ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48083

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.001, 0.014, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.001, 0.015, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.071, 0.245, 0.418, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.245 std_dev=0.173
O4' A 0, 0.067, 0.245, 0.423, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.245 std_dev=0.178
OP2 B 0, 0.076, 0.268, 0.460, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.268 std_dev=0.192
O2' A 0, 0.075, 0.272, 0.468, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.272 std_dev=0.196
P B 0, 0.080, 0.333, 0.585, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.333 std_dev=0.252
P A 0, 0.034, 0.298, 0.563, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.298 std_dev=0.264
C4' A 0, 0.109, 0.385, 0.661, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.385 std_dev=0.276
C3' A 0, 0.112, 0.394, 0.675, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.394 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.052, 0.367, 0.683, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.367 std_dev=0.315
C3' B 0, 0.133, 0.456, 0.778, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.456 std_dev=0.322
C4' B 0, 0.105, 0.432, 0.759, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.432 std_dev=0.327
N9 B 0, 0.118, 0.459, 0.800, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.459 std_dev=0.341
N7 B 0, 0.141, 0.486, 0.832, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.486 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.129, 0.477, 0.825, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.477 std_dev=0.348
OP2 A 0, 0.108, 0.477, 0.846, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.477 std_dev=0.369
O3' B 0, 0.153, 0.527, 0.901, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.527 std_dev=0.374
C1' B 0, 0.155, 0.531, 0.906, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.531 std_dev=0.375
O3' A 0, 0.154, 0.546, 0.937, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.546 std_dev=0.391
C2' B 0, 0.164, 0.560, 0.955, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.560 std_dev=0.396
O5' A 0, 0.150, 0.576, 1.002, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.576 std_dev=0.426
C5 B 0, 0.182, 0.627, 1.072, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.627 std_dev=0.445
OP1 A 0, 0.105, 0.556, 1.006, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.556 std_dev=0.451
O2' B 0, 0.189, 0.645, 1.101, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.645 std_dev=0.456
C4 B 0, 0.197, 0.674, 1.150, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.674 std_dev=0.477
C5' A 0, 0.196, 0.692, 1.188, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.692 std_dev=0.496
O5' B 0, 0.004, 0.502, 1.001, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.502 std_dev=0.499
C8 B 0, 0.134, 0.633, 1.132, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.633 std_dev=0.499
OP1 B 0, 0.000, 0.564, 1.127, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.564 std_dev=0.564
C6 B 0, 0.238, 1.061, 1.883, 2.004 max_d=2.004 avg_d=1.061 std_dev=0.822
N3 B 0, 0.230, 1.078, 1.927, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.078 std_dev=0.848
N6 B 0, 0.247, 1.112, 1.977, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.112 std_dev=0.865
C2 B 0, 0.205, 1.465, 2.725, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.465 std_dev=1.260
N1 B 0, 0.211, 1.477, 2.742, 3.090 max_d=3.090 avg_d=1.477 std_dev=1.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.08 0.15 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.09 0.05 0.10 0.11 0.15 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.13 0.12 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.17 0.20 0.11 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.10 0.11 0.13 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.16 0.12 0.04
C5 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.09 0.15 0.11 0.04
C5' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.02 0.08 0.09 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.23 0.11 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.09 0.15 0.11 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.16 0.11 0.06
N1 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.09 0.13 0.13 0.04
N3 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.05 0.10 0.10 0.16 0.08
N6 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.10 0.19 0.11 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.09 0.19 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.11 0.13 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.12 0.12 0.06
O3' 0.02 0.09 0.03 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.29 0.22 0.15 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.06 0.16 0.11
O5' 0.11 0.10 0.05 0.17 0.10 0.00 0.09 0.01 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.05 0.29 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.11 0.13 0.20 0.11 0.16 0.15 0.23 0.15 0.16 0.13 0.10 0.19 0.19 0.11 0.12 0.22 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.15 0.12 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.16 0.11 0.10 0.13 0.12 0.15 0.16 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.08 0.07 0.05 0.10 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.16 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.16 0.17 0.14 0.14 0.12 0.14 0.16 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.12 0.14 0.16 0.16 0.12 0.44 0.08 0.08 0.16
