.20 0.23 0.39 0.25
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.11 0.24 0.16
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.06
O5' 0.07 0.13 0.04 0.03 0.14 0.01 0.18 0.01 0.17 0.18 0.15 0.11 0.19 0.20 0.13 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.03 0.04 0.11 0.01 0.18 0.02 0.18 0.19 0.14 0.06 0.22 0.23 0.11 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.38 0.01 0.06 0.32 0.03 0.41 0.03 0.46 0.28 0.44 0.31 0.51 0.39 0.24 0.02 0.15 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.03 0.01 0.20 0.02 0.24 0.02 0.26 0.20 0.24 0.18 0.28 0.25 0.16 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.34 0.29 0.12 0.05 0.15 0.05 0.09 0.07 0.31 0.24 0.27 0.01 0.25 0.13 0.60 0.14 0.18 0.27 0.09 0.13 0.06
C2 0.55 0.10 0.73 0.40 0.32 0.45 0.32 0.33 0.21 0.51 0.11 0.20 0.21 0.43 0.46 1.09 0.23 0.58 0.30 0.06 0.20 0.03
C2' 0.03 0.43 0.12 0.02 0.15 0.02 0.03 0.01 0.13 0.24 0.32 0.39 0.05 0.19 0.02 0.38 0.11 0.02 0.28 0.17 0.04 0.11
C3' 0.07 0.65 0.05 0.01 0.26 0.02 0.09 0.04 0.23 0.28 0.49 0.58 0.12 0.21 0.02 0.32 0.10 0.04 0.13 0.01 0.11 0.01
C4 0.48 0.11 0.65 0.39 0.21 0.44 0.25 0.34 0.12 0.53 0.05 0.01 0.15 0.43 0.41 1.01 0.26 0.53 0.29 0.05 0.20 0.03
C4' 0.03 0.60 0.07 0.03 0.22 0.01 0.06 0.08 0.21 0.28 0.46 0.52 0.11 0.22 0.01 0.37 0.08 0.00 0.10 0.08 0.16 0.05
C5 0.65 0.07 0.80 0.52 0.31 0.57 0.36 0.47 0.19 0.68 0.01 0.07 0.22 0.57 0.55 1.15 0.33 0.70 0.27 0.02 0.22 0.01
C5' 0.01 0.71 0.07 0.01 0.25 0.00 0.08 0.05 0.26 0.33 0.55 0.61 0.14 0.26 0.02 0.38 0.08 0.02 0.02 0.23 0.23 0.14
C6 0.75 0.08 0.89 0.57 0.42 0.61 0.44 0.50 0.28 0.73 0.11 0.23 0.29 0.62 0.64 1.25 0.33 0.77 0.28 0.02 0.22 0.01
C8 0.46 0.33 0.60 0.44 0.12 0.49 0.23 0.43 0.05 0.62 0.21 0.21 0.12 0.51 0.40 0.90 0.31 0.54 0.26 0.01 0.20 0.01
N1 0.69 0.16 0.85 0.50 0.42 0.55 0.41 0.43 0.28 0.63 0.16 0.28 0.28 0.54 0.58 1.21 0.29 0.70 0.29 0.04 0.22 0.02
N3 0.43 0.02 0.61 0.32 0.21 0.37 0.23 0.26 0.13 0.44 0.01 0.07 0.14 0.37 0.36 0.97 0.21 0.48 0.29 0.07 0.19 0.04
N6 0.86 0.13 0.97 0.64 0.52 0.68 0.53 0.57 0.35 0.84 0.16 0.30 0.36 0.72 0.74 1.31 0.36 0.87 0.26 0.01 0.23 0.01
N7 0.66 0.22 0.78 0.56 0.26 0.62 0.35 0.53 0.15 0.76 0.11 0.06 0.21 0.63 0.56 1.09 0.36 0.73 0.25 0.01 0.22 0.01
N9 0.35 0.27 0.51 0.32 0.08 0.36 0.17 0.28 0.02 0.48 0.18 0.17 0.08 0.39 0.30 0.84 0.24 0.41 0.28 0.05 0.18 0.03
O2' 0.13 0.34 0.00 0.10 0.15 0.11 0.04 0.18 0.11 0.13 0.25 0.33 0.03 0.12 0.05 0.23 0.08 0.10 0.28 0.25 0.00 0.15
O3' 0.24 0.76 0.14 0.13 0.38 0.20 0.18 0.24 0.32 0.19 0.59 0.71 0.19 0.14 0.15 0.10 0.06 0.24 0.01 0.01 0.02 0.00
O4' 0.11 0.42 0.23 0.07 0.09 0.11 0.03 0.04 0.10 0.33 0.31 0.34 0.02 0.27 0.12 0.55 0.11 0.16 0.20 0.02 0.16 0.00
O5' 0.07 0.76 0.16 0.07 0.22 0.10 0.04 0.09 0.25 0.43 0.59 0.63 0.12 0.34 0.09 0.46 0.10 0.13 0.01 0.25 0.26 0.15
OP1 0.04 0.97 0.03 0.02 0.37 0.02 0.17 0.06 0.40 0.35 0.79 0.80 0.27 0.25 0.02 0.35 0.06 0.02 0.16 0.47 0.35 0.29
