ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48148

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 24, 10, 7, 1, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.015, 0.041, 0.068, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.041 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.045, 0.100, 0.154, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.100 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.080, 0.145, 0.211, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.145 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.158, 0.236, 0.315, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.236 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.074, 0.164, 0.254, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.164 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.083, 0.185, 0.287, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.185 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.094, 0.227, 0.361, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.227 std_dev=0.134
C5' A 0, 0.132, 0.270, 0.407, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.270 std_dev=0.138
O3' A 0, 0.100, 0.239, 0.378, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.239 std_dev=0.139
OP1 B 0, 0.230, 0.373, 0.516, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.373 std_dev=0.143
P B 0, 0.185, 0.390, 0.596, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.390 std_dev=0.206
O5' B 0, 0.177, 0.392, 0.607, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.392 std_dev=0.215
P A 0, 0.201, 0.417, 0.633, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.417 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.200, 0.417, 0.634, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.417 std_dev=0.217
OP2 B 0, 0.319, 0.548, 0.777, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.548 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.324, 0.554, 0.784, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.554 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.217, 0.450, 0.684, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.450 std_dev=0.233
O2' B 0, 0.184, 0.425, 0.665, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.425 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.188, 0.432, 0.677, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.432 std_dev=0.245
C5' B 0, 0.189, 0.438, 0.688, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.438 std_dev=0.250
OP1 A 0, 0.293, 0.545, 0.796, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.545 std_dev=0.252
C4' B 0, 0.197, 0.456, 0.714, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.456 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.207, 0.511, 0.816, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.511 std_dev=0.304
C1' B 0, 0.231, 0.538, 0.844, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.538 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.276, 0.627, 0.977, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.627 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.264, 0.623, 0.981, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.623 std_dev=0.358
O2 B 0, 0.384, 0.773, 1.163, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.773 std_dev=0.389
C2 B 0, 0.351, 0.741, 1.132, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.741 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.316, 0.733, 1.151, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.733 std_dev=0.417
N3 B 0, 0.402, 0.843, 1.284, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.843 std_dev=0.441
C4 B 0, 0.387, 0.849, 1.312, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.849 std_dev=0.463
O4 B 0, 0.446, 0.970, 1.494, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.970 std_dev=0.524

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.03 0.09 0.12 0.11 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.07 0.09 0.09 0.08
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.09 0.10 0.08
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.08 0.12 0.12 0.10
N3 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.03 0.08 0.11 0.10 0.09
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.11 0.12 0.10
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.08 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07 0.01 0.09 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.08 0.08 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.09 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.07 0.07 0.09 0.04 0.09 0.03 0.10 0.07 0.12 0.11 0.11 0.08 0.07 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.11 0.06 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.08 0.12 0.10 0.12 0.09 0.08 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.04 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.11 0.11 0.05 0.11 0.06 0.06 0.06 0.10 0.06
C2 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.12 0.08
C2' 0.06 0.10 0.06 0.05 0.10 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.12 0.09 0.04 0.11 0.05 0.06 0.06 0.11 0.06
C3' 0.05 0.09 0.05 0.04 0.08 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.11 0.08 0.04 0.09 0.04 0.06 0.06 0.10 0.06
C4 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.12 0.07
C4' 0.06 0.10 0.06 0.05 0.09 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.12 0.09 0.04 0.10 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06
C5 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08
C5' 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.11 0.08 0.04 0.08 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06
C6 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.13 0.08
C8 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07
N1 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.13 0.08
N3 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.07 0.07 0.12 0.07
N6 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09 0.07 0.08 0.11 0.13 0.09
N7 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08
N9 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.11 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07
O2' 0.08 0.14 0.08 0.07 0.14 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.15 0.16 0.12 0.05 0.16 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07
O3' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.09 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.10 0.13 0.08 0.04 0.10 0.04 0.06 0.06 0.10 0.06
O4' 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.11 0.05 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07
O5' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.09 0.06
OP1 0.04 0.07 0.04 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.08 0.09 0.09 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.10 0.06
OP2 0.06 0.07 0.04 0.04 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09
P 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.03 0.09 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.05 0.10 0.05 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.06 0.10 0.06 0.07
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.06 0.09 0.05 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.04 0.09 0.05 0.05
O2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.05 0.04 0.10 0.05 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.06 0.08 0.00 0.06 0.08 0.01 0.06 0.05 0.08 0.06
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03 0.05 0.11 0.06 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
O5' 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.09 0.06 0.04 0.10 0.05 0.10 0.03 0.09 0.08 0.09 0.10 0.05 0.04 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00