ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48152

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.013, 0.037, 0.060, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.019, 0.058, 0.098, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.058 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.016, 0.066, 0.116, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.066 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.017, 0.070, 0.123, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.070 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.010, 0.064, 0.119, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.064 std_dev=0.054
C5' A 0, 0.031, 0.109, 0.188, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.109 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.039, 0.117, 0.196, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.117 std_dev=0.078
O5' A 0, 0.040, 0.136, 0.232, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.136 std_dev=0.096
P A 0, 0.088, 0.195, 0.302, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.195 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.068, 0.176, 0.284, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.176 std_dev=0.108
O3' B 0, 0.107, 0.219, 0.331, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.219 std_dev=0.112
P B 0, 0.101, 0.213, 0.326, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.213 std_dev=0.113
OP2 B 0, 0.101, 0.222, 0.343, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.222 std_dev=0.121
OP1 B 0, 0.090, 0.211, 0.332, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.211 std_dev=0.121
O5' B 0, 0.108, 0.230, 0.351, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.230 std_dev=0.122
C3' B 0, 0.105, 0.235, 0.365, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.235 std_dev=0.130
C5' B 0, 0.115, 0.248, 0.380, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.248 std_dev=0.133
C4' B 0, 0.123, 0.265, 0.406, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.265 std_dev=0.141
OP2 A 0, 0.076, 0.222, 0.368, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.222 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.117, 0.270, 0.423, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.270 std_dev=0.153
C2' B 0, 0.113, 0.271, 0.430, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.271 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.132, 0.291, 0.449, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.291 std_dev=0.159
OP1 A 0, 0.134, 0.294, 0.453, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.294 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.113, 0.275, 0.436, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.275 std_dev=0.161
C1' B 0, 0.133, 0.300, 0.466, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.300 std_dev=0.167
N1 B 0, 0.124, 0.294, 0.464, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.294 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.120, 0.316, 0.512, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.316 std_dev=0.196
C2 B 0, 0.131, 0.349, 0.567, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.349 std_dev=0.218
O4 B 0, 0.128, 0.352, 0.576, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.352 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.129, 0.359, 0.589, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.359 std_dev=0.230
O2' B 0, 0.135, 0.373, 0.611, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.373 std_dev=0.238
O2 B 0, 0.134, 0.391, 0.649, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.391 std_dev=0.258

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.08 0.08 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
C5' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.06 0.07 0.07 0.05
N1 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.08 0.08 0.07
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06
N6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.06 0.08 0.07 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.07 0.06 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
O5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05
C2 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07
C2' 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.05 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05
C3' 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05 0.09 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
C4 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07
C4' 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.06 0.04 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.09 0.06 0.06
C5 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07
C5' 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.11 0.05 0.05
C6 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08
C8 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07
N1 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08
N3 0.08 0.05 0.07 0.08 0.06 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07
N6 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08
N7 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07
N9 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06
O2' 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.04 0.09 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06
O3' 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
O4' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07
O5' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.12 0.09 0.09
OP1 0.08 0.07 0.07 0.04 0.09 0.03 0.11 0.02 0.12 0.09 0.07 0.08 0.07 0.01 0.09 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04
OP2 0.06 0.05 0.07 0.02 0.06 0.03 0.08 0.05 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.02 0.07 0.03 0.05 0.13 0.08 0.07
P 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.10 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04
O2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.06 0.04 0.05 0.08 0.04 0.06
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03
O4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.08 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00