ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48133

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.032, 0.073, 0.114, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.073 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.029, 0.097, 0.164, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.097 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.069, 0.145, 0.222, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.145 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.052, 0.173, 0.294, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.173 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.035, 0.193, 0.351, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.158
OP2 A 0, 0.073, 0.253, 0.434, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.253 std_dev=0.180
P A 0, 0.057, 0.257, 0.457, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.257 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.027, 0.252, 0.477, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.252 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.068, 0.396, 0.724, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.396 std_dev=0.328
OP1 A 0, 0.087, 0.435, 0.782, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.435 std_dev=0.347
OP2 B 0, 0.214, 0.706, 1.197, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.706 std_dev=0.492
O5' A 0, 0.021, 0.545, 1.068, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.545 std_dev=0.523
P B 0, 0.154, 0.704, 1.253, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.704 std_dev=0.549
OP1 B 0, 0.164, 0.797, 1.429, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.797 std_dev=0.632
O5' B 0, 0.039, 0.703, 1.367, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.703 std_dev=0.664
O2' B 0, 0.213, 0.905, 1.597, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.905 std_dev=0.692
O3' B 0, 0.115, 0.894, 1.673, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.894 std_dev=0.779
C2' B 0, 0.127, 0.946, 1.764, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.946 std_dev=0.819
C1' B 0, 0.123, 0.988, 1.853, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.988 std_dev=0.865
C3' B 0, 0.080, 0.950, 1.821, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.950 std_dev=0.870
C8 B 0, 0.148, 1.029, 1.911, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.029 std_dev=0.882
N9 B 0, 0.145, 1.039, 1.933, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.039 std_dev=0.894
N7 B 0, 0.173, 1.076, 1.979, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.076 std_dev=0.903
C5 B 0, 0.189, 1.122, 2.055, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.122 std_dev=0.933
C4 B 0, 0.177, 1.111, 2.045, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.111 std_dev=0.934
O6 B 0, 0.241, 1.203, 2.164, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.203 std_dev=0.962
C6 B 0, 0.223, 1.187, 2.152, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.187 std_dev=0.964
N3 B 0, 0.197, 1.166, 2.135, 2.288 max_d=2.288 avg_d=1.166 std_dev=0.969
O4' B 0, 0.053, 1.036, 2.018, 2.228 max_d=2.228 avg_d=1.036 std_dev=0.983
C4' B 0, 0.019, 1.010, 2.000, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.010 std_dev=0.991
N1 B 0, 0.237, 1.240, 2.242, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.240 std_dev=1.003
C2 B 0, 0.226, 1.230, 2.234, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.230 std_dev=1.004
N2 B 0, 0.243, 1.290, 2.336, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.290 std_dev=1.047
