ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.018, 0.030, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.041 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.018, 0.038, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.018, 0.041, 0.063, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.022, 0.051, 0.080, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.051 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.041, 0.091, 0.141, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.091 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.038, 0.091, 0.145, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.091 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.077, 0.166, 0.254, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.166 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.120, 0.231, 0.341, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.231 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.195, 0.356, 0.517, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.356 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.032, 0.232, 0.432, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.232 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.015, 0.225, 0.434, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.225 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.268, 0.482, 0.695, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.482 std_dev=0.213
P B 0, -0.015, 0.214, 0.443, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.214 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.271, 0.588, 0.905, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.588 std_dev=0.317
C5 B 0, 0.178, 0.513, 0.848, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.513 std_dev=0.335
P A 0, 0.129, 0.475, 0.821, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.475 std_dev=0.346
O5' A 0, 0.526, 0.873, 1.221, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.873 std_dev=0.348
C5' B 0, 0.444, 0.800, 1.156, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.800 std_dev=0.356
C6 B 0, 0.083, 0.450, 0.818, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.450 std_dev=0.367
OP1 A 0, 0.254, 0.633, 1.012, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.633 std_dev=0.379
N4 B 0, 0.362, 0.759, 1.156, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.759 std_dev=0.397
C4' B 0, 0.276, 0.676, 1.075, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.676 std_dev=0.400
O4' B 0, 0.283, 0.695, 1.107, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.695 std_dev=0.412
OP2 A 0, 0.144, 0.575, 1.005, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.575 std_dev=0.430
C4 B 0, 0.295, 0.726, 1.156, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.726 std_dev=0.431
C3' B 0, 0.169, 0.628, 1.087, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.628 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.162, 0.627, 1.092, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.627 std_dev=0.465
O3' A 0, 0.755, 1.227, 1.699, 1.526 max_d=1.526 avg_d=1.227 std_dev=0.472
N1 B 0, 0.157, 0.638, 1.119, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.638 std_dev=0.481
C1' B 0, 0.117, 0.604, 1.090, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.604 std_dev=0.486
O2' B 0, 0.208, 0.711, 1.213, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.711 std_dev=0.503
C2' B 0, 0.116, 0.620, 1.124, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.620 std_dev=0.504
N3 B 0, 0.361, 0.925, 1.488, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.925 std_dev=0.563
C2 B 0, 0.309, 0.901, 1.493, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.901 std_dev=0.592
O2 B 0, 0.386, 1.108, 1.829, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.108 std_dev=0.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.13 0.07 0.09
C2 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.05 0.18 0.42 0.35 0.34
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.06 0.07
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.12 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.16 0.32 0.24 0.25
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.08 0.06
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.18 0.34 0.28 0.27
C5' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.03 0.11 0.10 0.08 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.04 0.20 0.40 0.35 0.33
C8 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.15 0.20 0.16 0.16
N1 0.04 0.00 0.07 0.07 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.06 0.06 0.20 0.43 0.38 0.36
N3 0.04 0.01 0.06 0.06 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.05 0.16 0.35 0.27 0.28
