ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48124

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 10, 14, 14, 4, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.013, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.012, 0.018, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.014, 0.020, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.013, 0.019, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.019, 0.039, 0.060, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.039 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.022, 0.045, 0.068, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.026, 0.072, 0.118, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.072 std_dev=0.046
C3' A 0, 0.035, 0.081, 0.127, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.081 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.048, 0.101, 0.154, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.101 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.020, 0.075, 0.129, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.075 std_dev=0.054
O3' A 0, 0.069, 0.134, 0.199, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.134 std_dev=0.065
C5' A 0, 0.063, 0.155, 0.248, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.155 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.063, 0.176, 0.289, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.176 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.057, 0.173, 0.289, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.173 std_dev=0.116
OP1 B 0, 0.171, 0.305, 0.440, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.305 std_dev=0.135
P B 0, 0.213, 0.375, 0.536, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.375 std_dev=0.161
P A 0, 0.186, 0.360, 0.534, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.360 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.290, 0.475, 0.659, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.495, 0.692, 0.889, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.692 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.236, 0.447, 0.657, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.447 std_dev=0.210
C4' B 0, 0.224, 0.444, 0.664, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.444 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.512, 0.744, 0.975, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.744 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.255, 0.490, 0.725, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.490 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.180, 0.422, 0.664, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.422 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.225, 0.469, 0.713, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.469 std_dev=0.244
C1' B 0, 0.233, 0.483, 0.734, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.483 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.245, 0.497, 0.750, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.497 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.252, 0.535, 0.818, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.535 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.277, 0.570, 0.862, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.570 std_dev=0.292
N2 B 0, 0.425, 0.718, 1.011, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.718 std_dev=0.293
C8 B 0, 0.317, 0.615, 0.914, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.615 std_dev=0.298
C4 B 0, 0.277, 0.579, 0.881, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.579 std_dev=0.302
C2 B 0, 0.368, 0.671, 0.975, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.671 std_dev=0.303
O3' B 0, 1.195, 1.501, 1.807, 1.886 max_d=1.886 avg_d=1.501 std_dev=0.306
C5 B 0, 0.362, 0.689, 1.016, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.689 std_dev=0.327
N7 B 0, 0.379, 0.707, 1.036, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.707 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.435, 0.767, 1.098, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.767 std_dev=0.332
OP2 A 0, 1.109, 1.454, 1.799, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.454 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.438, 0.786, 1.134, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.786 std_dev=0.348
O6 B 0, 0.518, 0.898, 1.278, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.898 std_dev=0.380

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.05 0.10 0.14 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.09 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.09 0.11 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.06 0.11 0.10 0.07
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.06 0.12 0.11 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.12 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.11 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.05 0.09 0.13 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.14 0.11 0.09
N7 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.08 0.13 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.10 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.10 0.04
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.09 0.13 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.11 0.06
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.10 0.05 0.06 0.09 0.06 0.11 0.02 0.12 0.12 0.11 0.09 0.14 0.13 0.09 0.05 0.09 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.05 0.11 0.09 0.13 0.13 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.04 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.09 0.04 0.03 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.12 0.08 0.07 0.05 0.09 0.04 0.08 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08
C2 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.12 0.08 0.08 0.06 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07
C2' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09 0.08 0.07 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.13 0.11 0.11
C3' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09 0.08 0.07 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10
C4 0.06 0.10 0.05 0.04 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.07
C4' 0.05 0.10 0.05 0.04 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.08
C5 0.07 0.11 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07
C5' 0.05 0.11 0.04 0.04 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.10 0.13 0.09 0.07 0.06 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.13 0.10 0.10
C6 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.10 0.07
C8 0.07 0.11 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07 0.07
N1 0.06 0.10 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.07
N3 0.06 0.09 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.12 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07
N6 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09
N7 0.08 0.12 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.14 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.08 0.07
N9 0.06 0.10 0.05 0.04 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09 0.08 0.06 0.09 0.05 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.07
O2' 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.12
O3' 0.07 0.11 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.10 0.13 0.09 0.07 0.07 0.13 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09
O4' 0.06 0.10 0.04 0.04 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.09 0.07 0.06 0.09 0.03 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.08
O5' 0.07 0.11 0.04 0.04 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.10 0.12 0.10 0.07 0.07 0.08 0.01 0.10 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09
OP1 0.08 0.09 0.10 0.13 0.08 0.13 0.08 0.17 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.03 0.10 0.20 0.09 0.20 0.21 0.19
OP2 0.21 0.21 0.21 0.12 0.21 0.14 0.21 0.12 0.21 0.22 0.21 0.21 0.21 0.22 0.22 0.27 0.02 0.19 0.10 0.21 0.12 0.08 0.07
P 0.04 0.09 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.12 0.08 0.05 0.04 0.11 0.00 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.21 0.04 0.04 0.01 0.07 0.09 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.15 0.02 0.04 0.01 0.06 0.09 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.06 0.01 0.07 0.10 0.06
C5' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.03 0.05 0.00 0.06 0.11 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.11 0.07
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.19 0.04 0.04 0.01 0.06 0.10 0.05
N2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.24 0.05 0.05 0.01 0.09 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.20 0.04 0.04 0.01 0.07 0.09 0.05
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.12 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.09 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05
O3' 0.11 0.21 0.04 0.00 0.15 0.03 0.12 0.05 0.15 0.05 0.19 0.24 0.20 0.07 0.10 0.05 0.00 0.09 0.11 0.13 0.17 0.11 0.12
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.05 0.09 0.04
O5' 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.06 0.00 0.07 0.12 0.07
OP1 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.07 0.02 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.17 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.07 0.04 0.09 0.05 0.10 0.06 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.07 0.11 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.05 0.12 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00