ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48131

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.020
OP1 B 0, 0.071, 0.298, 0.526, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.298 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.170, 0.457, 0.744, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.457 std_dev=0.287
OP2 B 0, 0.147, 0.448, 0.748, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.448 std_dev=0.300
P B 0, 0.334, 0.909, 1.485, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.909 std_dev=0.575
O4' A 0, 0.489, 1.328, 2.166, 1.925 max_d=1.925 avg_d=1.328 std_dev=0.839
C5' A 0, 0.560, 1.537, 2.514, 2.306 max_d=2.306 avg_d=1.537 std_dev=0.977
C3' A 0, 0.628, 1.706, 2.784, 2.480 max_d=2.480 avg_d=1.706 std_dev=1.078
C2' A 0, 0.678, 1.842, 3.006, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.842 std_dev=1.164
O5' A 0, 0.736, 2.002, 3.268, 3.061 max_d=3.061 avg_d=2.002 std_dev=1.266
O5' B 0, 1.100, 2.974, 4.847, 4.253 max_d=4.253 avg_d=2.974 std_dev=1.874
O3' A 0, 1.156, 3.133, 5.109, 4.471 max_d=4.471 avg_d=3.133 std_dev=1.976
O2' A 0, 1.176, 3.173, 5.170, 4.505 max_d=4.505 avg_d=3.173 std_dev=1.997
P A 0, 1.356, 3.679, 6.002, 5.340 max_d=5.340 avg_d=3.679 std_dev=2.323
OP1 A 0, 1.402, 3.829, 6.256, 5.691 max_d=5.691 avg_d=3.829 std_dev=2.427
C5' B 0, 1.537, 4.151, 6.765, 5.944 max_d=5.944 avg_d=4.151 std_dev=2.614
OP2 A 0, 1.858, 5.019, 8.180, 7.361 max_d=7.361 avg_d=5.019 std_dev=3.161
O4' B 0, 2.141, 5.798, 9.455, 8.259 max_d=8.259 avg_d=5.798 std_dev=3.657
C8 B 0, 2.206, 5.981, 9.757, 8.489 max_d=8.489 avg_d=5.981 std_dev=3.775
C4' B 0, 2.229, 6.037, 9.845, 8.581 max_d=8.581 avg_d=6.037 std_dev=3.808
N7 B 0, 2.443, 6.628, 10.814, 9.375 max_d=9.375 avg_d=6.628 std_dev=4.185
N9 B 0, 2.550, 6.913, 11.277, 9.795 max_d=9.795 avg_d=6.913 std_dev=4.363
C1' B 0, 2.667, 7.224, 11.782, 10.215 max_d=10.215 avg_d=7.224 std_dev=4.558
C3' B 0, 2.727, 7.386, 12.046, 10.514 max_d=10.514 avg_d=7.386 std_dev=4.659
C5 B 0, 2.820, 7.646, 12.471, 10.809 max_d=10.809 avg_d=7.646 std_dev=4.826
C4 B 0, 2.930, 7.944, 12.957, 11.246 max_d=11.246 avg_d=7.944 std_dev=5.014
C2' B 0, 2.968, 8.041, 13.114, 11.390 max_d=11.390 avg_d=8.041 std_dev=5.073
C6 B 0, 3.196, 8.656, 14.116, 12.201 max_d=12.201 avg_d=8.656 std_dev=5.460
O3' B 0, 3.285, 8.904, 14.523, 12.645 max_d=12.645 avg_d=8.904 std_dev=5.619
O6 B 0, 3.323, 8.986, 14.649, 12.635 max_d=12.635 avg_d=8.986 std_dev=5.663
N3 B 0, 3.425, 9.281, 15.136, 13.117 max_d=13.117 avg_d=9.281 std_dev=5.855
O2' B 0, 3.505, 9.507, 15.510, 13.442 max_d=13.442 avg_d=9.507 std_dev=6.002
N1 B 0, 3.564, 9.649, 15.734, 13.596 max_d=13.596 avg_d=9.649 std_dev=6.085
C2 B 0, 3.692, 9.997, 16.303, 14.103 max_d=14.103 avg_d=9.997 std_dev=6.306
