ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48147

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 9, 11, 10, 4, 4, 4, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.017, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.011, 0.018, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.034 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.052, 0.102, 0.152, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.102 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.080, 0.149, 0.218, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.149 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.059, 0.135, 0.211, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.135 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.083, 0.177, 0.271, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.177 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.134, 0.235, 0.337, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.235 std_dev=0.102
C5' A 0, 0.136, 0.262, 0.388, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.262 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.116, 0.253, 0.389, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.253 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.154, 0.305, 0.456, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.305 std_dev=0.151
OP2 B 0, 0.148, 0.320, 0.492, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.320 std_dev=0.172
C2' B 0, 0.210, 0.399, 0.588, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.399 std_dev=0.189
P A 0, 0.186, 0.385, 0.583, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.385 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.192, 0.395, 0.597, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.395 std_dev=0.203
OP2 A 0, 0.216, 0.420, 0.625, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.420 std_dev=0.205
O3' B 0, 0.195, 0.402, 0.609, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.402 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.159, 0.377, 0.595, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.377 std_dev=0.218
P B 0, 0.152, 0.384, 0.616, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.384 std_dev=0.232
OP1 A 0, 0.194, 0.434, 0.675, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.434 std_dev=0.240
C4' B 0, 0.187, 0.434, 0.682, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.434 std_dev=0.248
C5' B 0, 0.164, 0.416, 0.668, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.416 std_dev=0.252
OP1 B 0, 0.189, 0.462, 0.735, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.462 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.212, 0.493, 0.774, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.493 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.164, 0.481, 0.799, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.481 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.230, 0.549, 0.868, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.549 std_dev=0.319
O4' B 0, 0.230, 0.579, 0.928, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.579 std_dev=0.349
C6 B 0, 0.219, 0.572, 0.925, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.572 std_dev=0.353
C2 B 0, 0.262, 0.645, 1.029, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.645 std_dev=0.384
O2 B 0, 0.271, 0.695, 1.119, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.695 std_dev=0.424
N3 B 0, 0.281, 0.733, 1.185, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.733 std_dev=0.452
C5 B 0, 0.242, 0.699, 1.157, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.699 std_dev=0.457
C4 B 0, 0.278, 0.778, 1.278, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.778 std_dev=0.500
O4 B 0, 0.335, 0.940, 1.545, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.940 std_dev=0.605

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.08 0.09 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.08 0.08 0.06
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.09 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.08 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.08 0.09 0.05
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08 0.07
N7 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.14 0.12 0.09
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.11 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.05
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.14 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.04 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.09 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.04 0.07 0.07 0.09 0.06 0.12 0.05 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04 0.11 0.06 0.06 0.13 0.12 0.11
C2 0.05 0.05 0.07 0.06 0.12 0.04 0.14 0.06 0.10 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.15 0.04 0.06 0.15 0.10 0.11
C2' 0.06 0.05 0.04 0.06 0.09 0.05 0.11 0.05 0.09 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04 0.10 0.06 0.06 0.13 0.13 0.11
C3' 0.06 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.12 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.10 0.06 0.07 0.13 0.13 0.11
C4 0.05 0.05 0.07 0.06 0.11 0.04 0.12 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.13 0.04 0.05 0.14 0.10 0.10
C4' 0.06 0.05 0.04 0.07 0.09 0.06 0.12 0.05 0.09 0.04 0.05 0.09 0.04 0.04 0.10 0.06 0.07 0.12 0.14 0.11
C5 0.06 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.12 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.13 0.06 0.07 0.15 0.08 0.10
C5' 0.06 0.05 0.04 0.06 0.09 0.06 0.12 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.10 0.06 0.08 0.11 0.13 0.11
C6 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.07 0.13 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.15 0.07 0.07 0.16 0.09 0.10
C8 0.05 0.06 0.08 0.07 0.10 0.05 0.10 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.11 0.05 0.05 0.13 0.09 0.09
N1 0.05 0.07 0.08 0.06 0.13 0.05 0.13 0.08 0.10 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.15 0.06 0.07 0.16 0.09 0.11
N3 0.05 0.04 0.07 0.07 0.12 0.04 0.13 0.06 0.09 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.14 0.04 0.05 0.15 0.11 0.11
N6 0.09 0.10 0.09 0.08 0.14 0.09 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.12 0.15 0.10 0.09 0.16 0.09 0.11
N7 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.12 0.08 0.07 0.14 0.08 0.09
N9 0.05 0.04 0.07 0.06 0.10 0.04 0.11 0.05 0.08 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.12 0.04 0.05 0.14 0.11 0.10
O2' 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.12 0.06 0.10 0.06 0.06 0.12 0.06 0.05 0.11 0.08 0.07 0.12 0.13 0.11
O3' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.12 0.07 0.10 0.07 0.07 0.10 0.14 0.06 0.10 0.08 0.08 0.12 0.13 0.11
O4' 0.07 0.05 0.08 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.08 0.04 0.05 0.08 0.07 0.04 0.11 0.07 0.07 0.12 0.14 0.11
O5' 0.09 0.06 0.08 0.09 0.09 0.09 0.13 0.08 0.10 0.05 0.05 0.10 0.09 0.01 0.11 0.09 0.11 0.13 0.15 0.13
OP1 0.05 0.09 0.06 0.04 0.22 0.05 0.27 0.11 0.23 0.11 0.14 0.09 0.22 0.02 0.25 0.04 0.14 0.16 0.15 0.16
OP2 0.05 0.06 0.08 0.02 0.13 0.03 0.18 0.05 0.15 0.06 0.08 0.12 0.09 0.01 0.15 0.06 0.09 0.10 0.13 0.11
P 0.04 0.04 0.03 0.01 0.13 0.03 0.18 0.06 0.15 0.05 0.07 0.09 0.09 0.00 0.15 0.03 0.11 0.12 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.05 0.09 0.05 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.07 0.08 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.08 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.09 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.06 0.00 0.02 0.08 0.12 0.08 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.10 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.09 0.01 0.03 0.09 0.12 0.09 0.09
C5' 0.03 0.06 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.01 0.03 0.07 0.10 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01 0.02 0.07 0.11 0.07 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.05 0.10 0.05 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.13 0.10 0.14 0.05 0.12 0.08 0.11 0.10 0.00 0.04 0.14 0.08 0.06 0.08 0.06 0.05
O3' 0.06 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.06 0.08 0.03 0.04 0.11 0.04 0.00 0.06 0.05 0.11 0.11 0.12 0.12
O4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.06 0.00 0.03 0.09 0.13 0.10 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.08 0.05 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
O5' 0.02 0.05 0.06 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.11 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.08 0.04 0.12 0.04 0.12 0.04 0.10 0.07 0.11 0.10 0.08 0.11 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.09 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.12 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.06 0.08 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.12 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00