ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48104

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.009, 0.015, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.015 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.020, 0.031, 0.043, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.031 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.023, 0.036, 0.049, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.025, 0.040, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.040 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.349, 0.584, 0.819, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.584 std_dev=0.235
O4' A 0, 0.265, 0.514, 0.763, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.514 std_dev=0.249
OP1 B 0, 0.247, 0.525, 0.803, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.525 std_dev=0.278
P B 0, 0.195, 0.501, 0.806, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.501 std_dev=0.305
O2' A 0, 0.531, 0.861, 1.190, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.861 std_dev=0.330
OP2 B 0, 0.265, 0.599, 0.933, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.599 std_dev=0.334
C3' A 0, 0.551, 0.928, 1.304, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.928 std_dev=0.377
C4' A 0, 0.279, 0.695, 1.110, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.695 std_dev=0.415
C5 B 0, 0.719, 1.217, 1.714, 1.669 max_d=1.669 avg_d=1.217 std_dev=0.498
O3' A 0, 0.873, 1.389, 1.905, 1.697 max_d=1.697 avg_d=1.389 std_dev=0.516
C6 B 0, 0.635, 1.171, 1.708, 1.806 max_d=1.806 avg_d=1.171 std_dev=0.537
C5' A 0, 0.669, 1.326, 1.983, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.326 std_dev=0.657
O5' B 0, 0.280, 0.941, 1.602, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.941 std_dev=0.661
O5' A 0, 0.920, 1.651, 2.382, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.651 std_dev=0.731
C4 B 0, 0.799, 1.626, 2.453, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.626 std_dev=0.827
N4 B 0, 0.956, 1.874, 2.791, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.874 std_dev=0.918
OP1 A 0, 1.355, 2.334, 3.313, 3.411 max_d=3.411 avg_d=2.334 std_dev=0.979
N1 B 0, 0.649, 1.657, 2.664, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.657 std_dev=1.007
N3 B 0, 0.982, 2.057, 3.133, 3.170 max_d=3.170 avg_d=2.057 std_dev=1.076
C5' B 0, 0.278, 1.355, 2.432, 3.103 max_d=3.103 avg_d=1.355 std_dev=1.077
C2 B 0, 1.008, 2.160, 3.313, 3.445 max_d=3.445 avg_d=2.160 std_dev=1.153
P A 0, 0.523, 1.721, 2.919, 3.840 max_d=3.840 avg_d=1.721 std_dev=1.198
O4' B 0, 0.512, 1.725, 2.937, 3.614 max_d=3.614 avg_d=1.725 std_dev=1.213
OP2 A 0, 1.075, 2.381, 3.687, 4.519 max_d=4.519 avg_d=2.381 std_dev=1.306
C1' B 0, 0.602, 1.923, 3.243, 4.039 max_d=4.039 avg_d=1.923 std_dev=1.320
C4' B 0, 0.374, 1.734, 3.093, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.734 std_dev=1.359
O2 B 0, 1.368, 2.790, 4.212, 4.590 max_d=4.590 avg_d=2.790 std_dev=1.422
C3' B 0, 0.380, 1.865, 3.351, 4.512 max_d=4.512 avg_d=1.865 std_dev=1.486
C2' B 0, 0.488, 2.134, 3.780, 5.045 max_d=5.045 avg_d=2.134 std_dev=1.646
O3' B 0, 0.206, 2.149, 4.092, 5.789 max_d=5.789 avg_d=2.149 std_dev=1.943
O2' B 0, 0.593, 2.622, 4.651, 6.288 max_d=6.288 avg_d=2.622 std_dev=2.029

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.16 1.16 0.43
C2 0.01 0.00 0.08 0.36 0.00 0.44 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.33 0.31 0.22 0.34 0.73 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.35 0.97 0.46
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.18 0.00 0.11 0.01 0.17 0.08 0.28 0.36 0.13 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.37 0.41 0.64 0.39
C4 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.22 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.15 0.16 0.13 0.37 1.31 0.43
C4' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.22 0.00 0.11 0.00 0.20 0.17 0.34 0.43 0.14 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.41 0.15
C5 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.06 0.26 0.57 1.66 0.65
C5' 0.01 0.74 0.01 0.01 0.34 0.00 0.19 0.00 0.34 0.25 0.59 0.68 0.25 0.13 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.17 0.00 0.20 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.17 0.13 0.20 0.57 1.45 0.52
C8 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.18 0.44 0.62 2.06 0.97
N1 0.01 0.00 0.05 0.28 0.00 0.34 0.00 0.59 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.26 0.23 0.15 0.44 1.02 0.27
N3 0.01 0.00 0.08 0.36 0.00 0.43 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.30 0.31 0.20 0.29 0.78 0.19
