Doublet Group distance statistics: 48136

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6	A	0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1	A	0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C5	A	0, -0.004, 0.013, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.017
C4	A	0, -0.005, 0.017, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.023
N9	A	0, -0.006, 0.021, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.027
N7	A	0, -0.007, 0.025, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.032
N6	A	0, -0.007, 0.030, 0.067, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.030 std_dev=0.037
C8	A	0, -0.011, 0.030, 0.071, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.030 std_dev=0.041
O2'	A	0, -0.052, 0.170, 0.393, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.170 std_dev=0.223
C2'	A	0, -0.097, 0.267, 0.631, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.267 std_dev=0.364
OP2	B	0, -0.093, 0.324, 0.741, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.324 std_dev=0.417
O4'	A	0, -0.119, 0.315, 0.748, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.315 std_dev=0.433
P	B	0, -0.113, 0.323, 0.759, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.323 std_dev=0.436
C3'	A	0, -0.188, 0.516, 1.221, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.516 std_dev=0.705
C4'	A	0, -0.192, 0.524, 1.241, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.524 std_dev=0.716
OP1	B	0, -0.239, 0.634, 1.507, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.634 std_dev=0.873
O5'	B	0, -0.251, 0.671, 1.593, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.671 std_dev=0.922
O3'	A	0, -0.249, 0.720, 1.689, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.720 std_dev=0.969
C5'	A	0, -0.299, 0.811, 1.921, 2.381 max_d=2.381 avg_d=0.811 std_dev=1.110
C5'	B	0, -0.389, 0.995, 2.379, 2.953 max_d=2.953 avg_d=0.995 std_dev=1.384
O5'	A	0, -0.582, 1.487, 3.555, 4.411 max_d=4.411 avg_d=1.487 std_dev=2.068
C4'	B	0, -0.635, 1.587, 3.809, 4.730 max_d=4.730 avg_d=1.587 std_dev=2.222
P	A	0, -0.633, 1.637, 3.907, 4.847 max_d=4.847 avg_d=1.637 std_dev=2.270
OP1	A	0, -0.632, 1.639, 3.910, 4.850 max_d=4.850 avg_d=1.639 std_dev=2.271
C3'	B	0, -0.686, 1.720, 4.126, 5.122 max_d=5.122 avg_d=1.720 std_dev=2.406
O3'	B	0, -0.680, 1.743, 4.166, 5.169 max_d=5.169 avg_d=1.743 std_dev=2.423
OP2	A	0, -0.680, 1.760, 4.201, 5.212 max_d=5.212 avg_d=1.760 std_dev=2.441
O4'	B	0, -0.829, 2.054, 4.938, 6.133 max_d=6.133 avg_d=2.054 std_dev=2.884
C2'	B	0, -0.933, 2.325, 5.584, 6.933 max_d=6.933 avg_d=2.325 std_dev=3.258
O2'	B	0, -0.969, 2.423, 5.815, 7.220 max_d=7.220 avg_d=2.423 std_dev=3.392
C1'	B	0, -1.047, 2.590, 6.227, 7.733 max_d=7.733 avg_d=2.590 std_dev=3.637
N2	B	0, -1.074, 2.694, 6.462, 8.023 max_d=8.023 avg_d=2.694 std_dev=3.768
N3	B	0, -1.085, 2.705, 6.495, 8.065 max_d=8.065 avg_d=2.705 std_dev=3.790
