ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48123

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 19, 15, 10, 5, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.030, 0.081, 0.132, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.081 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.052, 0.116, 0.181, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.116 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.047, 0.115, 0.184, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.115 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.033, 0.118, 0.203, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.118 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.060, 0.153, 0.246, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.153 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.069, 0.178, 0.286, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.178 std_dev=0.108
P B 0, 0.291, 0.425, 0.559, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.425 std_dev=0.134
OP2 B 0, 0.317, 0.464, 0.611, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.464 std_dev=0.147
C5' B 0, 0.296, 0.451, 0.606, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.451 std_dev=0.155
O5' B 0, 0.286, 0.443, 0.601, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.443 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.069, 0.237, 0.405, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.237 std_dev=0.168
P A 0, 0.074, 0.244, 0.415, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.244 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.261, 0.437, 0.614, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.437 std_dev=0.177
OP2 A 0, 0.097, 0.274, 0.451, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.274 std_dev=0.177
O4' B 0, 0.333, 0.517, 0.700, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.517 std_dev=0.183
C8 B 0, 0.407, 0.591, 0.775, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.591 std_dev=0.184
N9 B 0, 0.400, 0.588, 0.776, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.588 std_dev=0.188
O5' A 0, 0.027, 0.217, 0.407, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.217 std_dev=0.190
C4' B 0, 0.265, 0.456, 0.647, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.456 std_dev=0.191
C1' B 0, 0.349, 0.541, 0.733, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.541 std_dev=0.192
N7 B 0, 0.464, 0.662, 0.860, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.662 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.456, 0.658, 0.860, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.658 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.306, 0.515, 0.723, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.515 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.491, 0.702, 0.912, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.702 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.473, 0.689, 0.904, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.689 std_dev=0.216
O2' B 0, 0.383, 0.599, 0.815, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.599 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.548, 0.786, 1.024, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.786 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.524, 0.762, 1.001, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.762 std_dev=0.238
OP1 A 0, 0.055, 0.294, 0.533, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.294 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.195, 0.437, 0.680, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.437 std_dev=0.243
N1 B 0, 0.554, 0.804, 1.053, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.804 std_dev=0.249
O6 B 0, 0.594, 0.852, 1.111, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.852 std_dev=0.258
N2 B 0, 0.547, 0.810, 1.073, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.810 std_dev=0.263
O3' B 0, 0.156, 0.468, 0.781, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.468 std_dev=0.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.17 0.07 0.07
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.11 0.11 0.14 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.21 0.09 0.12
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.13 0.12 0.12 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.14 0.11 0.13 0.07
C5' 0.04 0.10 0.05 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.14 0.14 0.12 0.09 0.16 0.15 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.19 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.14 0.10 0.15 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.16 0.14 0.11 0.09
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.12 0.10 0.15 0.08
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.11 0.12 0.13 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.15 0.10 0.16 0.09
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.16 0.12 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.14 0.14 0.10 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.14 0.22 0.12 0.14
O3' 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.00 0.03 0.08 0.10 0.13 0.05
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.16 0.09 0.07
O5' 0.12 0.11 0.16 0.05 0.13 0.01 0.14 0.01 0.14 0.16 0.12 0.11 0.15 0.16 0.14 0.14 0.08 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.11 0.21 0.17 0.12 0.13 0.11 0.15 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.12 0.14 0.22 0.10 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.14 0.09 0.10 0.12 0.13 0.13 0.19 0.15 0.11 0.15 0.13 0.16 0.13 0.10 0.12 0.13 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.12 0.05 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.14 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.13 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.08 0.10 0.08 0.12 0.11 0.12 0.09
C2 0.13 0.10 0.15 0.15 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.17 0.13 0.09 0.11 0.13 0.09 0.09
C2' 0.10 0.10 0.11 0.07 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.13 0.09 0.12 0.08
C3' 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09
C4 0.12 0.10 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.08 0.11 0.13 0.10 0.09
C4' 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.15 0.10
C5 0.12 0.10 0.14 0.13 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12 0.09 0.11 0.13 0.09 0.09
C5' 0.13 0.18 0.10 0.13 0.16 0.12 0.17 0.13 0.19 0.15 0.19 0.18 0.16 0.17 0.14 0.10 0.14 0.14 0.15 0.21 0.16 0.23 0.18
C6 0.13 0.10 0.15 0.16 0.11 0.15 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.19 0.13 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09
C8 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.09 0.10 0.08 0.12 0.12 0.10 0.09
N1 0.13 0.11 0.16 0.16 0.11 0.15 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.19 0.13 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09
N3 0.12 0.10 0.14 0.13 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.09 0.11 0.13 0.10 0.09
N6 0.14 0.11 0.16 0.17 0.12 0.16 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.14 0.22 0.14 0.11 0.13 0.13 0.09 0.10
N7 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09 0.09
N9 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.09 0.11 0.08 0.12 0.12 0.11 0.09
O2' 0.15 0.15 0.17 0.11 0.17 0.12 0.18 0.13 0.18 0.19 0.17 0.14 0.15 0.20 0.17 0.17 0.09 0.14 0.15 0.19 0.15 0.16 0.14
O3' 0.14 0.12 0.17 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.18 0.11 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.09
O4' 0.10 0.09 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.07 0.09 0.07 0.12 0.10 0.12 0.09
O5' 0.24 0.22 0.25 0.19 0.23 0.22 0.23 0.21 0.22 0.25 0.22 0.22 0.23 0.24 0.24 0.26 0.18 0.23 0.18 0.21 0.16 0.14 0.16
OP1 0.16 0.12 0.19 0.15 0.13 0.17 0.13 0.16 0.12 0.15 0.11 0.12 0.13 0.14 0.15 0.21 0.15 0.16 0.13 0.12 0.15 0.09 0.11
OP2 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10
P 0.14 0.12 0.16 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.15 0.12 0.12 0.12 0.14 0.14 0.18 0.11 0.14 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.10 0.01 0.08 0.12 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.03 0.10 0.13 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.08 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.11 0.01 0.09 0.13 0.09
C5' 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.11 0.01 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.11 0.01 0.09 0.13 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.11 0.01 0.08 0.12 0.08
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.10 0.01 0.08 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.09 0.01 0.08 0.11 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.11 0.01 0.09 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.08 0.12 0.08
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.06 0.12 0.17 0.12
O3' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.09 0.12 0.10 0.03 0.05 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.09 0.06 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06
O5' 0.07 0.10 0.08 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.04 0.06 0.00 0.12 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.12 0.00 0.09 0.12 0.09
OP1 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.12 0.13 0.06 0.12 0.05 0.13 0.02 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.12 0.17 0.06 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.10 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.12 0.03 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00