ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48090

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O3' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C2' A 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O4' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.000, 0.111, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
OP1 B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C5' A 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
P B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C5' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C4' B 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.000, 0.301, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O3' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
P A 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
OP2 B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C2' B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C1' B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
OP1 A 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
N9 B 0, 0.000, 0.540, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.540 std_dev=0.540
OP2 A 0, 0.000, 0.540, 1.080, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.540 std_dev=0.540
N3 B 0, 0.000, 0.563, 1.125, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.563 std_dev=0.563
C8 B 0, 0.000, 0.580, 1.159, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.580 std_dev=0.580
C4 B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
C2 B 0, 0.000, 0.643, 1.285, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.643 std_dev=0.643
N7 B 0, 0.000, 0.665, 1.331, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.665 std_dev=0.665
C5 B 0, 0.000, 0.672, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.672 std_dev=0.672
N1 B 0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.739 std_dev=0.739
C6 B 0, 0.000, 0.747, 1.495, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.747 std_dev=0.747
N6 B 0, 0.000, 0.818, 1.635, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.818 std_dev=0.818

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.01 0.05
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.06
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.16 0.07 0.08
C5' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.07 0.06
C8 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.20 0.06 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.04 0.03
N3 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04 0.01 0.00
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.14 0.08 0.07
N7 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.20 0.09 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.03 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.00 0.04
O5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.14 0.02 0.11 0.09 0.13 0.10 0.16 0.05 0.12 0.20 0.06 0.04 0.14 0.20 0.16 0.11 0.10 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.07 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.08 0.09 0.03 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.00 0.06 0.10 0.03 0.00 0.07 0.11 0.07 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04
C2' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
C3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03
C4' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02
C5' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02
C8 0.04 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
N3 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04
N6 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
N7 0.04 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.06 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00
N9 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
O2' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
O3' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
O5' 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04
OP1 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.15 0.14 0.12 0.13
OP2 0.04 0.00 0.06 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04
C8 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03
N7 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.05 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03
O5' 0.04 0.05 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04 0.03 0.07 0.06 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00