C2	B	0, -1.140, 2.839, 6.818, 8.466 max_d=8.466 avg_d=2.839 std_dev=3.979
N9	B	0, -1.242, 3.050, 7.342, 9.120 max_d=9.120 avg_d=3.050 std_dev=4.292
C4	B	0, -1.239, 3.055, 7.349, 9.127 max_d=9.127 avg_d=3.055 std_dev=4.294
N1	B	0, -1.330, 3.282, 7.893, 9.803 max_d=9.803 avg_d=3.282 std_dev=4.612
C5	B	0, -1.486, 3.640, 8.766, 10.889 max_d=10.889 avg_d=3.640 std_dev=5.126
C8	B	0, -1.508, 3.677, 8.861, 11.009 max_d=11.009 avg_d=3.677 std_dev=5.185
C6	B	0, -1.542, 3.780, 9.103, 11.307 max_d=11.307 avg_d=3.780 std_dev=5.322
N7	B	0, -1.676, 4.079, 9.835, 12.219 max_d=12.219 avg_d=4.079 std_dev=5.755
O6	B	0, -1.772, 4.333, 10.438, 12.966 max_d=12.966 avg_d=4.333 std_dev=6.105

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.22	0.29	0.44	0.12
C2	0.02	0.00	0.23	0.29	0.00	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.34	0.12	0.33	0.02	0.52	0.24
C2'	0.00	0.23	0.00	0.00	0.13	0.02	0.09	0.01	0.14	0.07	0.20	0.22	0.13	0.02	0.02	0.00	0.00	0.02	0.05	0.37	0.33	0.00
C3'	0.00	0.29	0.00	0.00	0.21	0.00	0.21	0.01	0.27	0.03	0.30	0.25	0.27	0.12	0.09	0.02	0.00	0.01	0.20	0.40	0.27	0.06
C4	0.01	0.00	0.13	0.21	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.22	0.06	0.26	0.18	0.40	0.12
C4'	0.00	0.05	0.02	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.11	0.12	0.08	0.04	0.14	0.14	0.07	0.06	0.01	0.00	0.01	0.38	0.37	0.03
C5	0.00	0.01	0.09	0.21	0.00	0.11	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.23	0.02	0.21	0.26	0.27	0.03
C5'	0.02	0.09	0.01	0.01	0.12	0.00	0.19	0.00	0.19	0.22	0.14	0.06	0.23	0.24	0.11	0.05	0.03	0.01	0.00	0.42	0.28	0.01
C6	0.00	0.01	0.14	0.27	0.01	0.11	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.31	0.05	0.24	0.16	0.31	0.07
C8	0.02	0.01	0.07	0.03	0.00	0.12	0.01	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.07	0.03	0.10	0.11	0.50	0.13	0.12
N1	0.01	0.01	0.20	0.30	0.00	0.08	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.36	0.10	0.30	0.04	0.43	0.17
N3	0.02	0.00	0.22	0.25	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.28	0.12	0.31	0.04	0.53	0.23
N6	0.01	0.01	0.13	0.27	0.01	0.14	0.01	0.23	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.32	0.02	0.20	0.21	0.21	0.01
N7	0.01	0.01	0.02	0.12	0.00	0.14	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.06	0.12	0.05	0.13	0.44	0.11	0.12
N9	0.00	0.01	0.02	0.09	0.00	0.07	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.08	0.01	0.21	0.32	0.34	0.05
O2'	0.02	0.06	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.05	0.01	0.07	0.04	0.05	0.01	0.06	0.04	0.00	0.01	0.06	0.16	0.43	0.29	0.06
O3'	0.01	0.34	0.00	0.00	0.22	0.01	0.23	0.03	0.31	0.03	0.36	0.28	0.32	0.12	0.08	0.01	0.00	0.01	0.43	0.42	0.18	0.15
O4'	0.00	0.12	0.02	0.01	0.06	0.00	0.02	0.01	0.05	0.10	0.10	0.12	0.02	0.05	0.01	0.06	0.01	0.00	0.33	0.28	0.45	0.16
