ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48151

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 4, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.016, 0.035, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.022
O3' A 0, 0.182, 0.351, 0.519, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.351 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.208, 0.410, 0.612, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.410 std_dev=0.202
O4' A 0, 0.283, 0.556, 0.828, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.556 std_dev=0.272
C2' A 0, 0.326, 0.622, 0.918, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.622 std_dev=0.296
P B 0, 0.263, 0.580, 0.897, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.580 std_dev=0.317
OP1 B 0, 0.377, 0.705, 1.033, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.705 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.236, 0.569, 0.903, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.569 std_dev=0.334
O5' B 0, 0.273, 0.640, 1.007, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.640 std_dev=0.367
O5' A 0, 0.442, 0.826, 1.210, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.826 std_dev=0.384
C5' B 0, 0.395, 0.784, 1.173, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.784 std_dev=0.389
C4' A 0, 0.456, 0.886, 1.317, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.886 std_dev=0.430
C4' B 0, 0.353, 0.790, 1.227, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.790 std_dev=0.437
O4' B 0, 0.342, 0.787, 1.233, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.787 std_dev=0.445
P A 0, 0.546, 1.029, 1.512, 1.517 max_d=1.517 avg_d=1.029 std_dev=0.483
OP1 A 0, 0.547, 1.042, 1.536, 1.544 max_d=1.544 avg_d=1.042 std_dev=0.495
O2' A 0, 0.566, 1.074, 1.581, 1.478 max_d=1.478 avg_d=1.074 std_dev=0.507
C3' B 0, 0.392, 0.920, 1.449, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.920 std_dev=0.529
O3' B 0, 0.403, 0.944, 1.485, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.944 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.350, 0.892, 1.435, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.892 std_dev=0.543
C6 B 0, 0.314, 0.858, 1.401, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.858 std_dev=0.543
OP2 A 0, 0.645, 1.215, 1.785, 1.709 max_d=1.709 avg_d=1.215 std_dev=0.570
N1 B 0, 0.395, 0.984, 1.573, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.984 std_dev=0.589
C5 B 0, 0.375, 0.971, 1.567, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.971 std_dev=0.596
C2' B 0, 0.440, 1.045, 1.650, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.045 std_dev=0.605
O2' B 0, 0.501, 1.145, 1.789, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.145 std_dev=0.644
C2 B 0, 0.548, 1.250, 1.951, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.250 std_dev=0.701
C4 B 0, 0.535, 1.252, 1.969, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.252 std_dev=0.717
O2 B 0, 0.639, 1.394, 2.148, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.394 std_dev=0.755
N3 B 0, 0.612, 1.373, 2.135, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.373 std_dev=0.761
O4 B 0, 0.579, 1.385, 2.191, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.385 std_dev=0.806
C5' A 0, 0.958, 1.832, 2.706, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.832 std_dev=0.874

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.14 0.20 0.14
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.17 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.06 0.15 0.29 0.27 0.34 0.29
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.31 0.26 0.31 0.26
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.17 0.15 0.12
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.08 0.26 0.20 0.29 0.23
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.12 0.17 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.13 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.25 0.18 0.28 0.21
C5' 0.05 0.20 0.07 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.06 0.25 0.13 0.19 0.08 0.21 0.10 0.06 0.02 0.02 0.01 0.24 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.26 0.21 0.31 0.24
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.07 0.06 0.21 0.12 0.22 0.14
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.12 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.12 0.28 0.25 0.33 0.28
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.16 0.28 0.26 0.32 0.27
N6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.25 0.19 0.29 0.22
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.04 0.22 0.14 0.24 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.23 0.16 0.25 0.18
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.06 0.05 0.14 0.11 0.14 0.04 0.11 0.04 0.00 0.06 0.02 0.31 0.25 0.35 0.26
O3' 0.05 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.13 0.04