C2 0.10 0.20 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.21 0.14 0.08 0.20 0.19 0.10 0.08 0.11 0.13 0.16 0.14 0.31 0.21 0.06 0.07
C2' 0.06 0.15 0.09 0.08 0.12 0.03 0.11 0.09 0.10 0.09 0.14 0.15 0.06 0.09 0.10 0.08 0.09 0.03 0.54 0.10 0.01 0.20
C3' 0.05 0.20 0.08 0.07 0.14 0.02 0.13 0.08 0.14 0.10 0.19 0.19 0.09 0.11 0.12 0.06 0.07 0.02 0.58 0.16 0.04 0.24
C4 0.10 0.20 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.21 0.14 0.08 0.19 0.19 0.10 0.09 0.11 0.13 0.15 0.14 0.32 0.16 0.06 0.08
C4' 0.10 0.09 0.13 0.11 0.08 0.10 0.07 0.14 0.05 0.12 0.07 0.10 0.05 0.09 0.10 0.13 0.14 0.09 0.48 0.13 0.11 0.18
C5 0.10 0.24 0.11 0.11 0.13 0.16 0.12 0.24 0.15 0.07 0.23 0.21 0.10 0.05 0.07 0.11 0.14 0.17 0.23 0.24 0.05 0.07
C5' 0.12 0.08 0.14 0.13 0.08 0.16 0.07 0.21 0.04 0.11 0.06 0.10 0.02 0.09 0.10 0.16 0.19 0.13 0.42 0.15 0.16 0.17
C6 0.10 0.26 0.10 0.11 0.13 0.17 0.11 0.25 0.16 0.07 0.25 0.22 0.10 0.04 0.06 0.10 0.14 0.19 0.19 0.30 0.04 0.09
C8 0.10 0.21 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.22 0.15 0.07 0.21 0.19 0.10 0.07 0.09 0.11 0.14 0.15 0.28 0.15 0.06 0.08
N1 0.09 0.24 0.12 0.12 0.14 0.16 0.12 0.23 0.16 0.06 0.23 0.21 0.10 0.05 0.08 0.11 0.15 0.17 0.24 0.27 0.05 0.07
N3 0.11 0.19 0.15 0.14 0.15 0.13 0.14 0.19 0.14 0.10 0.18 0.19 0.11 0.10 0.13 0.15 0.16 0.13 0.36 0.15 0.07 0.09
N6 0.12 0.28 0.10 0.12 0.11 0.21 0.09 0.29 0.17 0.13 0.28 0.22 0.11 0.06 0.04 0.11 0.15 0.23 0.09 0.39 0.02 0.15
N7 0.10 0.25 0.10 0.11 0.13 0.17 0.11 0.25 0.16 0.08 0.25 0.22 0.11 0.05 0.06 0.10 0.14 0.18 0.18 0.25 0.04 0.08
N9 0.11 0.18 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.19 0.14 0.09 0.18 0.18 0.10 0.10 0.12 0.13 0.15 0.13 0.36 0.11 0.07 0.11
O2' 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.02 0.07 0.09 0.06 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.02 0.55 0.12 0.04 0.20
O3' 0.11 0.26 0.10 0.12 0.19 0.09 0.18 0.10 0.19 0.15 0.25 0.24 0.15 0.15 0.16 0.06 0.08 0.10 0.68 0.27 0.06 0.31
O4' 0.18 0.18 0.20 0.19 0.17 0.17 0.15 0.21 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.14 0.17 0.20 0.20 0.17 0.41 0.13 0.14 0.18
O5' 0.06 0.12 0.09 0.06 0.11 0.09 0.13 0.14 0.14 0.12 0.14 0.11 0.17 0.12 0.11 0.05 0.02 0.04 0.52 0.27 0.15 0.23
OP1 0.07 0.48 0.12 0.06 0.28 0.12 0.25 0.25 0.38 0.09 0.46 0.39 0.41 0.07 0.07 0.18 0.01 0.10 0.22 0.24 0.35 0.20
OP2 0.01 0.35 0.03 0.02 0.19 0.01 0.19 0.06 0.29 0.07 0.34 0.27 0.33 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.37 0.24 0.22 0.15
P 0.03 0.26 0.06 0.01 0.14 0.05 0.13 0.13 0.21 0.08 0.25 0.20 0.25 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.32 0.25 0.23 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.11 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.24 0.34 0.17 0.06
C2 0.12 0.00 0.21 0.03 0.00 0.36 0.04 0.56 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.24 0.11 0.50 0.04 0.99 0.34 0.47
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.13 0.16 0.21 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.37 0.17 0.13
C3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.34 0.21 0.13
C4 0.05 0.00 0.13 0.03 0.00 0.18 0.00 0.29 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.26 0.17 0.67 0.12 0.26
C4' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.18 0.00 0.11 0.00 0.18 0.12 0.32 0.34 0.11 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.26 0.06
C5 0.03 0.04 0.07 0.04 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.06 0.13 0.29 0.55 0.11 0.17
C5' 0.02 0.56 0.01 0.03 0.29 0.00 0.19 0.00 0.31 0.19 0.49 0.51 0.21 0.08 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.27 0.31 0.01
C6 0.06 0.03 0.12 0.05 0.01 0.18 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.10 0.24 0.22 0.70 0.22 0.26
C8 0.03 0.02 0.13 0.03 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.12 0.07 0.21 0.56 0.06 0.21 0.16
N1 0.11 0.00 0.16 0.03 0.03 0.32 0.01 0.49 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.18 0.10 0.42 0.06 0.92 0.34 0.42
N3 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.34 0.03 0.51 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.24 0.09 0.49 0.03 0.90 0.26 0.43
N6 0.01 0.03 0.13 0.10 0.01 0.11 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.08 0.02 0.13 0.14 0.15 0.32 0.55 0.16 0.15
N7 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.00 0.03 0.03 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.50 0.17 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.31 0.40 0.06 0.09
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.13 0.02 0.07 0.02 0.13 0.12 0.18 0.24 0.13 0.05 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.36 0.20 0.13
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09 0.14 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.24 0.30 0.25 0.15
O4' 0.01 0.50 0.01 0.01 0.26 0.01 0.13 0.01 0.24 0.21 0.42 0.49 0.15 0.10 0.01 0.04 0.01 0.00 0.30 0.26 0.26 0.03
O5' 0.24 0.04 0.05 0.07 0.17 0.02 0.29 0.00 0.22 0.56 0.06 0.03 0.32 0.50 0.31 0.02 0.24 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.34 0.99 0.37 0.34 0.67 0.31 0.55 0.27 0.70 0.06 0.92 0.90 0.55 0.17 0.40 0.36 0.30 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.34 0.17 0.21 0.12 0.26 0.11 0.31 0.22 0.21 0.34 0.26 0.16 0.10 0.06 0.20 0.25 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.47 0.13 0.13 0.26 0.06 0.17 0.01 0.26 0.16 0.42 0.43 0.15 0.09 0.09 0.13 0.15 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00