ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48114

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C4' A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N6 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O5' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
P A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.000, 0.085, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.085 std_dev=0.085
OP1 A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
OP2 A 0, 0.000, 0.093, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O3' B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C3' B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
OP2 B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C4' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O5' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C5' B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
P B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C2' B 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.000, 0.196, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.000, 0.200, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C1' B 0, 0.000, 0.205, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.000, 0.209, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O4' B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N4 B 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.000, 0.217, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C2 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C4 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C8 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
N3 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03
N6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
N7 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
N9 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.03 0.06 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.09 0.05 0.05 0.02 0.11 0.07 0.06
C2 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.01 0.08 0.06 0.04
C2' 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.09 0.08 0.06
C3' 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.11 0.09 0.07
C4 0.08 0.06 0.08 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.10 0.06 0.08 0.01 0.08 0.04 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.12 0.10 0.09
C5 0.09 0.07 0.09 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07 0.03 0.06 0.11 0.06 0.09 0.02 0.08 0.04 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.11 0.08 0.07
C6 0.08 0.06 0.08 0.07 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.02 0.05 0.10 0.06 0.08 0.01 0.07 0.03 0.02
C8 0.08 0.06 0.08 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.10 0.05 0.09 0.00 0.12 0.06 0.05
N1 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.08 0.04 0.06 0.00 0.08 0.05 0.03
N3 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.05 0.00 0.07 0.05 0.03
N6 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.08 0.12 0.08 0.11 0.04 0.05 0.00 0.00
N7 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.07 0.03 0.06 0.10 0.05 0.09 0.01 0.10 0.05 0.04
N9 0.08 0.06 0.08 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.01 0.05 0.10 0.06 0.08 0.01 0.10 0.05 0.04
O2' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.08 0.10 0.07
O3' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.09 0.09 0.07
O4' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.04 0.04 0.12 0.08 0.08
O5' 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.14 0.09 0.10
OP1 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.12 0.07 0.08
OP2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.09 0.15 0.11 0.11
P 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.14 0.09 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C5' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
N4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
O2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O5' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00