N6 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.04 0.20 0.40 0.38 0.34
N7 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.03 0.17 0.27 0.23 0.22
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.14 0.22 0.16 0.18
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.09 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.07 0.06
O3' 0.08 0.07 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.06 0.11 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.02 0.00 0.06 0.08 0.13 0.21 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.10 0.07 0.08
O5' 0.08 0.18 0.03 0.06 0.16 0.02 0.18 0.01 0.20 0.15 0.20 0.16 0.20 0.17 0.14 0.03 0.08 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.42 0.12 0.08 0.32 0.11 0.34 0.06 0.40 0.20 0.43 0.35 0.40 0.27 0.22 0.12 0.13 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.35 0.06 0.12 0.24 0.08 0.28 0.03 0.35 0.16 0.38 0.27 0.38 0.23 0.16 0.07 0.21 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.34 0.07 0.06 0.25 0.06 0.27 0.02 0.33 0.16 0.36 0.28 0.34 0.22 0.18 0.06 0.12 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.05 0.07 0.18 0.06 0.19 0.05 0.14 0.09 0.13 0.22 0.07 0.10 0.08 0.09 0.06 0.08 0.12 0.08
C2 0.10 0.09 0.06 0.07 0.17 0.09 0.16 0.08 0.11 0.08 0.12 0.21 0.08 0.11 0.09 0.14 0.07 0.10 0.12 0.08
C2' 0.06 0.10 0.05 0.08 0.19 0.05 0.19 0.05 0.15 0.09 0.14 0.23 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.13 0.09
C3' 0.02 0.09 0.05 0.09 0.18 0.02 0.19 0.04 0.14 0.08 0.13 0.22 0.07 0.05 0.12 0.04 0.07 0.09 0.13 0.09
C4 0.09 0.10 0.06 0.07 0.18 0.09 0.18 0.08 0.12 0.09 0.13 0.22 0.08 0.10 0.08 0.13 0.07 0.10 0.12 0.08
C4' 0.05 0.07 0.03 0.06 0.17 0.03 0.18 0.04 0.13 0.07 0.11 0.21 0.04 0.10 0.08 0.06 0.06 0.08 0.12 0.08
C5 0.10 0.09 0.06 0.06 0.17 0.09 0.17 0.09 0.11 0.08 0.13 0.22 0.08 0.10 0.07 0.15 0.07 0.11 0.12 0.09
C5' 0.08 0.05 0.05 0.04 0.15 0.04 0.16 0.03 0.12 0.06 0.09 0.19 0.05 0.13 0.07 0.09 0.04 0.07 0.10 0.07
C6 0.11 0.09 0.06 0.06 0.15 0.10 0.14 0.09 0.09 0.08 0.12 0.20 0.08 0.10 0.07 0.16 0.08 0.12 0.12 0.09
C8 0.08 0.11 0.06 0.07 0.19 0.08 0.19 0.08 0.14 0.10 0.15 0.23 0.09 0.10 0.08 0.12 0.07 0.11 0.12 0.08
N1 0.11 0.09 0.06 0.06 0.16 0.10 0.15 0.09 0.10 0.08 0.12 0.21 0.08 0.11 0.08 0.16 0.08 0.11 0.12 0.09
N3 0.09 0.10 0.07 0.07 0.18 0.08 0.18 0.08 0.13 0.09 0.13 0.22 0.08 0.11 0.09 0.13 0.07 0.10 0.12 0.08
N6 0.12 0.08 0.07 0.07 0.14 0.12 0.12 0.11 0.08 0.08 0.11 0.19 0.09 0.11 0.07 0.18 0.10 0.13 0.13 0.12
N7 0.09 0.10 0.06 0.06 0.18 0.10 0.18 0.09 0.12 0.09 0.14 0.23 0.09 0.10 0.07 0.14 0.08 0.13 0.12 0.09
N9 0.08 0.10 0.06 0.07 0.19 0.08 0.19 0.07 0.14 0.09 0.14 0.23 0.09 0.10 0.09 0.12 0.07 0.10 0.12 0.08
O2' 0.08 0.13 0.09 0.10 0.20 0.07 0.20 0.08 0.15 0.12 0.16 0.24 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.14 0.11
O3' 0.14 0.20 0.17 0.21 0.26 0.16 0.27 0.16 0.24 0.19 0.22 0.29 0.18 0.12 0.23 0.13 0.18 0.19 0.21 0.20
O4' 0.09 0.07 0.06 0.05 0.16 0.08 0.17 0.06 0.12 0.07 0.10 0.20 0.06 0.14 0.07 0.11 0.04 0.07 0.10 0.07
O5' 0.20 0.15 0.16 0.09 0.08 0.13 0.08 0.09 0.10 0.15 0.12 0.07 0.18 0.23 0.06 0.20 0.11 0.11 0.12 0.11
OP1 0.10 0.08 0.09 0.10 0.06 0.09 0.07 0.11 0.06 0.07 0.07 0.07 0.11 0.14 0.14 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10
OP2 0.10 0.11 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.11 0.05 0.08 0.10 0.07 0.14 0.13 0.17 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08
P 0.10 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.04 0.10 0.13 0.11 0.09 0.06 0.07 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.06 0.09 0.06
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.11 0.06
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.11 0.08
C4 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.08 0.09 0.11 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.09 0.10 0.09
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.08 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05
N3 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.07 0.10 0.07
N4 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.09 0.10 0.12 0.11
O2 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.06 0.12 0.12 0.09
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.06
O5' 0.03 0.07 0.05 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.07 0.09 0.09 0.03 0.09 0.03 0.07 0.05 0.07 0.10 0.06 0.04 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.09 0.11 0.11 0.11 0.03 0.10 0.02 0.08 0.07 0.10 0.12 0.09 0.08 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.06 0.06 0.08 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.11 0.06 0.04 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00