ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48082

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.012
OP2 B 0, -0.020, 0.199, 0.418, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.199 std_dev=0.219
P B 0, -0.085, 0.409, 0.903, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.409 std_dev=0.494
O4' A 0, -0.129, 0.405, 0.939, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.405 std_dev=0.534
C2' A 0, -0.139, 0.430, 0.999, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.430 std_dev=0.569
OP2 A 0, -0.094, 0.495, 1.084, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.495 std_dev=0.589
O5' B 0, -0.117, 0.587, 1.291, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.587 std_dev=0.704
C3' B 0, -0.173, 0.536, 1.245, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.536 std_dev=0.709
OP1 B 0, -0.166, 0.577, 1.319, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.577 std_dev=0.742
O3' B 0, -0.188, 0.591, 1.369, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.591 std_dev=0.778
C3' A 0, -0.208, 0.660, 1.528, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.660 std_dev=0.868
C5' B 0, -0.195, 0.673, 1.541, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.673 std_dev=0.868
C4' A 0, -0.234, 0.700, 1.633, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.700 std_dev=0.933
P A 0, -0.257, 0.678, 1.612, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.678 std_dev=0.934
O2' A 0, -0.239, 0.712, 1.663, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.712 std_dev=0.951
O3' A 0, -0.264, 0.835, 1.935, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.835 std_dev=1.099
O5' A 0, -0.260, 0.907, 2.074, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.907 std_dev=1.167
C5' A 0, -0.304, 1.000, 2.304, 2.842 max_d=2.842 avg_d=1.000 std_dev=1.304
C4' B 0, -0.342, 0.965, 2.272, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.965 std_dev=1.307
C2' B 0, -0.475, 1.244, 2.962, 3.674 max_d=3.674 avg_d=1.244 std_dev=1.719
O2' B 0, -0.490, 1.324, 3.139, 3.890 max_d=3.890 avg_d=1.324 std_dev=1.814
OP1 A 0, -0.525, 1.504, 3.534, 4.373 max_d=4.373 avg_d=1.504 std_dev=2.029
O4' B 0, -0.648, 1.686, 4.019, 4.986 max_d=4.986 avg_d=1.686 std_dev=2.334
C1' B 0, -0.694, 1.765, 4.224, 5.243 max_d=5.243 avg_d=1.765 std_dev=2.459
N9 B 0, -0.971, 2.469, 5.910, 7.335 max_d=7.335 avg_d=2.469 std_dev=3.441
C8 B 0, -1.047, 2.704, 6.456, 8.010 max_d=8.010 avg_d=2.704 std_dev=3.752
C4 B 0, -1.230, 3.153, 7.536, 9.351 max_d=9.351 avg_d=3.153 std_dev=4.383
N7 B 0, -1.302, 3.396, 8.094, 10.039 max_d=10.039 avg_d=3.396 std_dev=4.698
N3 B 0, -1.318, 3.415, 8.148, 10.108 max_d=10.108 avg_d=3.415 std_dev=4.733
C5 B 0, -1.410, 3.650, 8.711, 10.806 max_d=10.806 avg_d=3.650 std_dev=5.060
C2 B 0, -1.597, 4.166, 9.930, 12.317 max_d=12.317 avg_d=4.166 std_dev=5.764
C6 B 0, -1.686, 4.392, 10.471, 12.988 max_d=12.988 avg_d=4.392 std_dev=6.078
N1 B 0, -1.775, 4.625, 11.025, 13.675 max_d=13.675 avg_d=4.625 std_dev=6.400
N6 B 0, -1.875, 4.944, 11.763, 14.586 max_d=14.586 avg_d=4.944 std_dev=6.819

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.01 0.39 0.18 0.13 0.23
C2 0.01 0.00 0.23 0.05 0.00 0.26 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.34 0.31 0.63 0.58 0.04 0.44
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.02 0.06 0.13 0.11 0.13 0.18 0.22 0.08 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.54 0.33 0.29 0.53
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.15 0.00 0.26 0.01 0.24 0.36 0.14 0.02 0.30 0.36 0.20 0.02 0.00 0.02 0.18 0.05 0.28 0.27
