ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.107, 0.386, 0.665, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.386 std_dev=0.279
C2' A 0, 0.076, 0.384, 0.691, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.384 std_dev=0.307
C4' A 0, 0.169, 0.514, 0.860, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.514 std_dev=0.345
P B 0, 0.163, 0.523, 0.883, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.523 std_dev=0.360
O5' B 0, 0.409, 0.810, 1.210, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.810 std_dev=0.400
OP1 B 0, 0.356, 0.873, 1.389, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.873 std_dev=0.516
OP2 B 0, 0.375, 1.017, 1.659, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.017 std_dev=0.642
O2' A 0, 0.154, 0.889, 1.624, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.889 std_dev=0.735
C3' A 0, 0.162, 0.962, 1.762, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.962 std_dev=0.800
C5' A 0, 0.297, 1.190, 2.083, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.190 std_dev=0.893
C6 B 0, 0.642, 1.662, 2.682, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.662 std_dev=1.020
C5' B 0, 0.574, 1.667, 2.761, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.667 std_dev=1.093
O4' B 0, 0.719, 1.884, 3.049, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.884 std_dev=1.165
N1 B 0, 0.709, 2.064, 3.419, 3.493 max_d=3.493 avg_d=2.064 std_dev=1.355
O5' A 0, 0.211, 1.670, 3.129, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.670 std_dev=1.459
O3' A 0, 0.223, 1.704, 3.184, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.704 std_dev=1.480
C5 B 0, 0.655, 2.171, 3.688, 4.298 max_d=4.298 avg_d=2.171 std_dev=1.516
C4' B 0, 0.618, 2.163, 3.708, 3.987 max_d=3.987 avg_d=2.163 std_dev=1.545
C1' B 0, 0.747, 2.340, 3.934, 4.049 max_d=4.049 avg_d=2.340 std_dev=1.594
C2 B 0, 0.742, 2.600, 4.458, 4.607 max_d=4.607 avg_d=2.600 std_dev=1.858
C3' B 0, 0.578, 2.512, 4.445, 4.603 max_d=4.603 avg_d=2.512 std_dev=1.934
C4 B 0, 0.690, 2.740, 4.791, 5.415 max_d=5.415 avg_d=2.740 std_dev=2.050
N3 B 0, 0.717, 2.827, 4.937, 5.361 max_d=5.361 avg_d=2.827 std_dev=2.110
O2 B 0, 0.808, 3.083, 5.358, 5.420 max_d=5.420 avg_d=3.083 std_dev=2.275
C2' B 0, 0.690, 2.981, 5.272, 5.395 max_d=5.395 avg_d=2.981 std_dev=2.291
O3' B 0, 0.674, 3.130, 5.585, 5.771 max_d=5.771 avg_d=3.130 std_dev=2.455
P A 0, 0.113, 2.664, 5.215, 5.342 max_d=5.342 avg_d=2.664 std_dev=2.551
N4 B 0, 0.713, 3.407, 6.100, 6.877 max_d=6.877 avg_d=3.407 std_dev=2.694
O2' B 0, 0.848, 3.753, 6.658, 6.857 max_d=6.857 avg_d=3.753 std_dev=2.905
OP1 A 0, 0.289, 3.202, 6.116, 6.177 max_d=6.177 avg_d=3.202 std_dev=2.913
OP2 A 0, 0.147, 3.418, 6.689, 6.798 max_d=6.798 avg_d=3.418 std_dev=3.271

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.50 0.17 0.61 0.34
C2 0.02 0.00 0.22 0.11 0.01 0.09 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.69 0.24 0.03 1.01 0.80 1.79 1.18
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.03 0.05 0.15 0.10 0.09 0.17 0.23 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.51 0.26 0.60 0.43
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.14 0.00 0.29 0.01 0.24 0.46 0.12 0.12 0.32 0.45 0.23 0.02 0.01 0.03 0.11 0.14 0.17 0.10
