ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48115

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N4 B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C4 B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
OP2 A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O5' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O4' A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C2' A 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
P A 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
O4' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O2 B 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
OP2 B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
P B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O5' B 0, 0.000, 0.258, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.258 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.000, 0.271, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C5' B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
OP1 A 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
OP1 B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
O3' A 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
O2' A 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
O2' B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.18 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.15 0.12
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
C5' 0.02 0.05 0.11 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03
C8 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02
N3 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.18 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
N6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.03 0.11 0.07 0.10 0.01 0.07 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.18 0.10
O3' 0.10 0.18 0.02 0.01 0.13 0.01 0.10 0.05 0.12 0.03 0.16 0.18 0.10 0.04 0.09 0.08 0.00 0.07 0.02 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05
O5' 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.18 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.12 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.10 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.05 0.05 0.11 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.19 0.04 0.06 0.13 0.13 0.11 0.13
C2 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.09 0.06 0.03 0.02 0.02 0.06 0.12 0.03 0.08 0.09 0.08 0.03 0.07
C2' 0.15 0.15 0.18 0.16 0.07 0.10 0.03 0.04 0.05 0.11 0.12 0.05 0.19 0.29 0.18 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03
C3' 0.05 0.09 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.14 0.04 0.03 0.08 0.01 0.16 0.20 0.07 0.04 0.17 0.22 0.25 0.22
C4 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.21 0.05 0.06 0.09 0.08 0.04 0.08
C4' 0.05 0.11 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.14 0.02 0.04 0.10 0.04 0.17 0.17 0.06 0.03 0.16 0.21 0.22 0.20
C5 0.04 0.07 0.08 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.11 0.25 0.08 0.04 0.06 0.05 0.00 0.04
C5' 0.11 0.14 0.09 0.06 0.10 0.02 0.05 0.06 0.05 0.10 0.14 0.10 0.19 0.15 0.08 0.05 0.06 0.12 0.12 0.10
C6 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.10 0.22 0.08 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03
C8 0.07 0.09 0.14 0.07 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.13 0.28 0.10 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06
N1 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.16 0.06 0.06 0.07 0.05 0.01 0.04
N3 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.10 0.06 0.02 0.03 0.02 0.07 0.14 0.03 0.08 0.11 0.09 0.05 0.09
N6 0.04 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.10 0.22 0.09 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00
N7 0.08 0.10 0.14 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.13 0.29 0.11 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
N9 0.03 0.06 0.07 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.24 0.06 0.05 0.10 0.09 0.06 0.10
O2' 0.18 0.15 0.20 0.19 0.10 0.18 0.09 0.16 0.11 0.14 0.13 0.08 0.17 0.27 0.18 0.15 0.15 0.20 0.20 0.17
O3' 0.07 0.15 0.09 0.02 0.08 0.05 0.01 0.15 0.00 0.07 0.15 0.09 0.22 0.23 0.05 0.02 0.15 0.23 0.24 0.21
O4' 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.13 0.06 0.21 0.07 0.00 0.08 0.02 0.15 0.19 0.00 0.10 0.23 0.25 0.24 0.24
O5' 0.05 0.09 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.11 0.00 0.04 0.08 0.05 0.13 0.03 0.02 0.01 0.11 0.15 0.15 0.14
OP1 0.08 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.08 0.09 0.12 0.11 0.13 0.06 0.01 0.09 0.04 0.09 0.09 0.07
OP2 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.06 0.13 0.09 0.09
P 0.06 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.07 0.02 0.05 0.08 0.06 0.11 0.01 0.00 0.04 0.06 0.11 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.07 0.12 0.10
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02
C5' 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03
N4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00
O2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.08 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.17 0.15
O3' 0.06 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.08 0.07 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03
O5' 0.03 0.02 0.09 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.09 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.06 0.12 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.10 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.15 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00