O5'	0.22	0.33	0.05	0.20	0.26	0.01	0.21	0.00	0.24	0.11	0.30	0.31	0.20	0.13	0.21	0.16	0.43	0.33	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.29	0.02	0.37	0.40	0.18	0.38	0.26	0.42	0.16	0.50	0.04	0.04	0.21	0.44	0.32	0.43	0.42	0.28	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.44	0.52	0.33	0.27	0.40	0.37	0.27	0.28	0.31	0.13	0.43	0.53	0.21	0.11	0.34	0.29	0.18	0.45	0.02	0.00	0.00	0.01
P	0.12	0.24	0.00	0.06	0.12	0.03	0.03	0.01	0.07	0.12	0.17	0.23	0.01	0.12	0.05	0.06	0.15	0.16	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.06	0.46	0.16	0.13	0.11	0.11	0.58	0.13	0.46	1.00	0.04	0.91	0.46	1.10	0.35	0.11	0.12	0.09	0.42	0.74	0.61	0.20	0.15
C2	0.16	0.62	0.13	0.09	0.09	0.36	0.71	0.18	0.60	1.16	0.06	1.19	0.61	1.36	0.35	0.07	0.05	0.33	0.43	1.01	0.66	0.13	0.19
C2'	0.16	0.46	0.10	0.12	0.01	0.04	0.36	0.34	0.28	0.69	0.12	0.80	0.46	0.78	0.17	0.05	0.07	0.08	0.25	0.50	0.45	0.51	0.05
C3'	0.21	0.45	0.06	0.11	0.08	0.01	0.22	0.43	0.15	0.51	0.18	0.73	0.45	0.57	0.07	0.03	0.04	0.08	0.16	0.33	0.38	0.71	0.16
C4	0.19	0.64	0.06	0.03	0.03	0.36	0.61	0.14	0.49	1.07	0.12	1.18	0.64	1.23	0.29	0.01	0.02	0.31	0.45	0.86	0.67	0.17	0.20
C4'	0.08	0.40	0.15	0.14	0.04	0.00	0.38	0.29	0.29	0.74	0.09	0.72	0.40	0.79	0.23	0.10	0.12	0.02	0.36	0.48	0.50	0.42	0.01
C5	0.30	0.78	0.08	0.09	0.07	0.51	0.55	0.30	0.43	1.02	0.23	1.36	0.78	1.20	0.21	0.12	0.14	0.45	0.47	0.82	0.68	0.14	0.24
C5'	0.07	0.40	0.13	0.13	0.02	0.01	0.35	0.29	0.24	0.72	0.11	0.70	0.39	0.74	0.23	0.10	0.11	0.01	0.35	0.42	0.45	0.51	0.03
C6	0.32	0.82	0.07	0.09	0.07	0.56	0.58	0.37	0.47	1.06	0.23	1.43	0.81	1.27	0.21	0.12	0.14	0.51	0.45	0.90	0.65	0.11	0.24
C8	0.29	0.76	0.14	0.14	0.10	0.45	0.44	0.20	0.32	0.91	0.26	1.26	0.75	1.04	0.17	0.17	0.18	0.37	0.50	0.65	0.70	0.21	0.25
N1	0.25	0.73	0.04	0.01	0.02	0.48	0.66	0.30	0.56	1.13	0.14	1.34	0.72	1.34	0.28	0.02	0.05	0.44	0.44	0.99	0.65	0.11	0.21
N3	0.12	0.56	0.16	0.12	0.11	0.29	0.68	0.09	0.58	1.13	0.04	1.10	0.56	1.30	0.36	0.10	0.08	0.25	0.43	0.95	0.66	0.15	0.18
N6	0.41	0.94	0.18	0.18	0.16	0.67	0.52	0.51	0.41	1.00	0.33	1.59	0.93	1.23	0.13	0.22	0.23	0.62	0.46	0.86	0.62	0.08	0.26
N7	0.37	0.87	0.20	0.20	0.16	0.58	0.44	0.37	0.31	0.92	0.33	1.43	0.86	1.08	0.12	0.23	0.24	0.50	0.50	0.68	0.71	0.16	0.27
N9	0.17	0.61	0.04	0.02	0.03	0.29	0.56	0.05	0.44	1.01	0.13	1.10	0.60	1.14	0.28	0.01	0.02	0.24	0.45	0.76	0.66	0.20	0.19
O2'	0.20	0.47	0.07	0.07	0.06	0.04	0.29	0.31	0.21	0.59	0.16	0.79	0.47	0.67	0.10	0.01	0.04	0.09	0.34	0.42	0.50	0.35	0.04
O3'	0.29	0.43	0.02	0.09	0.19	0.09	0.02	0.56	0.03	0.20	0.25	0.61	0.43	0.25	0.09	0.01	0.02	0.06	0.08	0.08	0.32	0.77	0.22
O4'	0.03	0.39	0.22	0.17	0.18	0.07	0.64	0.11	0.52	1.08	0.02	0.83	0.39	1.17	0.43	0.15	0.16	0.02	0.48	0.78	0.60	0.13	0.17
O5'	0.07	0.22	0.17	0.18	0.12	0.01	0.45	0.32	0.37	0.75	0.06	0.48	0.25	0.81	0.27	0.04	0.03	0.00	0.14	0.55	0.05	0.78	0.41
OP1	0.25	0.12	0.38	0.04	0.37	0.16	0.73	0.31	0.61	1.17	0.21	0.46	0.12	1.18	0.61	0.25	0.03	0.05	0.81	0.79	0.60	0.41	0.40
OP2	0.29	0.46	0.09	0.07	0.27	0.01	0.13	0.17	0.19	0.06	0.35	0.59	0.45	0.06	0.17	0.26	0.00	0.11	0.36	0.12	0.23	0.39	0.11
