ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48110

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C3' B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.000, 0.084, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
P A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
OP1 A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.000, 0.151, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C4' B 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O3' B 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C2' B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP2 A 0, 0.000, 0.239, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
O2' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.000, 0.276, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C5' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.000, 0.327, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.327 std_dev=0.327
P B 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
N1 B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C2 B 0, 0.000, 0.436, 0.871, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.436 std_dev=0.436
C4 B 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
O2 B 0, 0.000, 0.489, 0.978, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.489 std_dev=0.489
N3 B 0, 0.000, 0.490, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.490 std_dev=0.490
OP1 B 0, 0.000, 0.494, 0.988, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.494 std_dev=0.494
N4 B 0, 0.000, 0.553, 1.105, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.553 std_dev=0.553
O5' B 0, 0.000, 0.655, 1.310, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.655 std_dev=0.655

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.14 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.16 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.09 0.14 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.09 0.13 0.06
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.04 0.01 0.05 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.09 0.12 0.05
C8 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.08 0.10 0.13 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.09 0.13 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.15 0.05
N6 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.02 0.00 0.06 0.08 0.10 0.04
N7 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.11 0.13 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.13 0.05
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.22 0.10
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.05
O5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.04 0.01 0.06 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.03 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.07 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.14 0.16 0.13 0.14 0.14 0.13 0.04 0.12 0.13 0.13 0.15 0.10 0.13 0.13 0.22 0.15 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.10 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.07 0.03 0.09 0.07 0.12 0.15 0.09 0.04 0.05 0.12 0.01 0.08 0.08 0.09 0.21 0.09 0.08 0.00
C2 0.05 0.07 0.05 0.04 0.13 0.05 0.15 0.11 0.11 0.07 0.09 0.18 0.04 0.06 0.10 0.10 0.14 0.06 0.14 0.01
C2' 0.04 0.03 0.05 0.02 0.10 0.09 0.13 0.19 0.11 0.06 0.05 0.12 0.00 0.07 0.07 0.11 0.13 0.15 0.09 0.05
C3' 0.05 0.05 0.04 0.01 0.11 0.12 0.15 0.22 0.13 0.07 0.06 0.13 0.01 0.06 0.08 0.13 0.08 0.25 0.11 0.10
C4 0.04 0.06 0.05 0.05 0.13 0.05 0.14 0.11 0.11 0.07 0.09 0.17 0.03 0.06 0.10 0.10 0.17 0.03 0.12 0.00
C4' 0.05 0.04 0.04 0.01 0.10 0.12 0.14 0.23 0.12 0.07 0.06 0.12 0.00 0.06 0.05 0.13 0.15 0.27 0.10 0.08
C5 0.06 0.10 0.03 0.04 0.17 0.04 0.17 0.08 0.13 0.09 0.13 0.21 0.07 0.04 0.10 0.10 0.14 0.09 0.14 0.00
C5' 0.05 0.05 0.05 0.01 0.12 0.13 0.16 0.25 0.14 0.08 0.07 0.14 0.00 0.08 0.09 0.14 0.12 0.37 0.11 0.12
C6 0.07 0.11 0.03 0.04 0.18 0.04 0.18 0.07 0.14 0.10 0.14 0.23 0.08 0.04 0.11 0.11 0.11 0.12 0.16 0.01
C8 0.06 0.09 0.03 0.04 0.15 0.04 0.16 0.09 0.12 0.09 0.11 0.19 0.06 0.04 0.10 0.10 0.18 0.02 0.10 0.02
N1 0.06 0.10 0.04 0.04 0.16 0.05 0.17 0.09 0.13 0.09 0.12 0.21 0.07 0.05 0.10 0.11 0.12 0.10 0.16 0.01
N3 0.03 0.05 0.06 0.04 0.11 0.06 0.13 0.12 0.10 0.06 0.07 0.15 0.01 0.07 0.10 0.10 0.17 0.02 0.12 0.00
N6 0.08 0.13 0.03 0.05 0.20 0.02 0.19 0.04 0.14 0.11 0.16 0.26 0.11 0.03 0.12 0.10 0.09 0.16 0.17 0.00
N7 0.08 0.12 0.02 0.03 0.19 0.04 0.19 0.07 0.15 0.11 0.15 0.23 0.10 0.02 0.09 0.11 0.13 0.09 0.14 0.01
N9 0.03 0.05 0.06 0.05 0.11 0.05 0.13 0.11 0.10 0.06 0.07 0.15 0.02 0.07 0.10 0.09 0.19 0.01 0.10 0.01
O2' 0.06 0.04 0.03 0.02 0.10 0.13 0.13 0.22 0.12 0.07 0.06 0.12 0.00 0.05 0.02 0.13 0.13 0.17 0.10 0.06
O3' 0.08 0.06 0.01 0.03 0.12 0.16 0.16 0.27 0.15 0.09 0.07 0.13 0.02 0.03 0.04 0.17 0.01 0.29 0.12 0.14
O4' 0.01 0.02 0.07 0.03 0.08 0.06 0.11 0.15 0.09 0.04 0.04 0.11 0.01 0.09 0.08 0.08 0.25 0.15 0.06 0.00
O5' 0.10 0.06 0.00 0.08 0.12 0.23 0.17 0.36 0.17 0.11 0.07 0.12 0.01 0.04 0.00 0.20 0.00 0.44 0.15 0.19
OP1 0.09 0.10 0.15 0.02 0.02 0.04 0.03 0.14 0.01 0.06 0.07 0.00 0.14 0.19 0.01 0.01 0.26 0.32 0.02 0.02
OP2 0.14 0.15 0.19 0.04 0.05 0.02 0.01 0.15 0.01 0.10 0.12 0.03 0.22 0.28 0.00 0.04 0.16 0.36 0.04 0.05
P 0.05 0.05 0.11 0.00 0.02 0.08 0.06 0.17 0.04 0.02 0.03 0.03 0.10 0.16 0.00 0.03 0.17 0.35 0.02 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.03 0.08
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.25 0.03 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.26 0.09 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.25 0.14 0.04
C4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.19 0.08 0.06
C4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.14 0.20 0.06 0.05
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.28 0.19 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.25 0.01 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.27 0.00 0.07
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.21 0.05 0.06
N4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.16 0.12 0.06
O2 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.07
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.28 0.07 0.04
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.23 0.16 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.14 0.32 0.06 0.11
O5' 0.01 0.07 0.11 0.19 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.10 0.13 0.04 0.01 0.21 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.29 0.25 0.26 0.25 0.19 0.29 0.20 0.28 0.25 0.27 0.21 0.16 0.26 0.28 0.23 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.03 0.09 0.14 0.08 0.14 0.06 0.19 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.07 0.16 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.07 0.00 0.04 0.06 0.03 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.04 0.07 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00