ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48109

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.015, 0.052, 0.089, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.017, 0.061, 0.104, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.061 std_dev=0.043
O4' B 0, 0.004, 0.048, 0.093, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.048 std_dev=0.045
C3' A 0, 0.021, 0.072, 0.124, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.072 std_dev=0.051
C5' A 0, 0.022, 0.080, 0.138, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.080 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.028, 0.096, 0.164, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.096 std_dev=0.068
OP1 A 0, 0.029, 0.101, 0.173, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.101 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.029, 0.108, 0.187, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.108 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.050, 0.175, 0.299, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.175 std_dev=0.124
P A 0, 0.051, 0.182, 0.312, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.182 std_dev=0.130
C4' B 0, 0.077, 0.263, 0.449, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.263 std_dev=0.186
C1' B 0, 0.070, 0.260, 0.450, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.260 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.091, 0.313, 0.535, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.313 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.096, 0.333, 0.570, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.333 std_dev=0.237
P B 0, 0.110, 0.377, 0.645, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.377 std_dev=0.267
C2' B 0, 0.108, 0.381, 0.654, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.381 std_dev=0.273
C3' B 0, 0.119, 0.411, 0.703, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.411 std_dev=0.292
O2' B 0, 0.119, 0.423, 0.726, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.423 std_dev=0.303
C5' B 0, 0.137, 0.467, 0.797, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.467 std_dev=0.330
N1 B 0, 0.138, 0.478, 0.817, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.478 std_dev=0.340
OP1 B 0, 0.143, 0.490, 0.836, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.490 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.189, 0.645, 1.101, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.645 std_dev=0.456
O3' B 0, 0.190, 0.652, 1.114, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.652 std_dev=0.462
OP2 B 0, 0.213, 0.729, 1.245, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.729 std_dev=0.516
C2 B 0, 0.224, 0.770, 1.316, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.770 std_dev=0.546
O2 B 0, 0.255, 0.875, 1.495, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.875 std_dev=0.620
C5 B 0, 0.288, 0.982, 1.677, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.982 std_dev=0.695
N3 B 0, 0.309, 1.059, 1.809, 1.629 max_d=1.629 avg_d=1.059 std_dev=0.750
C4 B 0, 0.334, 1.143, 1.951, 1.743 max_d=1.743 avg_d=1.143 std_dev=0.808
N4 B 0, 0.436, 1.489, 2.543, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.489 std_dev=1.053

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
O5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.19 0.06 0.08 0.38 0.03 0.36 0.01 0.23 0.14 0.30 0.48 0.13 0.03 0.09 0.01 0.07 0.04 0.15 0.08
C2 0.02 0.16 0.06 0.11 0.37 0.06 0.37 0.09 0.25 0.14 0.27 0.47 0.08 0.02 0.16 0.01 0.09 0.07 0.08 0.09
C2' 0.02 0.18 0.06 0.08 0.36 0.01 0.35 0.01 0.23 0.14 0.28 0.45 0.11 0.04 0.08 0.02 0.07 0.02 0.19 0.10
C3' 0.03 0.17 0.06 0.07 0.34 0.01 0.33 0.05 0.22 0.14 0.27 0.43 0.11 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.22 0.09