C5' B 0, -0.059, 1.071, 2.201, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.071 std_dev=1.130

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.33 0.33 0.14 0.17
C2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.21 0.24 0.16 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.32 0.30 0.17 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.22 0.31 0.02
C4 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.34 0.29 0.12 0.16
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.10 0.07 0.10 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.30 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.40 0.28 0.09 0.18
C5' 0.06 0.20 0.08 0.02 0.19 0.00 0.24 0.00 0.26 0.20 0.24 0.16 0.28 0.24 0.16 0.06 0.01 0.00 0.00 0.37 0.36 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.36 0.26 0.10 0.16
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.49 0.32 0.06 0.24
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.09 0.27 0.23 0.13 0.11
N3 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.23 0.27 0.16 0.11
N6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.05 0.39 0.25 0.07 0.17
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.48 0.30 0.06 0.22
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.40 0.32 0.11 0.19
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.27 0.25 0.19 0.11
O3' 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.06 0.00 0.05 0.15 0.11 0.35 0.12
O4' 0.00 0.11 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.09 0.10 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.30 0.38 0.09 0.20
O5' 0.33 0.21 0.32 0.05 0.34 0.01 0.40 0.00 0.36 0.49 0.27 0.23 0.39 0.48 0.40 0.27 0.15 0.30 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.33 0.24 0.30 0.22 0.29 0.26 0.28 0.37 0.26 0.32 0.23 0.27 0.25 0.30 0.32 0.25 0.11 0.38 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.16 0.17 0.31 0.12 0.30 0.09 0.36 0.10 0.06 0.13 0.16 0.07 0.06 0.11 0.19 0.35 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.17 0.09 0.14 0.02 0.16 0.01 0.18 0.01 0.16 0.24 0.11 0.11 0.17 0.22 0.19 0.11 0.12 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.14 0.09 0.07 0.06 0.04 0.13 0.05 0.04 0.09 0.14 0.11 0.05 0.05 0.16 0.07 0.19 0.50 0.05 0.09 0.02 0.13
C2 0.23 0.17 0.39 0.41 0.23 0.39 0.24 0.63 0.21 0.31 0.18 0.15 0.19 0.29 0.26 0.32 0.23 0.25 0.25 0.21 0.23 0.15 0.13
C2' 0.18 0.20 0.10 0.05 0.16 0.19 0.13 0.06 0.14 0.09 0.17 0.21 0.19 0.09 0.14 0.14 0.13 0.31 0.54 0.13 0.22 0.05 0.22
C3' 0.20 0.23 0.09 0.05 0.19 0.20 0.17 0.09 0.19 0.13 0.22 0.24 0.22 0.14 0.17 0.14 0.12 0.33 0.55 0.19 0.30 0.09 0.27
C4 0.10 0.05 0.29 0.28 0.10 0.21 0.13 0.48 0.10 0.20 0.06 0.05 0.06 0.19 0.13 0.24 0.09 0.08 0.34 0.11 0.19 0.12 0.09
C4' 0.17 0.21 0.09 0.05 0.17 0.13 0.14 0.03 0.17 0.09 0.20 0.23 0.20 0.10 0.14 0.13 0.10 0.28 0.56 0.16 0.27 0.07 0.26
C5 0.18 0.09 0.37 0.37 0.17 0.34 0.20 0.66 0.16 0.29 0.11 0.06 0.11 0.27 0.21 0.29 0.16 0.19 0.23 0.16 0.30 0.18 0.17
C5' 0.36 0.43 0.11 0.13 0.37 0.30 0.35 0.11 0.38 0.29 0.42 0.45 0.41 0.29 0.34 0.09 0.27 0.46 0.71 0.38 0.45 0.22 0.44
C6 0.31 0.20 0.47 0.49 0.29 0.51 0.31 0.80 0.26 0.40 0.22 0.17 0.23 0.37 0.34 0.37 0.28 0.36 0.13 0.26 0.35 0.22 0.23
C8 0.06 0.10 0.20 0.16 0.03 0.03 0.03 0.34 0.02 0.11 0.06 0.13 0.09 0.11 0.03 0.18 0.04 0.13 0.41 0.03 0.20 0.11 0.08
N1 0.32 0.24 0.47 0.50 0.30 0.51 0.32 0.76 0.28 0.39 0.25 0.21 0.26 0.37 0.34 0.37 0.31 0.37 0.16 0.27 0.31 0.20 0.20
N3 0.13 0.08 0.31 0.30 0.13 0.25 0.15 0.48 0.13 0.21 0.10 0.07 0.10 0.21 0.16 0.26 0.13 0.12 0.34 0.13 0.16 0.10 0.08
