ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48101

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 11, 15, 9, 9, 4, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.030 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.017, 0.064, 0.112, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.064 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.042, 0.091, 0.140, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.091 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.027, 0.077, 0.127, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.077 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.030, 0.087, 0.144, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.087 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.047, 0.113, 0.178, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.113 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.047, 0.130, 0.213, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.130 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.037, 0.143, 0.249, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.143 std_dev=0.106
O5' A 0, 0.059, 0.198, 0.337, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.198 std_dev=0.139
OP2 B 0, 0.102, 0.308, 0.514, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.308 std_dev=0.206
P B 0, 0.093, 0.300, 0.507, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.300 std_dev=0.207
OP1 B 0, 0.151, 0.407, 0.662, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.407 std_dev=0.256
P A 0, 0.023, 0.339, 0.655, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.339 std_dev=0.316
O5' B 0, 0.021, 0.337, 0.654, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.337 std_dev=0.317
OP1 A 0, 0.075, 0.489, 0.902, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.489 std_dev=0.413
C5' B 0, -0.101, 0.435, 0.971, 4.046 max_d=4.046 avg_d=0.435 std_dev=0.536
OP2 A 0, -0.070, 0.513, 1.097, 3.854 max_d=3.854 avg_d=0.513 std_dev=0.584
C4' B 0, -0.330, 0.485, 1.299, 6.223 max_d=6.223 avg_d=0.485 std_dev=0.815
C3' B 0, -0.404, 0.467, 1.338, 6.650 max_d=6.650 avg_d=0.467 std_dev=0.871
O4' B 0, -0.388, 0.589, 1.565, 7.458 max_d=7.458 avg_d=0.589 std_dev=0.977
O3' B 0, -0.591, 0.466, 1.524, 8.103 max_d=8.103 avg_d=0.466 std_dev=1.057
C6 B 0, -0.442, 0.623, 1.689, 8.129 max_d=8.129 avg_d=0.623 std_dev=1.066
C2' B 0, -0.579, 0.549, 1.676, 8.628 max_d=8.628 avg_d=0.549 std_dev=1.128
C1' B 0, -0.588, 0.614, 1.816, 9.201 max_d=9.201 avg_d=0.614 std_dev=1.202
C5 B 0, -0.557, 0.664, 1.886, 9.295 max_d=9.295 avg_d=0.664 std_dev=1.221
N1 B 0, -0.638, 0.641, 1.920, 9.785 max_d=9.785 avg_d=0.641 std_dev=1.279
O2' B 0, -0.792, 0.615, 2.021, 10.791 max_d=10.791 avg_d=0.615 std_dev=1.407
C4 B 0, -0.835, 0.723, 2.280, 11.893 max_d=11.893 avg_d=0.723 std_dev=1.557
C2 B 0, -0.906, 0.720, 2.345, 12.461 max_d=12.461 avg_d=0.720 std_dev=1.626
N4 B 0, -0.929, 0.795, 2.520, 13.226 max_d=13.226 avg_d=0.795 std_dev=1.725
N3 B 0, -0.989, 0.752, 2.494, 13.328 max_d=13.328 avg_d=0.752 std_dev=1.741
O2 B 0, -1.062, 0.780, 2.622, 14.158 max_d=14.158 avg_d=0.780 std_dev=1.842

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.10 0.26 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.04 0.03 0.14 0.25 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.35 0.12
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.34 0.11
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.12 0.25 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.19 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.13 0.24 0.07
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.14 0.24 0.06
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.05 0.11 0.24 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03 0.14 0.24 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.03 0.13 0.25 0.05
N6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.14 0.24 0.07
N7 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.12 0.24 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.11 0.25 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.10 0.40 0.15
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.06 0.11 0.33 0.09
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.14 0.18 0.03