N2 B 0, 4.200, 11.373, 18.546, 16.032 max_d=16.032 avg_d=11.373 std_dev=7.173

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.28 0.40 0.22 0.18
C2 0.03 0.00 0.25 0.12 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.11 0.18 0.32 0.68 0.41 0.29
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.16 0.01 0.11 0.07 0.15 0.07 0.22 0.25 0.13 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.52 0.76 0.22 0.43
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.03 0.09 0.31 0.05 0.13 0.14 0.27 0.13 0.01 0.01 0.01 0.34 0.46 0.11 0.30
C4 0.02 0.01 0.16 0.04 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.33 0.09 0.48 0.85 0.66 0.52
C4' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.13 0.00 0.09 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.61 0.04 0.65 1.18 1.07 0.84
C5' 0.06 0.09 0.07 0.03 0.20 0.01 0.34 0.00 0.30 0.48 0.19 0.08 0.38 0.48 0.26 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02
C6 0.02 0.00 0.15 0.09 0.00 0.09 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.54 0.08 0.60 1.18 1.05 0.80
C8 0.01 0.01 0.07 0.31 0.00 0.08 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.40 0.91 0.13 0.80 1.21 1.24 1.01
N1 0.03 0.00 0.22 0.05 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.30 0.14 0.45 0.94 0.73 0.54
N3 0.03 0.00 0.25 0.13 0.00 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.09 0.18 0.28 0.58 0.30 0.22
N6 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.10 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.69 0.06 0.69 1.38 1.30 0.99
N7 0.01 0.01 0.04 0.27 0.00 0.09 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.91 0.07 0.81 1.40 1.42 1.13
N9 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.06 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.46 0.01 0.54 0.83 0.70 0.58
O2' 0.02 0.36 0.00 0.01 0.09 0.02 0.13 0.06 0.07 0.40 0.20 0.38 0.13 0.36 0.14 0.00 0.03 0.03 0.53 0.86 0.22 0.47
O3' 0.07 0.11 0.02 0.01 0.33 0.01 0.61 0.02 0.54 0.91 0.30 0.09 0.69 0.91 0.46 0.03 0.00 0.05 0.17 0.26 0.09 0.18
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.13 0.14 0.18 0.06 0.07 0.01 0.03 0.05 0.00 0.12 0.10 0.09 0.17
O5' 0.28 0.32 0.52 0.34 0.48 0.03 0.65 0.01 0.60 0.80 0.45 0.28 0.69 0.81 0.54 0.53 0.17 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.40 0.68 0.76 0.46 0.85 0.04 1.18 0.01 1.18 1.21 0.94 0.58 1.38 1.40 0.83 0.86 0.26 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.41 0.22 0.11 0.66 0.10 1.07 0.12 1.05 1.24 0.73 0.30 1.30 1.42 0.70 0.22 0.09 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.29 0.43 0.30 0.52 0.03 0.84 0.02 0.80 1.01 0.54 0.22 0.99 1.13 0.58 0.47 0.18 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.57 0.39 0.17 0.49 0.08 0.67 0.18 0.78 0.43 0.71 0.54 0.45 0.65 0.33 0.23 0.21 0.09 0.23 0.88 0.06 0.12 0.20
