ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48128

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.016, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.015, 0.023, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.023, 0.035, 0.047, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.035 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.021, 0.035, 0.050, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.024, 0.044, 0.064, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.035, 0.056, 0.077, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.056 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.049, 0.083, 0.116, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.083 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.040, 0.079, 0.118, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.079 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.041, 0.086, 0.131, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.086 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.048, 0.097, 0.147, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.097 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.066, 0.118, 0.170, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.118 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.050, 0.127, 0.205, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.127 std_dev=0.077
O5' A 0, 0.056, 0.150, 0.244, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.150 std_dev=0.094
P B 0, 0.055, 0.172, 0.289, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.172 std_dev=0.117
OP1 B 0, 0.108, 0.233, 0.359, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.233 std_dev=0.125
O5' B 0, 0.081, 0.213, 0.345, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.213 std_dev=0.132
C5' B 0, 0.068, 0.203, 0.338, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.203 std_dev=0.135
OP2 B 0, 0.060, 0.197, 0.334, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.197 std_dev=0.137
C4' B 0, 0.078, 0.216, 0.355, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.216 std_dev=0.139
P A 0, 0.081, 0.233, 0.386, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.233 std_dev=0.152
O4' B 0, 0.093, 0.246, 0.399, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.246 std_dev=0.153
O3' B 0, 0.126, 0.279, 0.433, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.279 std_dev=0.154
C3' B 0, 0.113, 0.267, 0.421, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.267 std_dev=0.154
OP2 A 0, 0.118, 0.275, 0.431, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.275 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.144, 0.309, 0.474, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.309 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.107, 0.273, 0.440, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.273 std_dev=0.167
C2' B 0, 0.127, 0.298, 0.469, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.298 std_dev=0.171
N7 B 0, 0.142, 0.315, 0.488, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.315 std_dev=0.173
N9 B 0, 0.106, 0.280, 0.453, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.280 std_dev=0.173
O2' B 0, 0.134, 0.324, 0.513, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.324 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.098, 0.289, 0.480, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.289 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.074, 0.267, 0.459, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.267 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.052, 0.258, 0.464, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.258 std_dev=0.206
C2 B 0, 0.060, 0.271, 0.483, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.271 std_dev=0.212
C6 B 0, 0.089, 0.301, 0.513, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.301 std_dev=0.212
N2 B 0, 0.073, 0.290, 0.507, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.290 std_dev=0.217
N1 B 0, 0.072, 0.290, 0.508, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.290 std_dev=0.218
OP1 A 0, 0.085, 0.303, 0.521, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.303 std_dev=0.218
O6 B 0, 0.108, 0.337, 0.567, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.337 std_dev=0.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.09 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.11 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01
O5' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.09 0.05 0.04 0.08 0.09 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.05 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.10 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.02
C2 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.08 0.11 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03
C2' 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.11 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03
C3' 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.10 0.04 0.04 0.05 0.09 0.05 0.06
C4 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.10 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03
C4' 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.08 0.10 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03
C5 0.06 0.05 0.07 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03
C5' 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.09 0.10 0.05 0.08 0.04 0.05 0.03 0.03
C6 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.10 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05 0.04
C8 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.10 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.03
N1 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.10 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03
N3 0.05 0.04 0.07 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.08 0.11 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03
N6 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04
N7 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.04
N9 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.10 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02
O2' 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.10 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05
O3' 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.08 0.10 0.07 0.07
O4' 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.08 0.10 0.05 0.08 0.03 0.04 0.03 0.02
O5' 0.07 0.06 0.09 0.10 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.10 0.11 0.06 0.08 0.04 0.05 0.05 0.04
OP1 0.08 0.07 0.11 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
OP2 0.07 0.06 0.10 0.10 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.11 0.11 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.03
P 0.07 0.06 0.10 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.11 0.10 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.09 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.08 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.08 0.04
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.07 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.08 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.04
N2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.07 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.09 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.02
O5' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.07 0.05
OP1 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00