OP2 0.20 0.87 0.27 0.23 0.17 0.25 0.06 0.33 0.21 0.66 0.65 0.68 0.05 0.55 0.23 0.52 0.18 0.28 0.09 0.10 0.06 0.03
P 0.12 0.81 0.19 0.11 0.20 0.14 0.00 0.15 0.24 0.53 0.62 0.65 0.10 0.43 0.15 0.49 0.12 0.18 0.01 0.29 0.22 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.12 0.09 0.01 0.10
C2 0.00 0.00 0.26 0.11 0.00 0.25 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.05 0.33 0.72 0.69 0.86 0.76
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.01 0.05 0.04 0.11 0.15 0.20 0.26 0.07 0.08 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.10 0.02
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.18 0.18 0.15 0.08 0.21 0.21 0.12 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.18 0.13
C4 0.00 0.00 0.13 0.13 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.16 0.33 0.23 0.26 0.29
C4' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.26 0.16 0.26 0.04 0.21 0.06 0.16 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.18 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.01 0.04 0.14 0.00 0.01 0.06
C5' 0.01 0.32 0.04 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.05 0.46 0.16 0.31 0.16 0.42 0.15 0.11 0.08 0.01 0.01 0.08 0.24 0.00
C6 0.00 0.00 0.11 0.18 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.29 0.16 0.22 0.24
C8 0.00 0.00 0.15 0.18 0.00 0.26 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.47 0.02 0.22 0.28 0.43 0.56 0.39
N1 0.00 0.00 0.20 0.15 0.00 0.16 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.02 0.24 0.55 0.49 0.62 0.56
N3 0.00 0.00 0.26 0.08 0.00 0.26 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.07 0.34 0.67 0.62 0.75 0.69
N6 0.00 0.00 0.07 0.21 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.02 0.06 0.17 0.01 0.04 0.09
N7 0.00 0.00 0.08 0.21 0.00 0.21 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.01 0.14 0.20 0.38 0.47 0.33
N9 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.07 0.02 0.06 0.03 0.09 0.01
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.03 0.16 0.16 0.11 0.07 0.47 0.12 0.30 0.17 0.41 0.16 0.00 0.01 0.11 0.26 0.22 0.27 0.22
O3' 0.17 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.39 0.44 0.22 0.29
O4' 0.00 0.33 0.03 0.01 0.16 0.00 0.04 0.01 0.12 0.22 0.24 0.34 0.06 0.14 0.02 0.11 0.07 0.00 0.21 0.18 0.01 0.15
O5' 0.12 0.72 0.05 0.20 0.33 0.01 0.14 0.01 0.29 0.28 0.55 0.67 0.17 0.20 0.06 0.26 0.39 0.21 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.69 0.04 0.19 0.23 0.03 0.00 0.08 0.16 0.43 0.49 0.62 0.01 0.38 0.03 0.22 0.44 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.86 0.10 0.18 0.26 0.09 0.01 0.24 0.22 0.56 0.62 0.75 0.04 0.47 0.09 0.27 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.76 0.02 0.13 0.29 0.03 0.06 0.00 0.24 0.39 0.56 0.69 0.09 0.33 0.01 0.22 0.29 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00