C4 0.02 0.18 0.06 0.10 0.38 0.06 0.37 0.07 0.25 0.15 0.28 0.47 0.10 0.02 0.13 0.01 0.09 0.04 0.08 0.09
C4' 0.03 0.19 0.05 0.05 0.36 0.01 0.33 0.06 0.21 0.14 0.29 0.45 0.14 0.04 0.04 0.02 0.04 0.11 0.20 0.06
C5 0.03 0.17 0.05 0.10 0.37 0.07 0.37 0.10 0.25 0.15 0.28 0.46 0.10 0.01 0.14 0.01 0.08 0.05 0.03 0.07
C5' 0.03 0.19 0.05 0.04 0.34 0.03 0.31 0.09 0.19 0.14 0.28 0.42 0.14 0.04 0.02 0.02 0.02 0.15 0.21 0.04
C6 0.03 0.16 0.05 0.11 0.36 0.07 0.37 0.12 0.26 0.15 0.27 0.46 0.08 0.00 0.16 0.01 0.08 0.07 0.01 0.06
C8 0.03 0.19 0.05 0.09 0.38 0.05 0.37 0.06 0.24 0.15 0.29 0.47 0.12 0.01 0.10 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06
N1 0.03 0.16 0.05 0.11 0.37 0.07 0.37 0.11 0.26 0.14 0.27 0.46 0.08 0.01 0.16 0.01 0.09 0.08 0.04 0.08
N3 0.02 0.17 0.07 0.11 0.37 0.06 0.37 0.07 0.24 0.14 0.28 0.47 0.09 0.03 0.14 0.01 0.09 0.05 0.10 0.10
N6 0.04 0.16 0.04 0.10 0.36 0.08 0.37 0.13 0.26 0.15 0.26 0.44 0.08 0.02 0.16 0.01 0.07 0.08 0.03 0.04
N7 0.03 0.18 0.04 0.09 0.37 0.06 0.38 0.09 0.25 0.15 0.28 0.46 0.11 0.00 0.12 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05
N9 0.02 0.18 0.06 0.09 0.38 0.04 0.37 0.05 0.24 0.15 0.29 0.47 0.12 0.02 0.11 0.01 0.08 0.01 0.10 0.08
O2' 0.02 0.18 0.06 0.07 0.36 0.00 0.34 0.03 0.22 0.14 0.28 0.45 0.12 0.04 0.06 0.02 0.06 0.03 0.20 0.09
O3' 0.05 0.18 0.03 0.03 0.34 0.06 0.33 0.10 0.23 0.15 0.27 0.41 0.12 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.23 0.07
O4' 0.03 0.20 0.05 0.06 0.38 0.01 0.35 0.02 0.22 0.15 0.31 0.48 0.15 0.03 0.06 0.01 0.05 0.09 0.14 0.06
O5' 0.01 0.16 0.06 0.04 0.30 0.04 0.27 0.11 0.17 0.12 0.25 0.37 0.12 0.06 0.01 0.02 0.02 0.13 0.23 0.05
OP1 0.02 0.14 0.09 0.04 0.26 0.02 0.20 0.10 0.09 0.07 0.23 0.34 0.12 0.09 0.01 0.03 0.03 0.13 0.19 0.05
OP2 0.07 0.21 0.01 0.05 0.31 0.12 0.27 0.20 0.19 0.16 0.28 0.38 0.18 0.01 0.10 0.08 0.05 0.14 0.18 0.01
P 0.02 0.17 0.05 0.01 0.29 0.06 0.24 0.14 0.15 0.11 0.25 0.36 0.14 0.07 0.03 0.02 0.01 0.15 0.18 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.07 0.13 0.11
C2 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.22 0.21 0.35 0.27
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.06 0.06 0.09 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.34 0.40 0.54 0.43
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.09 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.35 0.42 0.54 0.45
C5' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.20 0.11 0.15 0.23 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.30 0.33 0.40 0.35
N1 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.21 0.20 0.29 0.25
N3 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.28 0.30 0.46 0.35
N4 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.03 0.37 0.46 0.62 0.48
O2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.16 0.13 0.28 0.20
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.09 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.09 0.10 0.08 0.00 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.05
O3' 0.03 0.03 0.02 0.00 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.10 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.07 0.06 0.09 0.09
O5' 0.09 0.22 0.02 0.02 0.34 0.01 0.35 0.00 0.30 0.21 0.28 0.37 0.16 0.05 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.21 0.01 0.05 0.40 0.01 0.42 0.01 0.33 0.20 0.30 0.46 0.13 0.01 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.35 0.01 0.06 0.54 0.00 0.54 0.01 0.40 0.29 0.46 0.62 0.28 0.02 0.10 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.27 0.02 0.03 0.43 0.02 0.45 0.01 0.35 0.25 0.35 0.48 0.20 0.05 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00