N6 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.14 0.08 0.28 0.69 1.62 0.65
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.10 0.44 0.72 2.09 0.97
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.22 0.38 1.55 0.62
O2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.03 0.07 0.03 0.13 0.09 0.22 0.29 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.12 0.73 0.27
O3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.15 0.01 0.10 0.01 0.17 0.06 0.26 0.30 0.14 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.32 0.38 0.28 0.26
O4' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.00 0.06 0.00 0.13 0.18 0.23 0.31 0.08 0.10 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.11 0.91 0.29
O5' 0.09 0.22 0.26 0.37 0.13 0.00 0.26 0.00 0.20 0.44 0.15 0.20 0.28 0.44 0.22 0.08 0.32 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.16 0.34 0.35 0.41 0.37 0.03 0.57 0.03 0.57 0.62 0.44 0.29 0.69 0.72 0.38 0.12 0.38 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 1.16 0.73 0.97 0.64 1.31 0.41 1.66 0.09 1.45 2.06 1.02 0.78 1.62 2.09 1.55 0.73 0.28 0.91 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.43 0.21 0.46 0.39 0.43 0.15 0.65 0.01 0.52 0.97 0.27 0.19 0.65 0.97 0.62 0.27 0.26 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.17 0.19 0.17 0.13 0.18 0.08 0.12 0.07 0.12 0.21 0.07 0.21 0.29 0.05 0.06 0.06 0.13 0.09
C2 0.38 0.20 0.64 0.67 0.09 0.50 0.13 0.35 0.06 0.20 0.08 0.19 0.32 0.78 0.94 0.29 0.17 0.13 0.19 0.08
C2' 0.07 0.19 0.13 0.15 0.35 0.09 0.35 0.05 0.25 0.17 0.27 0.42 0.13 0.19 0.27 0.06 0.12 0.11 0.31 0.21
C3' 0.20 0.16 0.30 0.32 0.14 0.21 0.15 0.16 0.16 0.17 0.14 0.14 0.16 0.30 0.40 0.14 0.17 0.16 0.18 0.14
C4 0.30 0.14 0.54 0.59 0.11 0.42 0.13 0.30 0.05 0.15 0.05 0.19 0.23 0.64 0.84 0.22 0.14 0.13 0.17 0.09
C4' 0.31 0.36 0.34 0.34 0.46 0.23 0.47 0.22 0.42 0.37 0.41 0.49 0.32 0.26 0.32 0.25 0.35 0.34 0.59 0.42
C5 0.41 0.22 0.74 0.81 0.07 0.57 0.11 0.40 0.07 0.23 0.10 0.17 0.34 0.88 1.15 0.29 0.21 0.18 0.19 0.11
C5' 0.57 0.73 0.62 0.61 0.94 0.41 0.96 0.38 0.84 0.72 0.84 1.03 0.64 0.45 0.55 0.46 0.64 0.58 1.04 0.73
C6 0.50 0.29 0.87 0.93 0.06 0.66 0.10 0.46 0.09 0.29 0.14 0.16 0.43 1.05 1.32 0.35 0.24 0.19 0.20 0.11
C8 0.26 0.11 0.53 0.60 0.10 0.39 0.13 0.28 0.05 0.12 0.05 0.17 0.19 0.60 0.88 0.16 0.15 0.17 0.17 0.13
N1 0.47 0.27 0.81 0.84 0.07 0.61 0.10 0.42 0.08 0.27 0.13 0.18 0.41 0.98 1.19 0.35 0.22 0.17 0.20 0.09
N3 0.29 0.14 0.50 0.53 0.12 0.40 0.14 0.28 0.06 0.15 0.06 0.20 0.23 0.60 0.75 0.22 0.13 0.11 0.17 0.08
N6 0.60 0.37 1.05 1.10 0.07 0.78 0.09 0.53 0.13 0.36 0.20 0.16 0.53 1.27 1.57 0.42 0.29 0.22 0.21 0.13
N7 0.40 0.21 0.76 0.85 0.08 0.58 0.11 0.41 0.07 0.22 0.10 0.16 0.32 0.89 1.23 0.27 0.23 0.21 0.19 0.14
N9 0.20 0.08 0.39 0.44 0.13 0.30 0.15 0.21 0.07 0.09 0.06 0.19 0.14 0.46 0.64 0.13 0.10 0.10 0.16 0.10
O2' 0.28 0.46 0.28 0.28 0.66 0.19 0.65 0.18 0.53 0.43 0.57 0.74 0.40 0.21 0.26 0.22 0.34 0.32 0.59 0.40
O3' 0.14 0.10 0.22 0.23 0.10 0.15 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.22 0.29 0.11 0.12 0.12 0.15 0.12
O4' 0.28 0.31 0.33 0.34 0.37 0.23 0.38 0.21 0.35 0.32 0.34 0.38 0.28 0.27 0.34 0.23 0.32 0.34 0.50 0.38
O5' 0.27 0.40 0.33 0.33 0.61 0.13 0.63 0.12 0.52 0.40 0.50 0.69 0.31 0.18 0.30 0.17 0.34 0.31 0.71 0.42
OP1 0.34 0.50 0.42 0.44 0.77 0.25 0.79 0.29 0.65 0.50 0.63 0.88 0.39 0.24 0.41 0.26 0.40 0.33 0.78 0.43
OP2 1.90 1.97 1.94 1.96 2.08 1.79 2.11 1.76 2.07 1.99 2.02 2.10 1.88 1.78 1.91 1.80 1.93 1.83 2.04 1.90
P 0.96 1.13 1.05 1.06 1.36 0.79 1.38 0.75 1.27 1.13 1.24 1.44 1.01 0.84 1.02 0.82 1.02 0.94 1.36 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.16 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.09 0.05 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.08 0.10 0.11 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.13 0.10
O2 0.03 0.00 0.16 0.14 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.17 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04 0.03
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.11 0.07 0.17 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.10 0.09
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05
O5' 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.05 0.07 0.09 0.09 0.05 0.10 0.03 0.07 0.04 0.07 0.11 0.04 0.08 0.14 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.04 0.06 0.12 0.01 0.11 0.01 0.08 0.06 0.10 0.13 0.07 0.04 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.03 0.05 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.05 0.03 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00