N6 0.42 0.29 0.55 0.59 0.39 0.65 0.40 0.94 0.35 0.50 0.30 0.24 0.32 0.47 0.44 0.43 0.37 0.52 0.11 0.34 0.43 0.27 0.31
N7 0.10 0.04 0.31 0.30 0.09 0.24 0.14 0.60 0.10 0.24 0.04 0.06 0.04 0.23 0.14 0.25 0.07 0.08 0.25 0.11 0.32 0.18 0.18
N9 0.04 0.08 0.20 0.17 0.02 0.05 0.03 0.30 0.02 0.10 0.05 0.11 0.07 0.10 0.03 0.18 0.02 0.11 0.44 0.03 0.12 0.08 0.08
O2' 0.18 0.19 0.11 0.07 0.16 0.24 0.14 0.16 0.15 0.12 0.17 0.20 0.19 0.12 0.15 0.17 0.13 0.33 0.51 0.15 0.16 0.09 0.20
O3' 0.12 0.16 0.15 0.10 0.13 0.14 0.12 0.07 0.14 0.10 0.15 0.16 0.15 0.11 0.11 0.22 0.06 0.26 0.48 0.14 0.20 0.07 0.21
O4' 0.06 0.07 0.17 0.12 0.03 0.02 0.03 0.19 0.02 0.07 0.05 0.10 0.07 0.08 0.02 0.18 0.04 0.15 0.47 0.03 0.13 0.07 0.12
O5' 0.36 0.38 0.59 0.51 0.41 0.36 0.43 0.51 0.42 0.46 0.40 0.36 0.37 0.47 0.41 0.63 0.37 0.25 0.03 0.42 0.11 0.47 0.24
OP1 0.04 0.08 0.28 0.23 0.07 0.06 0.09 0.19 0.11 0.09 0.10 0.09 0.06 0.10 0.06 0.35 0.13 0.08 0.23 0.12 0.22 0.17 0.07
OP2 0.19 0.18 0.10 0.08 0.15 0.21 0.13 0.09 0.14 0.10 0.16 0.19 0.18 0.10 0.14 0.15 0.19 0.31 0.45 0.14 0.47 0.02 0.29
P 0.07 0.10 0.29 0.23 0.11 0.08 0.13 0.22 0.13 0.15 0.12 0.10 0.09 0.16 0.10 0.34 0.11 0.06 0.25 0.14 0.22 0.19 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.29 0.00 0.16 0.29 0.05
C2 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.10 0.29 0.01 0.09 0.22 0.04
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.12 0.09 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.58 0.02 0.45 0.06 0.33
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.35 0.01 0.39 0.17 0.21
C4 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.35 0.01 0.11 0.22 0.06
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.10 0.41 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.39 0.00 0.10 0.15 0.09
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.11 0.13 0.10 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.09 0.38 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.37 0.01 0.08 0.12 0.08
C8 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.03 0.06 0.47 0.01 0.14 0.17 0.13
N1 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.07 0.33 0.01 0.08 0.17 0.05
N2 0.01 0.00 0.12 0.05 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.10 0.13 0.26 0.02 0.09 0.23 0.02
N3 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.10 0.29 0.01 0.11 0.24 0.04
N7 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.02 0.04 0.45 0.01 0.11 0.10 0.13
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.38 0.00 0.14 0.24 0.08
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.15 0.09 0.23 0.16 0.13 0.04 0.00 0.08 0.01 0.62 0.05 0.55 0.13 0.41
O3' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.06 0.10 0.08 0.02 0.03 0.08 0.00 0.03 0.17 0.04 0.31 0.23 0.10
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.13 0.10 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.52 0.19
O5' 0.29 0.29 0.58 0.35 0.35 0.01 0.39 0.01 0.37 0.47 0.33 0.26 0.29 0.45 0.38 0.62 0.17 0.04 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.37 0.00 0.06 0.08 0.08
OP1 0.16 0.09 0.45 0.39 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.14 0.08 0.09 0.11 0.11 0.14 0.55 0.31 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.29 0.22 0.06 0.17 0.22 0.41 0.15 0.38 0.12 0.17 0.17 0.23 0.24 0.10 0.24 0.13 0.23 0.52 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.33 0.21 0.06 0.06 0.09 0.01 0.08 0.13 0.05 0.02 0.04 0.13 0.08 0.41 0.10 0.19 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00