ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48117

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C8 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O5' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
P A 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
OP1 B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
P B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
OP2 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
OP1 A 0, 0.000, 0.324, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.324 std_dev=0.324
O5' B 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C5' B 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
OP2 A 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C4' B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.000, 0.422, 0.843, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.422 std_dev=0.422
C3' B 0, 0.000, 0.437, 0.875, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.437 std_dev=0.437
O3' B 0, 0.000, 0.438, 0.876, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C1' B 0, 0.000, 0.487, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.000, 0.495, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.495 std_dev=0.495
C6 B 0, 0.000, 0.495, 0.990, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.495 std_dev=0.495
O2' B 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
N1 B 0, 0.000, 0.518, 1.035, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.518 std_dev=0.518
C5 B 0, 0.000, 0.530, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C2 B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
C4 B 0, 0.000, 0.591, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.591 std_dev=0.591
O2 B 0, 0.000, 0.602, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.602 std_dev=0.602
N3 B 0, 0.000, 0.614, 1.228, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.614 std_dev=0.614
N4 B 0, 0.000, 0.631, 1.262, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.631 std_dev=0.631

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.05 0.00 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.00 0.03 0.07 0.04
C2 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01
C2' 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03
C3' 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.05
C4 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.11 0.07
C5 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.07 0.09 0.03 0.02 0.03 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.11 0.08
C6 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.06 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00
C8 0.09 0.07 0.09 0.09 0.05 0.10 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.11 0.09 0.09 0.03 0.01 0.05 0.02
N1 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.04 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00
N3 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01
N6 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.06 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.07 0.11 0.03 0.02 0.01 0.00
N7 0.10 0.09 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.13 0.10 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01
N9 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.09 0.06 0.07 0.02 0.02 0.05 0.02
O2' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.11 0.06
O4' 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.06 0.09 0.06
O5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.11 0.09
OP1 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.08 0.04 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04
OP2 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.10 0.12 0.08
P 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.08 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
N4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00