C2 1.56 2.64 1.59 1.39 2.10 1.33 1.97 1.04 2.23 1.30 2.57 2.77 2.42 1.43 1.67 1.62 1.71 1.43 0.85 2.01 0.09 0.10 0.08
C2' 0.48 0.44 0.25 0.54 0.21 0.68 0.52 0.59 0.78 0.08 0.70 0.43 0.19 0.45 0.11 0.45 0.55 0.65 0.66 1.02 0.81 0.47 0.94
C3' 1.28 0.42 0.99 1.28 0.60 1.45 0.24 1.24 0.08 0.65 0.13 0.45 0.67 0.21 0.88 1.17 1.33 1.48 1.18 0.34 0.80 0.70 1.20
C4 1.10 1.62 1.21 1.01 1.40 1.03 1.26 0.86 1.33 0.87 1.52 1.69 1.56 0.91 1.16 1.14 1.22 1.08 0.75 1.16 0.08 0.12 0.08
C4' 1.29 0.90 0.85 0.95 0.94 1.03 0.64 0.61 0.51 0.76 0.68 0.95 1.05 0.49 1.05 1.06 0.97 1.29 0.38 0.29 0.26 0.20 0.25
C5 1.34 1.68 1.38 1.26 1.38 1.38 1.01 1.12 1.03 0.68 1.39 1.84 1.70 0.55 1.19 1.34 1.53 1.42 0.92 0.71 0.11 0.13 0.12
C5' 1.58 1.34 1.17 1.05 1.28 1.02 0.93 0.39 0.84 0.89 1.07 1.43 1.47 0.68 1.30 1.53 1.10 1.36 0.22 0.58 0.51 0.84 0.23
C6 1.69 2.26 1.67 1.57 1.78 1.67 1.31 1.30 1.36 0.89 1.86 2.52 2.25 0.74 1.50 1.70 1.95 1.73 1.03 0.96 0.11 0.13 0.14
C8 0.56 0.66 0.75 0.62 0.50 0.74 0.27 0.72 0.29 0.09 0.49 0.77 0.69 0.08 0.42 0.64 0.74 0.68 0.66 0.14 0.11 0.14 0.10
N1 1.77 2.75 1.76 1.61 2.12 1.62 1.76 1.24 1.93 1.17 2.45 3.01 2.60 1.15 1.72 1.81 2.00 1.70 0.99 1.58 0.10 0.12 0.12
N3 1.22 2.08 1.32 1.08 1.76 1.02 1.77 0.83 1.96 1.19 2.11 2.11 1.90 1.38 1.41 1.28 1.32 1.10 0.71 1.86 0.08 0.11 0.09
N6 1.81 2.24 1.78 1.75 1.70 1.90 1.09 1.46 1.10 0.74 1.70 2.62 2.29 0.48 1.47 1.84 2.20 1.90 1.12 0.61 0.11 0.14 0.18
N7 1.02 1.06 1.12 1.05 0.83 1.24 0.41 1.08 0.39 0.22 0.74 1.24 1.14 0.06 0.74 1.05 1.26 1.21 0.89 0.11 0.12 0.14 0.13
N9 0.59 0.94 0.79 0.60 0.80 0.60 0.75 0.58 0.80 0.49 0.90 0.98 0.89 0.55 0.65 0.67 0.71 0.59 0.55 0.73 0.08 0.12 0.11
O2' 0.29 0.96 0.14 0.55 0.60 0.75 0.95 0.84 1.33 0.29 1.27 0.98 0.62 0.78 0.20 0.26 0.56 0.58 0.97 1.62 1.41 1.06 1.43
O3' 1.38 0.47 1.10 1.56 0.70 1.77 0.35 1.75 0.08 0.85 0.18 0.48 0.73 0.37 1.02 1.14 1.61 1.70 1.60 0.29 1.11 1.49 1.79
O4' 0.33 0.28 0.11 0.03 0.22 0.08 0.13 0.28 0.14 0.08 0.19 0.34 0.32 0.17 0.21 0.12 0.04 0.30 0.47 0.19 0.72 0.62 0.34
O5' 1.52 1.57 1.19 0.93 1.46 0.72 1.15 0.15 1.09 0.99 1.33 1.65 1.67 0.86 1.38 1.56 0.92 1.07 0.16 0.85 0.62 0.99 0.36
OP1 1.44 2.10 1.32 0.85 1.69 0.47 1.43 0.48 1.53 1.04 1.86 2.29 2.05 1.05 1.42 1.79 0.81 0.74 0.56 1.31 0.78 1.35 0.67
OP2 1.38 1.73 1.16 0.68 1.39 0.42 1.06 0.51 1.11 0.76 1.45 1.96 1.75 0.70 1.20 1.79 0.76 0.81 0.57 0.89 0.94 1.85 0.97
P 1.48 1.85 1.23 0.81 1.55 0.53 1.25 0.32 1.29 0.96 1.59 2.02 1.87 0.90 1.36 1.73 0.82 0.89 0.41 1.06 0.75 1.41 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.27 0.01 0.33 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.36 0.22 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.17 0.25 0.39 0.01 0.51 0.14 0.12
