ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O3' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
N7 B 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C8 B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C5' A 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
P A 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
OP1 A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O5' A 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
OP2 A 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C6 B 0, 0.000, 0.225, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.225 std_dev=0.225
N9 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
N6 B 0, 0.000, 0.227, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.000, 0.229, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C4 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
P B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
OP2 B 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O5' B 0, 0.000, 0.268, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.268 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O4' B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C5' B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C3' B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C4' B 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C2 B 0, 0.000, 0.314, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O3' B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.04
C4 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04
C5 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02
C8 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.07 0.11 0.06
N1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00
N3 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01
N6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02
N7 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.11 0.05
N9 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.14 0.08
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.10 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04
O5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.10 0.05 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.04 0.08 0.11 0.05 0.07 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.09 0.04 0.02 0.00 0.03
P 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.02 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02
C2 0.07 0.03 0.08 0.07 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.08 0.05 0.01 0.03 0.03
C2' 0.06 0.02 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.00 0.06 0.01 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.01 0.03 0.03
C3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00
C4 0.05 0.04 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00
C4' 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00
C5 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02
C6 0.06 0.03 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01
C8 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.03 0.06 0.01 0.05 0.04 0.02
N1 0.06 0.03 0.07 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.09 0.06 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02
N3 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01
N6 0.05 0.03 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00
N7 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.03
N9 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00
O2' 0.12 0.03 0.12 0.11 0.07 0.11 0.05 0.10 0.01 0.10 0.00 0.06 0.02 0.05 0.11 0.14 0.10 0.13 0.10 0.05 0.06 0.07
O3' 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00
O4' 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01
O5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02
OP1 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.11 0.06 0.11 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02
OP2 0.05 0.12 0.05 0.06 0.09 0.06 0.11 0.06 0.14 0.08 0.15 0.11 0.15 0.11 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.09 0.06 0.07
P 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.10 0.05 0.10 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.09 0.05
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.06 0.11 0.07
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.12 0.08
N3 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.04
N6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.07 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.09 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
O2' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.03 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.02 0.07 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.09 0.12 0.08 0.12 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.08 0.04 0.08 0.09 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00