ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48103

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.013
OP1 B 0, 0.196, 0.366, 0.537, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.366 std_dev=0.171
C5' B 0, 0.261, 0.451, 0.641, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.451 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.294, 0.496, 0.699, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.496 std_dev=0.202
P B 0, 0.252, 0.459, 0.666, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.459 std_dev=0.207
C4' B 0, 0.288, 0.609, 0.930, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.609 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.378, 0.699, 1.020, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.699 std_dev=0.321
O4' A 0, 0.200, 0.547, 0.895, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.547 std_dev=0.347
O4' B 0, 0.340, 0.707, 1.074, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.707 std_dev=0.367
C2' A 0, 0.222, 0.598, 0.973, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.598 std_dev=0.375
P A 0, 0.306, 0.712, 1.118, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.712 std_dev=0.406
C3' B 0, 0.316, 0.730, 1.143, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.730 std_dev=0.414
C4' A 0, 0.265, 0.698, 1.131, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.698 std_dev=0.433
O3' B 0, 0.324, 0.769, 1.213, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.769 std_dev=0.445
C3' A 0, 0.304, 0.774, 1.244, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.774 std_dev=0.470
OP1 A 0, 0.274, 0.748, 1.223, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.748 std_dev=0.474
O3' A 0, 0.348, 0.841, 1.333, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.841 std_dev=0.492
C1' B 0, 0.338, 0.840, 1.342, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.840 std_dev=0.502
C6 B 0, 0.419, 0.926, 1.433, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.926 std_dev=0.507
C2' B 0, 0.339, 0.871, 1.404, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.871 std_dev=0.533
O2' A 0, 0.335, 0.868, 1.402, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.868 std_dev=0.533
N1 B 0, 0.363, 0.907, 1.451, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.907 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.471, 1.024, 1.576, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.024 std_dev=0.552
O2' B 0, 0.389, 0.948, 1.507, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.948 std_dev=0.559
C2 B 0, 0.341, 0.977, 1.614, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.977 std_dev=0.636
C4 B 0, 0.450, 1.093, 1.735, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.093 std_dev=0.643
O2 B 0, 0.296, 0.974, 1.652, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.974 std_dev=0.678
N3 B 0, 0.382, 1.066, 1.750, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.066 std_dev=0.684
N4 B 0, 0.497, 1.203, 1.908, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.203 std_dev=0.706
O5' A 0, 0.283, 1.008, 1.733, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.008 std_dev=0.725
OP2 A 0, 0.574, 1.385, 2.196, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.385 std_dev=0.811
C5' A 0, 0.512, 1.376, 2.241, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.376 std_dev=0.865

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.26 0.09 0.69 0.26
C2 0.01 0.00 0.06 0.21 0.00 0.19 0.01 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.16 0.13 0.38 0.30 0.55 0.21
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.31 0.34 0.64 0.23
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.08 0.03 0.11 0.07 0.17 0.21 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.31 0.46 0.55 0.22
C4 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.08 0.06 0.45 0.22 0.57 0.19
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.11 0.14 0.18 0.05 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.15 0.61 0.19
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.02 0.55 0.24 0.46 0.15
C5' 0.04 0.34 0.03 0.03 0.18 0.01 0.15 0.00 0.19 0.22 0.28 0.31 0.18 0.19 0.11 0.06 0.05 0.03 0.01 0.34 0.42 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.09 0.05 0.54 0.29 0.41 0.15
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.10 0.56 0.15 0.52 0.12
N1 0.01 0.00 0.06 0.17 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.14 0.09 0.47 0.32 0.45 0.18
N3 0.01 0.00 0.06 0.21 0.00 0.18 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.15 0.13 0.35 0.26 0.61 0.23
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.07 0.03 0.59 0.30 0.34 0.14
N7 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.06 0.60 0.20 0.45 0.12