C4 0.02 0.01 0.11 0.14 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.44 0.08 0.02 0.84 0.52 1.45 0.92
C4' 0.01 0.09 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.07 0.18 0.06 0.09 0.11 0.16 0.07 0.32 0.02 0.00 0.02 0.34 0.13 0.16
C5 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.18 0.03 0.83 0.61 1.64 1.02
C5' 0.06 0.25 0.15 0.01 0.13 0.01 0.12 0.00 0.15 0.19 0.21 0.23 0.17 0.18 0.06 0.17 0.20 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.50 0.16 0.03 0.93 0.79 1.90 1.20
C8 0.01 0.02 0.09 0.46 0.01 0.18 0.02 0.19 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.30 0.04 0.54 0.24 1.08 0.61
N1 0.02 0.00 0.17 0.12 0.01 0.06 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.63 0.13 0.03 1.02 0.88 1.96 1.26
N3 0.02 0.00 0.23 0.12 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.66 0.29 0.03 0.93 0.63 1.52 1.00
N6 0.03 0.01 0.07 0.32 0.01 0.11 0.02 0.17 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.46 0.26 0.05 0.90 0.85 2.01 1.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.45 0.00 0.16 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.20 0.34 0.03 0.66 0.44 1.43 0.84
N9 0.01 0.02 0.01 0.23 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.19 0.04 0.02 0.66 0.27 1.07 0.65
O2' 0.01 0.69 0.00 0.02 0.44 0.32 0.38 0.17 0.50 0.08 0.63 0.66 0.46 0.20 0.19 0.00 0.06 0.21 0.13 0.42 0.16 0.13
O3' 0.22 0.24 0.01 0.01 0.08 0.02 0.18 0.20 0.16 0.30 0.13 0.29 0.26 0.34 0.04 0.06 0.00 0.17 0.58 0.46 0.94 0.67
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.21 0.17 0.00 0.34 0.34 0.34 0.15
O5' 0.50 1.01 0.51 0.11 0.84 0.02 0.83 0.01 0.93 0.54 1.02 0.93 0.90 0.66 0.66 0.13 0.58 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.80 0.26 0.14 0.52 0.34 0.61 0.05 0.79 0.24 0.88 0.63 0.85 0.44 0.27 0.42 0.46 0.34 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.61 1.79 0.60 0.17 1.45 0.13 1.64 0.01 1.90 1.08 1.96 1.52 2.01 1.43 1.07 0.16 0.94 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.34 1.18 0.43 0.10 0.92 0.16 1.02 0.01 1.20 0.61 1.26 1.00 1.25 0.84 0.65 0.13 0.67 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.23 0.48 0.56 0.63 0.53 0.63 0.47 0.36 0.20 0.43 0.84 0.20 0.68 0.85 0.33 0.16 0.13 0.57 0.14
C2 0.81 0.41 1.24 1.27 0.33 1.07 0.40 0.80 0.12 0.41 0.16 0.60 0.71 1.58 1.77 0.69 0.31 0.11 0.65 0.20
C2' 0.13 0.38 0.24 0.30 0.74 0.21 0.75 0.13 0.53 0.33 0.57 0.92 0.25 0.40 0.58 0.14 0.24 0.26 0.64 0.34
C3' 0.77 0.97 0.63 0.60 1.19 0.63 1.18 0.68 1.04 0.93 1.10 1.29 0.89 0.54 0.47 0.77 0.83 0.73 0.90 0.77
C4 0.64 0.27 1.00 1.08 0.41 0.93 0.46 0.74 0.17 0.29 0.18 0.66 0.50 1.28 1.51 0.58 0.27 0.10 0.64 0.19
C4' 0.44 0.69 0.28 0.22 0.96 0.24 0.93 0.26 0.75 0.63 0.85 1.09 0.60 0.19 0.14 0.43 0.45 0.19 0.62 0.35
C5 0.81 0.42 1.23 1.30 0.31 1.11 0.37 0.86 0.14 0.42 0.20 0.55 0.69 1.53 1.78 0.70 0.35 0.13 0.65 0.23
C5' 0.73 0.97 0.55 0.47 1.19 0.55 1.16 0.60 1.01 0.91 1.10 1.29 0.89 0.44 0.24 0.75 0.77 0.38 0.82 0.62
C6 0.98 0.58 1.46 1.50 0.24 1.25 0.30 0.92 0.18 0.56 0.29 0.47 0.89 1.82 2.04 0.82 0.39 0.16 0.65 0.24
C8 0.51 0.20 0.82 0.93 0.44 0.82 0.48 0.71 0.20 0.22 0.23 0.65 0.36 1.02 1.29 0.49 0.26 0.11 0.63 0.19
