ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48102

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 8, 8, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.026 std_dev=0.017
P B 0, 0.063, 0.234, 0.406, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.234 std_dev=0.172
O5' B 0, 0.071, 0.259, 0.447, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.259 std_dev=0.188
OP1 B 0, -0.001, 0.194, 0.389, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.194 std_dev=0.195
C2' A 0, -0.123, 0.102, 0.326, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.102 std_dev=0.225
O4' A 0, -0.139, 0.090, 0.318, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.090 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.042, 0.275, 0.507, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.275 std_dev=0.233
O5' A 0, -0.028, 0.225, 0.479, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.225 std_dev=0.253
O2' A 0, -0.129, 0.166, 0.460, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.166 std_dev=0.294
C5' B 0, -0.009, 0.301, 0.612, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.301 std_dev=0.310
C4' A 0, -0.182, 0.158, 0.497, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.158 std_dev=0.339
C3' A 0, -0.199, 0.148, 0.495, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.148 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.025, 0.383, 0.740, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.383 std_dev=0.357
O4' B 0, -0.002, 0.362, 0.727, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.362 std_dev=0.364
C4' B 0, -0.068, 0.341, 0.751, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.341 std_dev=0.410
N1 B 0, -0.045, 0.402, 0.848, 2.441 max_d=2.441 avg_d=0.402 std_dev=0.446
C5 B 0, -0.037, 0.413, 0.862, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.413 std_dev=0.450
C5' A 0, -0.198, 0.261, 0.719, 2.714 max_d=2.714 avg_d=0.261 std_dev=0.458
C1' B 0, -0.071, 0.396, 0.863, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.396 std_dev=0.467
O3' A 0, -0.230, 0.239, 0.707, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.239 std_dev=0.468
C3' B 0, -0.138, 0.340, 0.818, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.340 std_dev=0.478
P A 0, -0.247, 0.293, 0.834, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.293 std_dev=0.540
O3' B 0, -0.243, 0.334, 0.911, 3.369 max_d=3.369 avg_d=0.334 std_dev=0.577
C2 B 0, -0.102, 0.479, 1.060, 3.319 max_d=3.319 avg_d=0.479 std_dev=0.581
C2' B 0, -0.201, 0.394, 0.990, 3.435 max_d=3.435 avg_d=0.394 std_dev=0.595
C4 B 0, -0.124, 0.494, 1.111, 3.597 max_d=3.597 avg_d=0.494 std_dev=0.618
OP1 A 0, -0.272, 0.365, 1.002, 3.798 max_d=3.798 avg_d=0.365 std_dev=0.637
O2 B 0, -0.133, 0.528, 1.190, 3.798 max_d=3.798 avg_d=0.528 std_dev=0.662
N3 B 0, -0.133, 0.529, 1.190, 3.854 max_d=3.854 avg_d=0.529 std_dev=0.662
OP2 A 0, -0.357, 0.368, 1.093, 4.295 max_d=4.295 avg_d=0.368 std_dev=0.725
O2' B 0, -0.299, 0.436, 1.170, 4.279 max_d=4.279 avg_d=0.436 std_dev=0.734
N4 B 0, -0.176, 0.586, 1.347, 4.498 max_d=4.498 avg_d=0.586 std_dev=0.762

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.13 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.16 0.17 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.19 0.07 0.04 0.25 0.06 0.05
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.08 0.08 0.07 0.12 0.16 0.06 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.17 0.06 0.08
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.02 0.15 0.05 0.17 0.15 0.15 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.14 0.19 0.07 0.10
C4 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.04 0.04 0.24 0.05 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01 0.15 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.02 0.05 0.29 0.05 0.09
C5' 0.06 0.07 0.08 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.13 0.08 0.06 0.11 0.13 0.09 0.04 0.07 0.02 0.01 0.19 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.04 0.05 0.30 0.05 0.09
C8 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.04 0.06 0.25 0.06 0.09
N1 0.01 0.00 0.12 0.17 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.20 0.06 0.05 0.28 0.05 0.08
N3 0.01 0.00 0.16 0.15 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.16 0.07 0.04 0.22 0.06 0.04
N6 0.01 0.00 0.06 0.15 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.18 0.03 0.07 0.33 0.06 0.11