O5' 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.14 0.08 0.08 0.12 0.10 0.13 0.11 0.14 0.11 0.14 0.13 0.14 0.12 0.11 0.10 0.11 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.25 0.35 0.34 0.25 0.19 0.24 0.11 0.24 0.24 0.24 0.25 0.24 0.24 0.25 0.40 0.33 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.05 0.12 0.11 0.06 0.04 0.07 0.01 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.08 0.07 0.15 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.71 0.21 0.07 0.92 0.11 0.85 0.14 0.69 0.62 0.84 1.01 0.64 0.11 0.33 0.41 0.09 0.07 0.13 0.08
C2 0.88 1.35 0.62 0.33 1.45 0.43 1.18 0.25 1.01 1.09 1.52 1.57 1.37 0.59 0.10 0.78 0.13 0.09 0.12 0.07
C2' 0.26 0.51 0.09 0.17 0.73 0.09 0.70 0.13 0.54 0.45 0.64 0.83 0.44 0.15 0.48 0.29 0.11 0.10 0.15 0.09
C3' 0.11 0.32 0.15 0.31 0.59 0.19 0.59 0.20 0.42 0.28 0.46 0.70 0.24 0.29 0.64 0.15 0.16 0.08 0.16 0.08
C4 0.77 1.14 0.52 0.26 1.24 0.36 1.06 0.21 0.92 0.96 1.26 1.30 1.12 0.45 0.07 0.70 0.11 0.08 0.12 0.07
C4' 0.12 0.31 0.09 0.28 0.56 0.20 0.57 0.26 0.42 0.28 0.44 0.66 0.24 0.18 0.58 0.15 0.19 0.07 0.15 0.10
C5 0.88 1.23 0.64 0.39 1.21 0.48 1.02 0.30 0.93 1.04 1.30 1.24 1.25 0.57 0.16 0.81 0.17 0.09 0.13 0.08
C5' 0.10 0.11 0.21 0.39 0.31 0.32 0.35 0.34 0.23 0.10 0.19 0.38 0.12 0.30 0.66 0.12 0.24 0.07 0.15 0.11
C6 0.98 1.39 0.73 0.47 1.32 0.56 1.07 0.35 0.98 1.14 1.47 1.36 1.47 0.70 0.26 0.88 0.19 0.10 0.13 0.08
C8 0.63 0.86 0.43 0.24 0.91 0.31 0.82 0.21 0.75 0.77 0.92 0.93 0.84 0.33 0.09 0.62 0.13 0.08 0.13 0.07
N1 0.98 1.44 0.72 0.43 1.44 0.53 1.15 0.31 1.02 1.16 1.57 1.51 1.50 0.70 0.21 0.86 0.17 0.10 0.12 0.08
N3 0.77 1.19 0.52 0.24 1.35 0.34 1.14 0.20 0.95 0.99 1.37 1.47 1.17 0.46 0.08 0.69 0.10 0.08 0.12 0.07
N6 1.05 1.42 0.81 0.56 1.27 0.65 1.01 0.41 0.95 1.15 1.45 1.28 1.56 0.80 0.38 0.93 0.24 0.11 0.14 0.09
N7 0.81 1.05 0.59 0.39 1.01 0.48 0.87 0.31 0.83 0.92 1.08 1.01 1.08 0.51 0.18 0.78 0.19 0.10 0.13 0.08
N9 0.61 0.91 0.39 0.16 1.03 0.25 0.93 0.16 0.81 0.79 1.01 1.09 0.86 0.29 0.15 0.58 0.09 0.08 0.12 0.07
O2' 0.31 0.58 0.11 0.15 0.81 0.10 0.75 0.12 0.58 0.50 0.73 0.93 0.52 0.17 0.47 0.34 0.11 0.13 0.16 0.11
O3' 0.14 0.39 0.13 0.30 0.68 0.17 0.66 0.19 0.47 0.33 0.55 0.83 0.30 0.26 0.63 0.18 0.15 0.08 0.16 0.08
O4' 0.34 0.58 0.16 0.11 0.80 0.10 0.78 0.20 0.62 0.52 0.70 0.88 0.51 0.08 0.37 0.32 0.14 0.08 0.13 0.10
O5' 0.31 0.23 0.45 0.57 0.15 0.46 0.19 0.40 0.14 0.20 0.16 0.21 0.34 0.54 0.84 0.26 0.26 0.06 0.18 0.08
OP1 0.75 0.72 0.90 0.88 0.44 0.75 0.37 0.59 0.46 0.65 0.61 0.36 0.87 0.99 1.06 0.62 0.40 0.12 0.12 0.17
OP2 0.34 0.32 0.46 0.46 0.23 0.41 0.27 0.28 0.21 0.25 0.26 0.27 0.45 0.63 0.75 0.25 0.21 0.16 0.24 0.16
P 0.52 0.42 0.65 0.73 0.17 0.62 0.16 0.50 0.21 0.38 0.30 0.15 0.56 0.77 1.00 0.44 0.36 0.12 0.13 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.14 0.14 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.14 0.12 0.25 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.12 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.11 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.10 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.16 0.10 0.36 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.03 0.07 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.06
C5 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.14 0.04 0.17 0.10 0.36 0.16
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.01 0.18 0.00 0.16 0.07 0.07 0.14 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.05 0.15 0.10 0.30 0.13
N1 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.12 0.11 0.23 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.03 0.15 0.11 0.31 0.15
N4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.03 0.18 0.11 0.40 0.19
O2 0.01 0.00 0.12 0.08 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.07 0.14 0.13 0.21 0.13
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.04 0.07 0.08 0.12 0.00 0.03 0.05 0.06 0.20 0.19 0.13
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.03 0.12 0.05 0.08 0.12 0.09 0.03 0.00 0.01 0.13 0.08 0.27 0.14
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.12 0.15 0.15 0.09
O5' 0.10 0.14 0.06 0.03 0.16 0.01 0.17 0.01 0.15 0.12 0.15 0.18 0.14 0.06 0.13 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.12 0.09 0.06 0.10 0.14 0.10 0.05 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.20 0.08 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.25 0.11 0.10 0.36 0.09 0.36 0.02 0.30 0.23 0.31 0.40 0.21 0.19 0.27 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.05 0.04 0.17 0.06 0.16 0.01 0.13 0.11 0.15 0.19 0.13 0.13 0.14 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00