C4 0.00 0.00 0.12 0.15 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.17 0.15 0.52 0.57 0.12 0.37
C4' 0.00 0.26 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.02 0.32 0.16 0.25 0.05 0.25 0.10 0.29 0.02 0.01 0.01 0.30 0.12 0.08
C5 0.00 0.00 0.06 0.26 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.03 0.06 0.49 0.77 0.17 0.40
C5' 0.01 0.28 0.13 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.03 0.42 0.16 0.27 0.12 0.36 0.13 0.14 0.13 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.11 0.24 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.07 0.13 0.54 0.83 0.14 0.44
C8 0.01 0.00 0.13 0.36 0.00 0.32 0.00 0.42 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.47 0.15 0.19 0.32 0.68 0.27 0.29
N1 0.01 0.00 0.18 0.14 0.00 0.16 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.22 0.24 0.61 0.74 0.08 0.46
N3 0.00 0.00 0.22 0.02 0.00 0.25 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.36 0.31 0.60 0.47 0.05 0.39
N6 0.01 0.00 0.08 0.30 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.01 0.08 0.51 0.95 0.18 0.44
N7 0.00 0.00 0.06 0.36 0.00 0.25 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.44 0.15 0.10 0.37 0.83 0.26 0.35
N9 0.00 0.00 0.00 0.20 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.08 0.02 0.43 0.49 0.17 0.31
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.06 0.29 0.23 0.14 0.15 0.47 0.02 0.19 0.24 0.44 0.21 0.00 0.01 0.20 0.17 0.21 0.10 0.13
O3' 0.27 0.34 0.01 0.00 0.17 0.02 0.03 0.13 0.07 0.15 0.22 0.36 0.01 0.15 0.08 0.01 0.00 0.16 0.33 0.75 0.00 0.23
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.02 0.13 0.19 0.24 0.31 0.08 0.10 0.02 0.20 0.16 0.00 0.26 0.02 0.31 0.02
O5' 0.39 0.63 0.54 0.18 0.52 0.01 0.49 0.00 0.54 0.32 0.61 0.60 0.51 0.37 0.43 0.17 0.33 0.26 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.18 0.58 0.33 0.05 0.57 0.30 0.77 0.02 0.83 0.68 0.74 0.47 0.95 0.83 0.49 0.21 0.75 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.04 0.29 0.28 0.12 0.12 0.17 0.03 0.14 0.27 0.08 0.05 0.18 0.26 0.17 0.10 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.44 0.53 0.27 0.37 0.08 0.40 0.01 0.44 0.29 0.46 0.39 0.44 0.35 0.31 0.13 0.23 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.73 3.22 0.88 0.56 2.50 1.22 2.41 0.82 2.74 1.67 3.11 2.96 2.67 1.94 1.98 0.59 0.62 1.96 0.51 0.38 0.06 0.03
C2 1.56 3.44 0.68 0.48 2.44 1.18 2.34 0.80 2.81 1.40 3.34 3.02 2.74 1.72 1.80 0.38 0.63 1.83 0.66 0.02 0.12 0.13
C2' 2.39 3.68 1.58 1.14 3.15 1.72 3.07 1.30 3.33 2.41 3.60 3.51 3.28 2.67 2.68 1.30 1.06 2.55 0.87 0.16 0.40 0.36
C3' 1.85 2.96 1.11 0.65 2.50 0.98 2.42 0.46 2.64 1.84 2.88 2.83 2.59 2.06 2.09 1.00 0.74 1.78 0.10 1.08 0.46 0.56
C4 1.54 3.25 0.71 0.48 2.36 1.17 2.25 0.81 2.66 1.39 3.13 2.90 2.58 1.69 1.77 0.41 0.59 1.82 0.65 0.09 0.10 0.11
C4' 1.02 2.02 0.31 0.02 1.54 0.47 1.45 0.03 1.67 0.93 1.92 1.87 1.61 1.12 1.17 0.15 0.22 1.08 0.43 1.21 0.64 0.85
C5 1.39 3.06 0.61 0.42 2.18 1.09 2.06 0.77 2.47 1.19 2.94 2.72 2.38 1.48 1.59 0.33 0.53 1.68 0.69 0.08 0.11 0.17
C5' 0.39 1.05 0.17 0.35 0.70 0.03 0.60 0.47 0.75 0.22 0.96 0.96 0.69 0.34 0.44 0.23 0.01 0.41 0.95 1.57 0.97 1.29
C6 1.34 3.11 0.55 0.40 2.16 1.07 2.03 0.74 2.47 1.11 2.99 2.73 2.39 1.41 1.54 0.28 0.53 1.63 0.69 0.17 0.12 0.19
C8 1.41 2.85 0.68 0.44 2.13 1.11 2.02 0.80 2.35 1.26 2.74 2.58 2.27 1.52 1.61 0.41 0.48 1.70 0.68 0.16 0.09 0.11
N1 1.45 3.31 0.60 0.44 2.30 1.13 2.18 0.77 2.66 1.23 3.20 2.89 2.58 1.55 1.66 0.31 0.59 1.73 0.69 0.12 0.12 0.17