N7 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.10 0.02 0.07 0.30 0.07 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.21 0.05 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.11 0.06 0.04 0.05 0.10 0.04 0.07 0.07 0.10 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.09 0.20 0.09
O3' 0.02 0.19 0.04 0.01 0.13 0.02 0.14 0.07 0.17 0.06 0.20 0.16 0.18 0.10 0.06 0.05 0.00 0.02 0.14 0.15 0.10 0.08
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.13 0.09 0.08 0.06
O5' 0.04 0.04 0.12 0.14 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.14 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.25 0.17 0.19 0.24 0.15 0.29 0.19 0.30 0.25 0.28 0.22 0.33 0.30 0.21 0.09 0.15 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.20 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.08 0.10 0.06 0.03 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.04 0.11 0.11 0.06 0.09 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.15 0.05 0.04 0.21 0.05 0.19 0.06 0.14 0.11 0.19 0.25 0.14 0.04 0.06 0.06 0.10 0.09 0.13 0.10
C2 0.07 0.09 0.06 0.05 0.15 0.08 0.16 0.11 0.13 0.09 0.12 0.18 0.08 0.05 0.07 0.08 0.10 0.18 0.10 0.13
C2' 0.12 0.06 0.10 0.11 0.11 0.16 0.14 0.20 0.14 0.09 0.08 0.15 0.05 0.11 0.08 0.16 0.15 0.15 0.10 0.13
C3' 0.08 0.06 0.07 0.08 0.13 0.10 0.14 0.11 0.12 0.07 0.10 0.16 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05
C4 0.06 0.09 0.06 0.05 0.15 0.06 0.15 0.09 0.12 0.09 0.12 0.18 0.08 0.05 0.06 0.08 0.09 0.16 0.10 0.13
C4' 0.05 0.12 0.04 0.04 0.16 0.06 0.15 0.08 0.12 0.09 0.15 0.19 0.12 0.04 0.06 0.06 0.12 0.13 0.13 0.12
C5 0.09 0.12 0.09 0.08 0.18 0.08 0.18 0.10 0.14 0.12 0.15 0.21 0.11 0.08 0.07 0.09 0.10 0.19 0.10 0.14
C5' 0.05 0.08 0.05 0.05 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.12 0.08 0.06 0.09 0.07 0.11 0.13 0.09 0.10
C6 0.10 0.15 0.10 0.08 0.21 0.09 0.20 0.12 0.16 0.13 0.18 0.24 0.13 0.08 0.08 0.10 0.10 0.20 0.10 0.14
C8 0.07 0.11 0.08 0.07 0.16 0.06 0.16 0.07 0.13 0.10 0.13 0.19 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.15 0.11 0.13
N1 0.09 0.13 0.09 0.07 0.19 0.09 0.19 0.12 0.15 0.12 0.16 0.22 0.11 0.07 0.07 0.10 0.10 0.19 0.10 0.14
N3 0.06 0.09 0.05 0.04 0.14 0.07 0.15 0.09 0.12 0.08 0.12 0.18 0.08 0.04 0.06 0.08 0.10 0.16 0.10 0.12
N6 0.13 0.19 0.13 0.10 0.26 0.10 0.24 0.13 0.19 0.17 0.23 0.30 0.18 0.10 0.09 0.12 0.11 0.21 0.11 0.15
N7 0.10 0.14 0.11 0.09 0.19 0.08 0.19 0.10 0.15 0.13 0.16 0.22 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.19 0.10 0.14
N9 0.06 0.10 0.05 0.04 0.16 0.05 0.16 0.07 0.12 0.09 0.14 0.20 0.09 0.04 0.06 0.07 0.09 0.13 0.12 0.12
O2' 0.05 0.12 0.05 0.04 0.17 0.11 0.13 0.18 0.10 0.07 0.17 0.22 0.13 0.06 0.06 0.11 0.12 0.20 0.10 0.14
O3' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.12 0.09 0.14 0.11 0.11 0.07 0.10 0.16 0.06 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07
O4' 0.16 0.24 0.13 0.13 0.29 0.15 0.27 0.16 0.22 0.21 0.28 0.32 0.23 0.10 0.13 0.16 0.23 0.23 0.26 0.25
O5' 0.06 0.18 0.05 0.03 0.23 0.05 0.20 0.07 0.15 0.13 0.22 0.27 0.17 0.03 0.01 0.04 0.10 0.07 0.13 0.09
OP1 0.10 0.19 0.10 0.04 0.19 0.04 0.17 0.08 0.15 0.14 0.21 0.21 0.21 0.09 0.02 0.06 0.08 0.11 0.11 0.09
OP2 0.03 0.10 0.04 0.01 0.14 0.03 0.13 0.05 0.10 0.07 0.13 0.17 0.10 0.06 0.02 0.02 0.08 0.13 0.11 0.10
P 0.04 0.13 0.04 0.01 0.16 0.02 0.14 0.04 0.11 0.09 0.16 0.18 0.13 0.04 0.00 0.01 0.05 0.07 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.07 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.10 0.11 0.12 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.10 0.12 0.12 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.09 0.09 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.09 0.10 0.08
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.11 0.13 0.15 0.12
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.05 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.08 0.11 0.07 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O5' 0.04 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.05 0.08 0.11 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.07 0.11 0.04 0.12 0.04 0.09 0.07 0.09 0.13 0.07 0.07 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.05 0.05 0.12 0.02 0.12 0.01 0.09 0.06 0.10 0.15 0.07 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.05 0.08 0.12 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00