ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48092

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N1 A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.000, 0.099, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C4' B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
O5' B 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.180 std_dev=0.180
O4' B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C5' B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
P A 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
N3 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O3' B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
P B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.211 std_dev=0.211
OP2 A 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C3' B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
OP1 B 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
N9 B 0, 0.000, 0.238, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.238 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
OP1 A 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O2' B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.000, 0.279, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C8 B 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O5' A 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
N6 B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
N7 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.06
C2 0.05 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.09 0.08 0.08 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.00 0.07 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.15 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02
C4 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.11 0.02
C4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02
C5 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.08 0.01
C5' 0.03 0.10 0.04 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.14 0.13 0.14 0.08 0.17 0.13 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01
C6 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.14 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.10 0.11 0.06 0.04
C8 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.09 0.01
N1 0.06 0.00 0.07 0.05 0.05 0.06 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.01 0.05 0.12 0.11 0.06 0.04
N3 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.10 0.01
N6 0.05 0.01 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.17 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.12 0.14 0.04 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.08 0.01
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.12 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.15 0.05
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.08 0.00
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.14 0.08
O5' 0.01 0.09 0.06 0.06 0.06 0.00 0.08 0.00 0.10 0.05 0.12 0.07 0.12 0.06 0.04 0.08 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.04 0.09 0.05 0.11 0.08 0.11 0.06 0.14 0.09 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.08 0.15 0.10 0.11 0.08 0.08 0.05 0.06 0.09 0.06 0.10 0.04 0.08 0.12 0.15 0.08 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.04 0.05 0.08 0.10 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05
C2 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.05 0.05
C2' 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03
C4 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.06 0.07 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.04 0.04 0.09 0.05 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03
C5 0.03 0.08 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.08 0.03 0.04
C5' 0.08 0.09 0.05 0.05 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.02 0.02 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13
C6 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03
C8 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02
N1 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03
N3 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.10 0.06 0.06
N6 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01
N7 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.01 0.09 0.09 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03
N9 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.08 0.03 0.03 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04
O2' 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02
O4' 0.10 0.08 0.11 0.12 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.13 0.09 0.07 0.07 0.05 0.06
O5' 0.05 0.11 0.00 0.01 0.08 0.04 0.07 0.02 0.08 0.04 0.10 0.10 0.08 0.04 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02
OP1 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.17 0.20 0.18 0.20
OP2 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03
P 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
N1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
N6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00