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.18 0.01 0.09 0.15 0.16 0.18 0.29 0.43 0.35 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.56 0.12 0.80 0.22 0.47
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.21 0.00 0.28 0.01 0.30 0.22 0.28 0.19 0.18 0.28 0.16 0.01 0.01 0.01 0.27 0.33 0.39 0.09 0.21
C4 0.01 0.01 0.18 0.21 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.14 0.36 0.00 0.51 0.22 0.12
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.07 0.21 0.05 0.17 0.11 0.19 0.08 0.20 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.10 0.07
C5 0.00 0.01 0.09 0.28 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.03 0.06 0.34 0.01 0.58 0.35 0.15
C5' 0.03 0.12 0.15 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.16 0.28 0.11 0.18 0.12 0.28 0.11 0.05 0.16 0.01 0.01 0.20 0.01 0.09 0.01
C6 0.00 0.01 0.16 0.30 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.03 0.11 0.36 0.00 0.61 0.33 0.15
C8 0.01 0.01 0.18 0.22 0.00 0.21 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.03 0.15 0.26 0.01 0.55 0.46 0.18
N1 0.01 0.00 0.29 0.28 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.19 0.39 0.00 0.56 0.23 0.13
N2 0.02 0.00 0.43 0.19 0.01 0.17 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.22 0.30 0.40 0.01 0.48 0.10 0.13
N3 0.02 0.00 0.35 0.18 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.22 0.24 0.37 0.00 0.46 0.12 0.11
N7 0.01 0.01 0.10 0.28 0.00 0.19 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.06 0.08 0.29 0.01 0.61 0.50 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.16 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.12 0.01 0.31 0.01 0.47 0.25 0.11
O2' 0.02 0.22 0.00 0.01 0.09 0.20 0.22 0.05 0.17 0.42 0.11 0.36 0.23 0.40 0.19 0.00 0.05 0.14 0.32 0.23 0.64 0.13 0.33
O3' 0.29 0.17 0.02 0.01 0.13 0.02 0.03 0.16 0.03 0.03 0.08 0.22 0.22 0.06 0.12 0.05 0.00 0.18 0.05 0.05 0.14 0.21 0.04
O4' 0.00 0.25 0.03 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.11 0.15 0.19 0.30 0.24 0.08 0.01 0.14 0.18 0.00 0.10 0.08 0.09 0.18 0.22
O5' 0.27 0.39 0.56 0.27 0.36 0.01 0.34 0.01 0.36 0.26 0.39 0.40 0.37 0.29 0.31 0.32 0.05 0.10 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.12 0.33 0.00 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.05 0.08 0.35 0.00 0.65 0.40 0.17
OP1 0.33 0.51 0.80 0.39 0.51 0.04 0.58 0.01 0.61 0.55 0.56 0.48 0.46 0.61 0.47 0.64 0.14 0.09 0.01 0.65 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.14 0.22 0.09 0.22 0.10 0.35 0.09 0.33 0.46 0.23 0.10 0.12 0.50 0.25 0.13 0.21 0.18 0.01 0.40 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.47 0.21 0.12 0.07 0.15 0.01 0.15 0.18 0.13 0.13 0.11 0.19 0.11 0.33 0.04 0.22 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00