ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48085

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
P B 0, 0.000, 0.303, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.303 std_dev=0.303
OP2 B 0, 0.000, 0.572, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.572 std_dev=0.572
OP1 B 0, 0.000, 1.015, 2.029, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.015 std_dev=1.015
C2' A 0, 0.000, 1.108, 2.216, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.108 std_dev=1.108
O5' B 0, 0.000, 1.182, 2.363, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.182 std_dev=1.182
O4' A 0, 0.000, 1.204, 2.408, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.204 std_dev=1.204
O2' A 0, 0.000, 1.271, 2.541, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.271 std_dev=1.271
C4' A 0, 0.000, 1.671, 3.342, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.671 std_dev=1.671
C3' A 0, 0.000, 1.758, 3.516, 3.516 max_d=3.516 avg_d=1.758 std_dev=1.758
C5' B 0, 0.000, 2.290, 4.580, 4.580 max_d=4.580 avg_d=2.290 std_dev=2.290
O3' A 0, 0.000, 2.448, 4.896, 4.896 max_d=4.896 avg_d=2.448 std_dev=2.448
C4' B 0, 0.000, 2.923, 5.847, 5.847 max_d=5.847 avg_d=2.923 std_dev=2.923
C5' A 0, 0.000, 2.962, 5.925, 5.925 max_d=5.925 avg_d=2.962 std_dev=2.962
C8 B 0, 0.000, 3.129, 6.259, 6.259 max_d=6.259 avg_d=3.129 std_dev=3.129
O4' B 0, 0.000, 3.191, 6.381, 6.381 max_d=6.381 avg_d=3.191 std_dev=3.191
C3' B 0, 0.000, 3.268, 6.535, 6.535 max_d=6.535 avg_d=3.268 std_dev=3.268
O3' B 0, 0.000, 3.373, 6.745, 6.745 max_d=6.745 avg_d=3.373 std_dev=3.373
N7 B 0, 0.000, 3.430, 6.861, 6.861 max_d=6.861 avg_d=3.430 std_dev=3.430
C1' B 0, 0.000, 3.733, 7.467, 7.467 max_d=7.467 avg_d=3.733 std_dev=3.733
N9 B 0, 0.000, 3.775, 7.551, 7.551 max_d=7.551 avg_d=3.775 std_dev=3.775
C2' B 0, 0.000, 3.827, 7.654, 7.654 max_d=7.654 avg_d=3.827 std_dev=3.827
O5' A 0, 0.000, 3.878, 7.757, 7.757 max_d=7.757 avg_d=3.878 std_dev=3.878
O2' B 0, 0.000, 4.214, 8.429, 8.429 max_d=8.429 avg_d=4.214 std_dev=4.214
C5 B 0, 0.000, 4.390, 8.779, 8.779 max_d=8.779 avg_d=4.390 std_dev=4.390
C4 B 0, 0.000, 4.617, 9.233, 9.233 max_d=9.233 avg_d=4.617 std_dev=4.617
N6 B 0, 0.000, 5.213, 10.427, 10.427 max_d=10.427 avg_d=5.213 std_dev=5.213
C6 B 0, 0.000, 5.238, 10.476, 10.476 max_d=10.476 avg_d=5.238 std_dev=5.238
P A 0, 0.000, 5.357, 10.713, 10.713 max_d=10.713 avg_d=5.357 std_dev=5.357
OP2 A 0, 0.000, 5.430, 10.859, 10.859 max_d=10.859 avg_d=5.430 std_dev=5.430
N3 B 0, 0.000, 5.569, 11.138, 11.138 max_d=11.138 avg_d=5.569 std_dev=5.569
OP1 A 0, 0.000, 6.134, 12.268, 12.268 max_d=12.268 avg_d=6.134 std_dev=6.134
N1 B 0, 0.000, 6.208, 12.415, 12.415 max_d=12.415 avg_d=6.208 std_dev=6.208
C2 B 0, 0.000, 6.299, 12.598, 12.598 max_d=12.598 avg_d=6.299 std_dev=6.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.18 0.03 0.22 0.18
C2 0.03 0.00 0.36 0.76 0.00 0.45 0.00 0.67 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.89 0.08 0.35 0.75 0.36 0.46
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.20 0.01 0.11 0.01 0.18 0.13 0.29 0.37 0.14 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.23 0.16 0.02
C3' 0.00 0.76 0.00 0.00 0.38 0.00 0.22 0.01 0.39 0.25 0.62 0.73 0.30 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.15 0.38 0.17 0.13
C4 0.02 0.00 0.20 0.38 0.00 0.23 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.41 0.05 0.01 0.35 0.04 0.03