N9 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.45 0.15 0.61 0.19
O2' 0.02 0.27 0.00 0.01 0.15 0.06 0.12 0.06 0.16 0.08 0.22 0.26 0.14 0.08 0.06 0.00 0.04 0.05 0.14 0.22 0.65 0.21
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.05 0.09 0.06 0.14 0.15 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.20 0.48 0.52 0.17
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.10 0.09 0.13 0.03 0.06 0.01 0.05 0.03 0.00 0.19 0.15 0.75 0.35
O5' 0.26 0.38 0.31 0.31 0.45 0.03 0.55 0.01 0.54 0.56 0.47 0.35 0.59 0.60 0.45 0.14 0.20 0.19 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.30 0.34 0.46 0.22 0.15 0.24 0.34 0.29 0.15 0.32 0.26 0.30 0.20 0.15 0.22 0.48 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.69 0.55 0.64 0.55 0.57 0.61 0.46 0.42 0.41 0.52 0.45 0.61 0.34 0.45 0.61 0.65 0.52 0.75 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.21 0.23 0.22 0.19 0.19 0.15 0.01 0.15 0.12 0.18 0.23 0.14 0.12 0.19 0.21 0.17 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.17 0.11 0.11 0.20 0.15 0.20 0.18 0.18 0.17 0.18 0.21 0.16 0.11 0.14 0.20 0.19 0.19 0.24 0.19
C2 0.14 0.14 0.10 0.09 0.17 0.14 0.18 0.16 0.17 0.15 0.15 0.18 0.11 0.13 0.16 0.19 0.13 0.16 0.15 0.12
C2' 0.15 0.16 0.08 0.07 0.18 0.15 0.18 0.18 0.16 0.16 0.17 0.20 0.15 0.09 0.11 0.21 0.18 0.18 0.26 0.20
C3' 0.08 0.13 0.07 0.08 0.18 0.07 0.16 0.10 0.12 0.11 0.16 0.21 0.11 0.07 0.14 0.12 0.08 0.03 0.15 0.04
C4 0.13 0.13 0.07 0.07 0.17 0.13 0.18 0.16 0.16 0.14 0.15 0.19 0.11 0.09 0.13 0.18 0.14 0.16 0.15 0.12
C4' 0.12 0.17 0.08 0.08 0.23 0.10 0.21 0.13 0.17 0.15 0.21 0.26 0.16 0.07 0.13 0.14 0.11 0.11 0.16 0.10
C5 0.14 0.14 0.09 0.09 0.18 0.15 0.19 0.16 0.18 0.15 0.16 0.19 0.12 0.11 0.14 0.19 0.13 0.15 0.11 0.10
C5' 0.32 0.40 0.30 0.29 0.47 0.28 0.45 0.30 0.41 0.38 0.45 0.51 0.37 0.26 0.25 0.32 0.35 0.38 0.43 0.39
C6 0.16 0.15 0.13 0.13 0.19 0.17 0.20 0.17 0.19 0.17 0.17 0.20 0.13 0.15 0.17 0.21 0.14 0.16 0.11 0.10
C8 0.13 0.14 0.07 0.06 0.18 0.13 0.18 0.16 0.16 0.14 0.16 0.19 0.12 0.08 0.11 0.18 0.14 0.15 0.13 0.11
N1 0.16 0.15 0.13 0.12 0.18 0.16 0.19 0.16 0.18 0.16 0.16 0.19 0.13 0.16 0.17 0.21 0.13 0.16 0.12 0.10
N3 0.13 0.13 0.08 0.07 0.17 0.13 0.18 0.16 0.16 0.14 0.15 0.19 0.11 0.10 0.14 0.19 0.14 0.16 0.17 0.13
N6 0.19 0.18 0.18 0.17 0.21 0.20 0.22 0.18 0.22 0.20 0.19 0.22 0.16 0.19 0.20 0.23 0.16 0.17 0.11 0.11
N7 0.13 0.14 0.08 0.09 0.18 0.14 0.19 0.16 0.18 0.15 0.16 0.19 0.11 0.09 0.12 0.18 0.14 0.16 0.11 0.10
N9 0.14 0.14 0.08 0.07 0.18 0.13 0.18 0.17 0.17 0.15 0.16 0.19 0.13 0.09 0.12 0.19 0.15 0.16 0.17 0.14
O2' 0.30 0.32 0.23 0.21 0.34 0.27 0.34 0.31 0.33 0.32 0.33 0.35 0.30 0.21 0.18 0.34 0.36 0.38 0.51 0.43
O3' 0.07 0.11 0.04 0.05 0.16 0.06 0.13 0.10 0.10 0.09 0.14 0.19 0.09 0.05 0.13 0.12 0.07 0.05 0.18 0.07
O4' 0.10 0.14 0.05 0.05 0.18 0.09 0.17 0.12 0.14 0.13 0.17 0.21 0.13 0.06 0.11 0.14 0.10 0.07 0.14 0.08
O5' 0.37 0.25 0.38 0.38 0.18 0.39 0.21 0.40 0.27 0.29 0.20 0.16 0.28 0.41 0.40 0.39 0.39 0.37 0.32 0.33
OP1 0.56 0.60 0.55 0.54 0.63 0.52 0.63 0.49 0.61 0.59 0.62 0.65 0.59 0.53 0.55 0.54 0.51 0.33 0.55 0.43
OP2 0.35 0.37 0.36 0.35 0.35 0.37 0.33 0.41 0.33 0.35 0.37 0.36 0.38 0.37 0.33 0.36 0.36 0.38 0.28 0.33
P 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.15 0.14 0.21 0.14 0.11 0.12 0.15 0.09 0.08 0.11 0.17 0.21 0.14 0.24 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.05 0.19 0.11
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.13 0.13 0.27 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.16 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.18 0.20 0.32 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.17 0.19 0.30 0.24
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.14 0.14 0.25 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.12 0.11 0.24 0.16
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.16 0.17 0.30 0.21
N4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.19 0.23 0.34 0.26
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.05 0.10 0.10 0.25 0.15
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.00 0.06 0.04 0.06 0.10 0.13 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.05 0.07 0.08 0.06 0.00 0.02 0.04 0.21 0.07 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.18 0.11
O5' 0.07 0.13 0.08 0.06 0.18 0.02 0.17 0.01 0.14 0.12 0.16 0.19 0.10 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.13 0.07 0.11 0.20 0.08 0.19 0.08 0.14 0.11 0.17 0.23 0.10 0.10 0.21 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.27 0.16 0.09 0.32 0.07 0.30 0.03 0.25 0.24 0.30 0.34 0.25 0.13 0.07 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.17 0.09 0.05 0.24 0.03 0.24 0.01 0.19 0.16 0.21 0.26 0.15 0.05 0.08 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00