N3 1.62 3.43 0.74 0.51 2.49 1.20 2.39 0.82 2.83 1.50 3.32 3.04 2.76 1.81 1.87 0.43 0.64 1.88 0.63 0.10 0.10 0.10
N6 1.20 2.95 0.47 0.34 1.99 0.98 1.85 0.68 2.30 0.93 2.83 2.57 2.21 1.22 1.38 0.21 0.48 1.49 0.69 0.30 0.12 0.22
N7 1.28 2.80 0.57 0.38 2.01 1.03 1.89 0.75 2.26 1.08 2.69 2.50 2.17 1.35 1.47 0.32 0.46 1.56 0.70 0.09 0.11 0.18
N9 1.58 3.13 0.77 0.50 2.36 1.19 2.25 0.83 2.61 1.46 3.02 2.85 2.53 1.74 1.81 0.48 0.57 1.86 0.62 0.23 0.09 0.07
O2' 2.58 4.31 1.68 1.11 3.65 1.77 3.65 1.50 3.99 2.86 4.27 4.05 3.96 3.22 3.07 1.32 0.86 2.76 1.15 0.34 0.79 0.80
O3' 1.57 3.05 0.85 0.27 2.46 0.54 2.45 0.12 2.74 1.78 3.00 2.81 2.72 2.08 1.96 0.78 0.27 1.41 0.36 1.12 0.66 0.68
O4' 1.08 2.28 0.29 0.09 1.66 0.71 1.55 0.29 1.82 0.92 2.15 2.08 1.74 1.13 1.23 0.04 0.26 1.30 0.05 0.84 0.35 0.54
O5' 0.40 0.67 0.02 0.09 0.54 0.26 0.49 0.05 0.55 0.33 0.63 0.64 0.52 0.38 0.42 0.16 0.00 0.52 0.37 0.78 0.24 0.54
OP1 0.12 0.43 0.13 0.42 0.14 0.65 0.07 0.87 0.19 0.23 0.36 0.36 0.15 0.14 0.08 0.30 0.02 0.42 0.51 0.20 1.02 0.51
OP2 0.12 0.17 0.50 0.37 0.18 0.11 0.20 0.28 0.21 0.20 0.19 0.16 0.23 0.22 0.18 0.65 0.02 0.02 0.68 1.10 0.45 0.89
P 0.09 0.08 0.13 0.02 0.01 0.23 0.02 0.18 0.02 0.09 0.06 0.06 0.02 0.07 0.06 0.37 0.00 0.24 0.21 0.55 0.09 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.21 0.02 0.15
C2 0.05 0.00 0.17 0.07 0.00 0.17 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.21 0.26 0.83 1.36 0.59 1.03
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.04 0.17 0.12 0.18 0.01 0.12 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.15 0.05 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.28 0.43 0.04 0.30
C4 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.07 0.12 0.53 0.85 0.29 0.64
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.10 0.13 0.16 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.48 0.84 0.22 0.61
C5' 0.03 0.35 0.07 0.02 0.19 0.00 0.12 0.00 0.19 0.12 0.30 0.32 0.15 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C6 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.08 0.63 1.11 0.36 0.81
C8 0.02 0.01 0.17 0.06 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.12 0.19 0.09 0.24 0.15 0.11
N1 0.04 0.00 0.12 0.05 0.00 0.13 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.15 0.18 0.79 1.35 0.54 1.01
N3 0.05 0.00 0.18 0.07 0.00 0.16 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.45 0.19 0.27 0.72 1.13 0.49 0.87
N6 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.59 1.10 0.31 0.79
N7 0.01 0.01 0.12 0.06 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.09 0.12 0.24 0.50 0.03 0.32
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.27 0.45 0.06 0.32
O2' 0.01 0.46 0.00 0.03 0.19 0.02 0.01 0.06 0.13 0.39 0.33 0.45 0.03 0.28 0.06 0.00 0.10 0.02 0.16 0.32 0.05 0.18
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.15 0.19 0.04 0.09 0.02 0.10 0.00 0.02 0.32 0.52 0.08 0.36
O4' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.12 0.01 0.03 0.01 0.08 0.19 0.18 0.27 0.03 0.12 0.03 0.02 0.02 0.00 0.27 0.39 0.01 0.26
O5' 0.14 0.83 0.07 0.28 0.53 0.01 0.48 0.01 0.63 0.09 0.79 0.72 0.59 0.24 0.27 0.16 0.32 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 1.36 0.15 0.43 0.85 0.02 0.84 0.01 1.11 0.24 1.35 1.13 1.10 0.50 0.45 0.32 0.52 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.59 0.05 0.04 0.29 0.03 0.22 0.03 0.36 0.15 0.54 0.49 0.31 0.03 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 1.03 0.09 0.30 0.64 0.02 0.61 0.01 0.81 0.11 1.01 0.87 0.79 0.32 0.32 0.18 0.36 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00