P	0.07	0.31	0.12	0.03	0.01	0.04	0.26	0.06	0.17	0.57	0.10	0.53	0.32	0.57	0.17	0.02	0.00	0.04	0.43	0.30	0.30	0.28	0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.22	0.00	0.36	0.01	0.19	0.58	0.47
C2	0.01	0.00	0.36	0.42	0.00	0.50	0.01	0.84	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.42	0.35	0.13	0.01	0.20	0.24	0.23
C2'	0.01	0.36	0.00	0.00	0.20	0.00	0.10	0.11	0.18	0.16	0.29	0.43	0.35	0.07	0.02	0.01	0.00	0.04	0.01	0.14	0.02	0.41	0.26
C3'	0.01	0.42	0.00	0.00	0.08	0.01	0.13	0.01	0.01	0.54	0.23	0.61	0.42	0.45	0.17	0.01	0.00	0.02	0.11	0.10	0.07	0.44	0.22
C4	0.00	0.00	0.20	0.08	0.00	0.17	0.00	0.25	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.20	0.18	0.49	0.01	0.51	0.58	0.58
C4'	0.02	0.50	0.00	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.11	0.37	0.33	0.68	0.49	0.28	0.07	0.23	0.01	0.00	0.01	0.03	0.28	0.39	0.07
C5	0.00	0.01	0.10	0.13	0.00	0.01	0.00	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.34	0.04	0.06	0.90	0.01	1.12	1.07	1.13
C5'	0.01	0.84	0.11	0.01	0.25	0.00	0.05	0.00	0.15	0.59	0.54	1.18	0.79	0.49	0.13	0.12	0.15	0.01	0.00	0.02	0.26	0.43	0.01
C6	0.00	0.01	0.18	0.01	0.01	0.11	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.34	0.12	0.14	0.74	0.00	1.00	0.84	0.92
C8	0.01	0.00	0.16	0.54	0.00	0.37	0.00	0.59	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.37	0.21	0.17	1.36	0.02	1.53	1.70	1.72
N1	0.00	0.00	0.29	0.23	0.00	0.33	0.00	0.54	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.25	0.28	0.26	0.27	0.01	0.37	0.23	0.29
N2	0.01	0.00	0.43	0.61	0.00	0.68	0.00	1.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.55	0.43	0.57	0.01	0.77	0.82	0.82
N3	0.01	0.00	0.35	0.42	0.00	0.49	0.00	0.79	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.42	0.37	0.13	0.01	0.22	0.16	0.19
N7	0.00	0.00	0.07	0.45	0.00	0.28	0.00	0.49	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.41	0.18	0.10	1.37	0.02	1.71	1.71	1.77
N9	0.00	0.00	0.02	0.17	0.00	0.07	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.24	0.06	0.00	0.77	0.01	0.76	0.97	0.94
O2'	0.02	0.16	0.01	0.01	0.23	0.23	0.34	0.12	0.34	0.37	0.25	0.08	0.11	0.41	0.24	0.00	0.01	0.15	0.03	0.40	0.00	0.40	0.25
O3'	0.22	0.42	0.00	0.00	0.20	0.01	0.04	0.15	0.12	0.21	0.28	0.55	0.42	0.18	0.06	0.01	0.00	0.09	0.23	0.04	0.23	0.47	0.15
O4'	0.00	0.35	0.04	0.02	0.18	0.00	0.06	0.01	0.14	0.17	0.26	0.43	0.37	0.10	0.00	0.15	0.09	0.00	0.40	0.10	0.06	0.55	0.36
O5'	0.36	0.13	0.01	0.11	0.49	0.01	0.90	0.00	0.74	1.36	0.27	0.57	0.13	1.37	0.77	0.03	0.23	0.40	0.00	0.94	0.01	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.14	0.10	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.40	0.04	0.10	0.94	0.00	1.33	1.10	1.20
OP1	0.19	0.20	0.02	0.07	0.51	0.28	1.12	0.26	1.00	1.53	0.37	0.77	0.22	1.71	0.76	0.00	0.23	0.06	0.01	1.33	0.00	0.00	0.00
OP2	0.58	0.24	0.41	0.44	0.58	0.39	1.07	0.43	0.84	1.70	0.23	0.82	0.16	1.71	0.97	0.40	0.47	0.55	0.02	1.10	0.00	0.00	0.00
P	0.47	0.23	0.26	0.22	0.58	0.07	1.13	0.01	0.92	1.72	0.29	0.82	0.19	1.77	0.94	0.25	0.15	0.36	0.00	1.20	0.00	0.00	0.00