N1 0.96 0.56 1.43 1.46 0.25 1.21 0.32 0.88 0.16 0.54 0.26 0.50 0.88 1.81 2.00 0.80 0.36 0.14 0.65 0.23
N3 0.65 0.27 1.02 1.08 0.43 0.92 0.47 0.72 0.17 0.29 0.18 0.68 0.52 1.32 1.52 0.58 0.25 0.09 0.64 0.19
N6 1.15 0.75 1.68 1.69 0.22 1.39 0.24 0.99 0.28 0.71 0.44 0.38 1.09 2.08 2.27 0.94 0.44 0.22 0.64 0.27
N7 0.75 0.38 1.14 1.25 0.32 1.08 0.38 0.88 0.16 0.39 0.20 0.54 0.61 1.39 1.69 0.67 0.36 0.14 0.64 0.23
N9 0.47 0.17 0.75 0.84 0.50 0.75 0.53 0.63 0.24 0.18 0.27 0.73 0.32 0.98 1.21 0.45 0.22 0.10 0.62 0.17
O2' 0.16 0.46 0.21 0.25 0.90 0.24 0.89 0.17 0.62 0.40 0.69 1.11 0.31 0.42 0.51 0.18 0.28 0.26 0.76 0.36
O3' 1.05 1.21 1.05 1.04 1.33 0.95 1.29 0.93 1.20 1.16 1.29 1.38 1.18 0.99 1.00 0.99 0.99 0.80 0.83 0.77
O4' 0.26 0.35 0.34 0.42 0.71 0.44 0.69 0.42 0.44 0.30 0.54 0.90 0.26 0.50 0.68 0.33 0.22 0.26 0.53 0.15
O5' 0.57 0.85 0.43 0.37 1.09 0.37 1.06 0.43 0.89 0.78 1.00 1.21 0.76 0.29 0.19 0.54 0.62 0.27 0.67 0.46
OP1 0.59 0.98 0.37 0.28 1.31 0.33 1.25 0.40 1.01 0.87 1.18 1.48 0.87 0.20 0.17 0.58 0.63 0.18 0.80 0.49
OP2 0.23 0.52 0.24 0.24 0.80 0.20 0.75 0.20 0.55 0.44 0.69 0.94 0.44 0.34 0.42 0.20 0.33 0.37 0.38 0.22
P 0.46 0.81 0.31 0.24 1.08 0.24 1.03 0.31 0.83 0.71 0.98 1.22 0.71 0.18 0.20 0.44 0.51 0.21 0.58 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.15 0.16
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.04 0.16 0.16 0.28 0.23
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.10 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.07 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.04 0.06 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.22 0.11 0.09
C4 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.25 0.31 0.42 0.35
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.04 0.05 0.10 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.06 0.26 0.31 0.40 0.35
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.19 0.00 0.22 0.00 0.18 0.09 0.14 0.22 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.06 0.20 0.20 0.27 0.26
N1 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.13 0.22 0.20
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.04 0.21 0.24 0.37 0.29
N4 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.10 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.06 0.29 0.38 0.50 0.41
O2 0.04 0.00 0.10 0.09 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.10 0.06 0.13 0.12 0.25 0.20
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.00 0.01 0.04 0.05 0.12 0.06 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.07 0.02 0.04 0.05 0.10 0.01 0.00 0.01 0.07 0.34 0.18 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.08 0.15 0.19 0.22
O5' 0.07 0.16 0.05 0.06 0.25 0.01 0.26 0.01 0.20 0.14 0.21 0.29 0.13 0.05 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.16 0.14 0.22 0.31 0.06 0.31 0.04 0.20 0.13 0.24 0.38 0.12 0.12 0.34 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.28 0.07 0.11 0.42 0.03 0.40 0.01 0.27 0.22 0.37 0.50 0.25 0.06 0.18 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.23 0.05 0.09 0.35 0.06 0.35 0.02 0.26 0.20 0.29 0.41 0.20 0.07 0.16 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00