O4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.06 0.12 0.16 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.12 0.11 0.07
O5' 0.19 0.29 0.31 0.16 0.26 0.02 0.25 0.01 0.26 0.21 0.28 0.28 0.25 0.22 0.23 0.31 0.04 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.27 0.26 0.17 0.20 0.09 0.18 0.24 0.21 0.12 0.25 0.26 0.19 0.14 0.16 0.25 0.05 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.34 0.31 0.15 0.29 0.13 0.28 0.22 0.31 0.22 0.33 0.32 0.29 0.24 0.25 0.35 0.13 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.29 0.26 0.12 0.23 0.03 0.21 0.01 0.24 0.14 0.28 0.27 0.22 0.17 0.18 0.26 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.13 0.14 0.15 0.11 0.15 0.11 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.13 0.19 0.10 0.18 0.12 0.12 0.18 0.12
C2 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.15 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.14 0.09 0.15 0.09 0.14 0.13 0.08
C2' 0.20 0.17 0.17 0.17 0.15 0.20 0.14 0.20 0.16 0.17 0.16 0.17 0.18 0.18 0.14 0.23 0.15 0.13 0.22 0.16
C3' 0.22 0.24 0.22 0.23 0.23 0.21 0.21 0.20 0.21 0.22 0.24 0.24 0.20 0.24 0.23 0.22 0.22 0.23 0.30 0.26
C4 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.16 0.10 0.15 0.09 0.12 0.14 0.08
C4' 0.31 0.33 0.33 0.35 0.30 0.31 0.28 0.31 0.29 0.31 0.32 0.34 0.30 0.37 0.29 0.30 0.33 0.36 0.38 0.36
C5 0.11 0.12 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.16 0.10 0.11 0.12 0.13 0.09 0.15 0.14 0.15 0.09 0.15 0.12 0.08
C5' 0.59 0.63 0.61 0.63 0.61 0.59 0.58 0.61 0.59 0.61 0.63 0.64 0.56 0.63 0.59 0.58 0.63 0.66 0.66 0.66
C6 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.12 0.11 0.17 0.10 0.11 0.13 0.13 0.08 0.13 0.16 0.15 0.10 0.17 0.12 0.09
C8 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.16 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.18 0.12 0.16 0.09 0.12 0.14 0.07
N1 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.16 0.10 0.10 0.11 0.13 0.09 0.13 0.13 0.15 0.09 0.16 0.12 0.08
N3 0.12 0.11 0.11 0.12 0.09 0.13 0.10 0.15 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.16 0.09 0.15 0.10 0.12 0.14 0.08
N6 0.09 0.14 0.07 0.07 0.17 0.12 0.14 0.18 0.11 0.11 0.16 0.15 0.08 0.11 0.21 0.15 0.12 0.19 0.14 0.12
N7 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.12 0.12 0.17 0.11 0.11 0.13 0.13 0.10 0.16 0.16 0.15 0.10 0.16 0.13 0.09
N9 0.13 0.12 0.13 0.13 0.10 0.13 0.10 0.15 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.18 0.10 0.16 0.10 0.11 0.15 0.09
O2' 0.38 0.31 0.31 0.29 0.25 0.38 0.27 0.38 0.32 0.33 0.27 0.32 0.34 0.26 0.23 0.43 0.31 0.28 0.18 0.26
O3' 0.21 0.19 0.19 0.18 0.17 0.19 0.18 0.18 0.19 0.20 0.18 0.20 0.18 0.19 0.17 0.23 0.17 0.15 0.17 0.16
O4' 0.20 0.19 0.22 0.24 0.16 0.20 0.16 0.19 0.17 0.19 0.18 0.21 0.20 0.28 0.15 0.19 0.20 0.22 0.27 0.22
O5' 0.18 0.16 0.17 0.16 0.14 0.18 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.18 0.18 0.16 0.13 0.20 0.13 0.10 0.09 0.09
OP1 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.12 0.12 0.11 0.11 0.18 0.17 0.14
OP2 0.14 0.17 0.12 0.13 0.19 0.13 0.19 0.15 0.17 0.16 0.18 0.17 0.10 0.12 0.20 0.15 0.18 0.29 0.28 0.25
P 0.12 0.13 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.13 0.15 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12 0.18 0.18 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.06 0.08 0.15 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.13 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.08 0.07 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.09 0.13 0.20 0.12
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.09 0.13 0.18 0.12
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.07 0.09 0.14 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.07 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.07 0.11 0.18 0.11
O2 0.01 0.00 0.13 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.14 0.01 0.06 0.06 0.07 0.14 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.13 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.09 0.07 0.05
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.08 0.14 0.06 0.00 0.08 0.02 0.10 0.14 0.14 0.12
O4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.10 0.16 0.22 0.14
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03 0.10 0.06
O5' 0.04 0.06 0.05 0.07 0.09 0.01 0.09 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.10 0.10 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.08 0.08 0.09 0.13 0.05 0.13 0.03 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.14 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.15 0.07 0.08 0.20 0.02 0.18 0.01 0.14 0.12 0.18 0.14 0.07 0.14 0.22 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.06 0.08 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.07 0.11 0.08 0.05 0.12 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00