C4' 0.00 0.45 0.01 0.00 0.23 0.00 0.13 0.00 0.23 0.17 0.37 0.42 0.18 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.15 0.01
C5 0.01 0.00 0.11 0.22 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.02 0.15 0.23 0.22 0.16
C5' 0.01 0.67 0.01 0.01 0.32 0.00 0.19 0.00 0.35 0.26 0.56 0.60 0.27 0.12 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.34 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.39 0.00 0.23 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.45 0.04 0.01 0.42 0.05 0.01
C8 0.02 0.00 0.13 0.25 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.05 0.52 0.19 0.62 0.60
N1 0.02 0.00 0.29 0.62 0.00 0.37 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.73 0.06 0.22 0.66 0.22 0.30
N3 0.04 0.00 0.37 0.73 0.00 0.42 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.80 0.08 0.30 0.64 0.28 0.38
N6 0.00 0.00 0.14 0.30 0.01 0.18 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.03 0.10 0.34 0.16 0.10
N7 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.44 0.08 0.55 0.52
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.23 0.07 0.29 0.25
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.14 0.04 0.07
O3' 0.02 0.89 0.04 0.00 0.41 0.02 0.25 0.05 0.45 0.25 0.73 0.80 0.36 0.10 0.06 0.06 0.00 0.00 0.30 0.44 0.11 0.28
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.04 0.22 0.25
O5' 0.18 0.35 0.03 0.15 0.01 0.01 0.15 0.00 0.01 0.52 0.22 0.30 0.10 0.44 0.23 0.08 0.30 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.75 0.23 0.38 0.35 0.17 0.23 0.34 0.42 0.19 0.66 0.64 0.34 0.08 0.07 0.14 0.44 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.36 0.16 0.17 0.04 0.15 0.22 0.26 0.05 0.62 0.22 0.28 0.16 0.55 0.29 0.04 0.11 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.46 0.02 0.13 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.60 0.30 0.38 0.10 0.52 0.25 0.07 0.28 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.03 0.87 1.23 1.26 0.94 1.01 0.85 0.83 0.76 0.97 0.78 0.94 0.62 0.86 1.00 1.23 1.36 0.89 0.68 0.04 0.10 0.16
C2 1.88 2.69 1.89 1.72 2.35 1.53 2.41 1.28 2.65 1.85 2.76 2.50 2.68 2.08 2.04 1.88 1.66 1.65 0.76 0.17 0.13 0.12
C2' 0.96 0.54 1.19 1.32 0.69 1.14 0.55 1.05 0.38 0.80 0.40 0.67 0.21 0.60 0.83 1.23 1.51 0.92 1.06 0.50 0.54 0.68
C3' 1.37 0.78 1.64 1.77 0.98 1.57 0.79 1.44 0.58 1.13 0.60 0.96 0.35 0.86 1.18 1.72 2.02 1.32 1.60 0.98 1.06 1.18
C4 1.62 2.04 1.68 1.61 1.89 1.42 1.86 1.22 1.92 1.55 2.01 1.98 1.80 1.64 1.71 1.66 1.58 1.45 0.75 0.12 0.14 0.14
C4' 1.44 0.90 1.73 1.76 1.10 1.47 0.95 1.18 0.75 1.29 0.75 1.06 0.55 1.03 1.30 1.80 1.97 1.29 1.33 0.53 0.52 0.76
C5 1.75 2.40 1.76 1.66 2.12 1.53 2.03 1.34 2.17 1.55 2.35 2.30 2.00 1.65 1.84 1.73 1.60 1.61 0.73 0.16 0.19 0.10
C5' 1.93 1.30 2.27 2.30 1.50 1.97 1.28 1.59 1.07 1.63 1.11 1.49 0.83 1.32 1.72 2.39 2.58 1.76 1.81 0.89 0.84 1.14
C6 1.94 2.95 1.90 1.74 2.48 1.61 2.42 1.38 2.71 1.72 2.95 2.74 2.58 1.91 2.07 1.88 1.64 1.76 0.71 0.20 0.20 0.06
C8 1.29 1.44 1.41 1.45 1.33 1.31 1.16 1.20 1.16 1.00 1.31 1.46 0.95 0.92 1.25 1.39 1.47 1.22 0.74 0.07 0.19 0.14
N1 2.00 3.06 1.96 1.77 2.57 1.61 2.58 1.35 2.92 1.87 3.13 2.81 2.91 2.11 2.16 1.95 1.68 1.77 0.73 0.20 0.17 0.08
N3 1.69 2.18 1.75 1.63 2.01 1.42 2.04 1.19 2.15 1.70 2.20 2.09 2.12 1.85 1.81 1.73 1.60 1.48 0.76 0.12 0.10 0.15
N6 1.99 3.24 1.91 1.73 2.59 1.64 2.47 1.41 2.83 1.65 3.21 2.97 2.66 1.83 2.10 1.90 1.62 1.82 0.65 0.24 0.24 0.02
N7 1.56 2.02 1.59 1.56 1.78 1.47 1.59 1.35 1.67 1.21 1.89 1.98 1.45 1.21 1.57 1.57 1.52 1.49 0.71 0.13 0.23 0.09
