ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48087

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N1 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C4 A 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
N6 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
N9 A 0, 0.000, 0.057, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C8 B 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
N7 A 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.000, 0.093, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C8 A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
N7 B 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C4 B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
N9 B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
OP1 A 0, 0.000, 0.237, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.237 std_dev=0.237
P A 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C4' A 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O3' B 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C3' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5' A 0, 0.000, 0.286, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.286
N6 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.000, 0.297, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.000, 0.298, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C2' A 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
OP1 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
P B 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
OP2 B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
OP2 A 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
O4' B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C3' A 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C5' B 0, 0.000, 0.436, 0.871, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.436 std_dev=0.436
O5' B 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536
O2' A 0, 0.000, 0.919, 1.839, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.919 std_dev=0.919
O3' A 0, 0.000, 1.151, 2.301, 2.301 max_d=2.301 avg_d=1.151 std_dev=1.151

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.50 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.11 0.01 0.08 0.06 0.11 0.04 0.00 0.08 0.03 0.10 0.09 0.20 0.15
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.17 0.02 0.03 0.09 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.33 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.05 0.07 0.03 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.24 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04
C5' 0.03 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.08 0.08 0.02 0.02 0.20 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00
C6 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.30 0.01 0.03 0.08 0.04 0.06
C8 0.01 0.00 0.11 0.17 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.42 0.00 0.02 0.08 0.02 0.05
N3 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.49 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00
N6 0.00 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.35 0.25 0.02 0.05 0.11 0.06 0.08
N7 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.21 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.18 0.17 0.30 0.02 0.30 0.29 0.22 0.06 0.35 0.35 0.18 0.00 0.12 0.11 0.14 0.17 0.01 0.07
O3' 0.30 0.50 0.08 0.00 0.33 0.00 0.24 0.20 0.30 0.02 0.42 0.49 0.25 0.07 0.21 0.12 0.00 0.17 0.13 0.13 0.30 0.21
O4' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.17 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
O5' 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.14 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.11 0.04 0.01 0.17 0.13 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.01 0.20 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.30 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.15 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.03 0.00 0.07 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.04 0.12 0.06 0.04 0.05 0.01 0.13 0.03 0.02 0.00 0.06 0.08 0.04 0.07 0.12 0.02 0.19 0.31 0.17 0.05 0.14
C2 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.07 0.24 0.10 0.01 0.07 0.01 0.17 0.07 0.01 0.06 0.05 0.09 0.32 0.09 0.01 0.08
C2' 0.27 0.14 0.26 0.25 0.14 0.25 0.05 0.12 0.01 0.09 0.06 0.18 0.07 0.00 0.17 0.25 0.19 0.38 0.53 0.37 0.32 0.39
C3' 0.05 0.03 0.06 0.01 0.02 0.08 0.04 0.25 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.06 0.07 0.01 0.08 0.15 0.10
C4 0.12 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.00 0.22 0.03 0.04 0.00 0.07 0.09 0.02 0.08 0.10 0.02 0.15 0.32 0.09 0.04 0.07
C4' 0.09 0.02 0.10 0.02 0.03 0.03 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.09 0.02 0.11 0.04 0.02 0.10 0.04
C5 0.10 0.04 0.07 0.01 0.05 0.04 0.02 0.24 0.05 0.02 0.01 0.07 0.11 0.04 0.06 0.08 0.05 0.13 0.31 0.06 0.08 0.03
C5' 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.03 0.16 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.10 0.06
C6 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.08 0.26 0.11 0.02 0.07 0.01 0.19 0.08 0.01 0.04 0.08 0.06 0.29 0.05 0.07 0.03
C8 0.21 0.12 0.16 0.07 0.13 0.05 0.06 0.18 0.03 0.09 0.07 0.16 0.03 0.03 0.16 0.16 0.00 0.25 0.33 0.07 0.12 0.03
N1 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.08 0.09 0.26 0.14 0.03 0.10 0.03 0.22 0.09 0.01 0.03 0.07 0.05 0.31 0.07 0.04 0.05
N3 0.09 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.02 0.21 0.05 0.02 0.03 0.04 0.11 0.03 0.05 0.09 0.02 0.13 0.32 0.11 0.00 0.09
N6 0.01 0.05 0.00 0.08 0.04 0.10 0.10 0.27 0.14 0.04 0.10 0.02 0.21 0.09 0.02 0.01 0.10 0.02 0.27 0.02 0.09 0.00
N7 0.16 0.10 0.12 0.02 0.11 0.00 0.04 0.22 0.01 0.06 0.05 0.14 0.06 0.00 0.12 0.12 0.04 0.19 0.31 0.04 0.12 0.00
N9 0.16 0.07 0.14 0.05 0.08 0.03 0.02 0.18 0.00 0.06 0.03 0.10 0.06 0.00 0.11 0.13 0.00 0.20 0.33 0.11 0.04 0.08
O2' 0.19 0.16 0.10 0.14 0.12 0.23 0.03 0.19 0.03 0.00 0.10 0.18 0.05 0.05 0.11 0.08 0.06 0.37 0.60 0.49 0.49 0.55
O3' 0.13 0.22 0.08 0.07 0.21 0.14 0.27 0.35 0.29 0.25 0.26 0.18 0.33 0.30 0.19 0.02 0.22 0.10 0.16 0.44 0.38 0.34
O4' 0.11 0.04 0.11 0.03 0.04 0.00 0.01 0.17 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.15 0.18 0.11 0.05 0.04
O5' 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.08 0.08 0.11 0.08 0.03
OP1 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.03 0.00 0.05 0.19 0.14 0.07 0.04
OP2 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.26 0.09 0.03 0.05
P 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.20 0.13 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.25 0.02 0.09
C2 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.17 0.14 0.08 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.24 0.01 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.08 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.25 0.01 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.17 0.15 0.07 0.02
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.04 0.11 0.10 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.22 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.16 0.10 0.11 0.02
C5' 0.04 0.15 0.03 0.04 0.18 0.00 0.25 0.00 0.26 0.23 0.21 0.12 0.30 0.28 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01 0.27 0.13 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.16 0.07 0.14 0.04
C8 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.15 0.13 0.08 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.16 0.09 0.11 0.02
N3 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.16 0.17 0.05 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04 0.15 0.03 0.17 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.16 0.08 0.12 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.16 0.18 0.05 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.21 0.02 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.22 0.16 0.08 0.05
O4' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.19 0.27 0.06 0.13
O5' 0.14 0.17 0.05 0.00 0.17 0.02 0.16 0.01 0.16 0.15 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.06 0.22 0.19 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.25 0.14 0.24 0.25 0.15 0.22 0.10 0.27 0.07 0.13 0.09 0.17 0.03 0.08 0.18 0.21 0.16 0.27 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.08 0.01 0.01 0.07 0.05 0.11 0.13 0.14 0.08 0.11 0.05 0.17 0.12 0.05 0.02 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.01 0.07 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.04 0.02 0.05 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00