N9 1.33 1.44 1.47 1.47 1.40 1.27 1.30 1.10 1.27 1.22 1.35 1.46 1.11 1.18 1.35 1.45 1.49 1.20 0.75 0.07 0.12 0.16
O2' 0.47 0.05 0.70 0.83 0.16 0.65 0.06 0.59 0.13 0.38 0.16 0.10 0.27 0.19 0.35 0.74 1.05 0.44 0.65 0.22 0.21 0.35
O3' 1.26 0.46 1.55 1.72 0.75 1.55 0.54 1.44 0.27 0.99 0.26 0.70 0.02 0.67 1.02 1.67 2.05 1.25 1.73 1.29 1.33 1.42
O4' 1.35 1.07 1.59 1.55 1.20 1.23 1.10 0.91 0.96 1.32 0.97 1.18 0.80 1.15 1.31 1.60 1.63 1.14 0.85 0.05 0.11 0.20
O5' 2.39 1.63 2.75 2.65 1.89 2.25 1.66 1.72 1.40 2.09 1.42 1.86 1.14 1.73 2.16 2.89 2.91 2.13 1.92 0.94 0.79 1.18
OP1 2.99 2.33 3.49 3.04 2.48 2.53 2.16 1.71 1.95 2.45 2.07 2.54 1.64 2.10 2.68 3.87 3.34 2.51 1.80 0.66 0.45 0.90
OP2 2.38 1.51 2.72 2.60 1.77 2.34 1.49 1.78 1.24 1.90 1.28 1.76 0.97 1.54 2.04 3.05 3.06 2.18 2.23 1.45 1.18 1.59
P 2.87 2.03 3.29 3.11 2.26 2.71 1.95 2.04 1.69 2.34 1.77 2.28 1.38 1.95 2.53 3.58 3.53 2.58 2.28 1.27 1.01 1.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.22 0.45 0.26
C2 0.02 0.00 0.36 0.21 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.41 0.33 0.31 0.07 0.06 0.39 0.07
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.18 0.00 0.06 0.02 0.14 0.23 0.27 0.37 0.08 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.04 0.22 0.14 0.21 0.01 0.16 0.05 0.01 0.00 0.01 0.24 0.04 0.00 0.14
C4 0.01 0.01 0.18 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.12 0.16 0.20 0.24 0.53 0.26
C4' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.12 0.11 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.16 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.26 0.36 0.65 0.38
C5' 0.02 0.25 0.02 0.03 0.12 0.01 0.08 0.00 0.16 0.12 0.23 0.21 0.14 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.16 0.03
C6 0.02 0.00 0.14 0.04 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.08 0.16 0.19 0.29 0.59 0.29
C8 0.01 0.01 0.23 0.22 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.28 0.18 0.44 0.55 0.81 0.59
N1 0.02 0.00 0.27 0.14 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.24 0.26 0.11 0.15 0.48 0.16
N3 0.02 0.00 0.37 0.21 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.40 0.31 0.30 0.09 0.07 0.39 0.09
N6 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.12 0.22 0.36 0.65 0.36
N7 0.00 0.00 0.14 0.16 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.21 0.09 0.39 0.55 0.83 0.58
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.29 0.33 0.59 0.36
O2' 0.00 0.41 0.00 0.01 0.19 0.00 0.08 0.01 0.17 0.19 0.31 0.40 0.11 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.07 0.09
O3' 0.00 0.33 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.08 0.28 0.24 0.31 0.01 0.21 0.05 0.02 0.00 0.00 0.52 0.32 0.33 0.43
O4' 0.00 0.31 0.01 0.01 0.16 0.00 0.08 0.01 0.16 0.18 0.26 0.30 0.12 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.37 0.30 0.49 0.32
O5' 0.24 0.07 0.06 0.24 0.20 0.02 0.26 0.01 0.19 0.44 0.11 0.09 0.22 0.39 0.29 0.10 0.52 0.37 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.22 0.06 0.01 0.04 0.24 0.10 0.36 0.24 0.29 0.55 0.15 0.07 0.36 0.55 0.33 0.13 0.32 0.30 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.39 0.17 0.00 0.53 0.16 0.65 0.16 0.59 0.81 0.48 0.39 0.65 0.83 0.59 0.07 0.33 0.49 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.26 0.07 0.00 0.14 0.26 0.02 0.38 0.03 0.29 0.59 0.16 0.09 0.36 0.58 0.36 0.09 0.43 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00