ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48154

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.036, 0.080, 0.124, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.080 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.054, 0.112, 0.171, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.112 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.073, 0.146, 0.219, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.146 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.103, 0.214, 0.325, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.214 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.113, 0.229, 0.345, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.229 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.139, 0.318, 0.497, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.318 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.173, 0.357, 0.542, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.357 std_dev=0.185
C5' B 0, 0.095, 0.287, 0.478, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.287 std_dev=0.192
OP2 B 0, 0.200, 0.406, 0.612, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.406 std_dev=0.206
O5' A 0, 0.198, 0.412, 0.625, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.412 std_dev=0.213
O5' B 0, 0.066, 0.280, 0.494, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.280 std_dev=0.214
P B 0, 0.143, 0.360, 0.578, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.360 std_dev=0.218
P A 0, 0.151, 0.386, 0.621, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.386 std_dev=0.235
OP1 A 0, 0.174, 0.418, 0.663, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.418 std_dev=0.244
OP2 A 0, 0.121, 0.374, 0.628, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.374 std_dev=0.253
OP1 B 0, 0.243, 0.555, 0.867, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.555 std_dev=0.312
O4 B 0, 0.229, 0.575, 0.922, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.575 std_dev=0.346
C4' B 0, 0.064, 0.417, 0.770, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.417 std_dev=0.353
C4 B 0, 0.209, 0.577, 0.946, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.577 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.332, 0.707, 1.081, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.707 std_dev=0.374
O3' B 0, 0.238, 0.615, 0.991, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.615 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.161, 0.558, 0.955, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.558 std_dev=0.397
C6 B 0, 0.304, 0.707, 1.110, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.707 std_dev=0.403
N3 B 0, 0.061, 0.490, 0.920, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.490 std_dev=0.430
O2 B 0, 0.201, 0.633, 1.066, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.633 std_dev=0.433
O4' B 0, 0.042, 0.477, 0.912, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.477 std_dev=0.435
C2 B 0, 0.075, 0.536, 0.997, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.536 std_dev=0.461
N1 B 0, 0.145, 0.607, 1.069, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.607 std_dev=0.462
C1' B 0, 0.115, 0.634, 1.152, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.634 std_dev=0.518
C2' B 0, 0.170, 0.725, 1.281, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.725 std_dev=0.556
O2' B 0, 0.156, 0.834, 1.511, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.834 std_dev=0.677

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.11 0.04 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.03 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.12 0.06 0.09
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.14 0.07 0.10
C8 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.14 0.05 0.09
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.08 0.03 0.04
N6 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.16 0.09 0.12
N7 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.11 0.08 0.09
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.04 0.06
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.11 0.03 0.02 0.08 0.02 0.12 0.00 0.14 0.08 0.14 0.08 0.16 0.11 0.05 0.08 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.03 0.09 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.10 0.07 0.09 0.04 0.12 0.09 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.12 0.04 0.10 0.02 0.02 0.09 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01
C2 0.02 0.04 0.06 0.07 0.12 0.05 0.18 0.06 0.13 0.04 0.04 0.09 0.04 0.09 0.15 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04
C2' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.04 0.07 0.01 0.04 0.11 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01
C3' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.06 0.02 0.14 0.02 0.12 0.01 0.04 0.12 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
C4 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.06 0.14 0.07 0.10 0.01 0.02 0.12 0.05 0.06 0.10 0.08 0.06 0.04 0.06 0.04
C4' 0.01 0.03 0.06 0.06 0.09 0.01 0.17 0.01 0.14 0.04 0.02 0.08 0.03 0.07 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.12 0.11 0.12 0.07 0.05 0.05 0.17 0.11 0.08 0.08 0.13 0.10 0.07 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.04 0.05 0.11 0.00 0.19 0.01 0.15 0.04 0.02 0.09 0.02 0.06 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.13 0.12 0.13 0.07 0.05 0.05 0.18 0.12 0.08 0.09 0.14 0.10 0.08 0.11 0.08
C8 0.11 0.12 0.10 0.09 0.03 0.13 0.09 0.13 0.06 0.07 0.08 0.18 0.13 0.09 0.04 0.14 0.11 0.07 0.08 0.07
N1 0.06 0.06 0.05 0.05 0.09 0.09 0.15 0.10 0.10 0.01 0.02 0.14 0.07 0.07 0.13 0.10 0.08 0.06 0.09 0.06
N3 0.02 0.04 0.07 0.08 0.12 0.03 0.18 0.04 0.14 0.05 0.05 0.08 0.05 0.10 0.15 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02
N6 0.15 0.14 0.12 0.11 0.04 0.17 0.10 0.16 0.06 0.09 0.08 0.22 0.17 0.12 0.07 0.18 0.13 0.11 0.14 0.11
N7 0.14 0.14 0.12 0.11 0.03 0.16 0.09 0.15 0.06 0.09 0.09 0.21 0.16 0.12 0.05 0.17 0.12 0.09 0.11 0.10
N9 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.12 0.07 0.08 0.02 0.03 0.13 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06 0.03 0.04 0.04
O2' 0.04 0.04 0.08 0.09 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.04 0.07 0.08 0.11 0.03 0.04 0.05 0.04 0.09 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.15 0.00 0.12 0.01 0.05 0.12 0.01 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.02 0.03 0.07 0.07 0.10 0.02 0.17 0.02 0.13 0.04 0.03 0.07 0.04 0.09 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
O5' 0.01 0.02 0.05 0.05 0.10 0.00 0.18 0.01 0.13 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.12 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01
OP1 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.01 0.16 0.02 0.12 0.04 0.02 0.07 0.03 0.07 0.12 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
OP2 0.02 0.02 0.05 0.06 0.13 0.01 0.20 0.02 0.15 0.05 0.03 0.09 0.03 0.07 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
P 0.02 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.18 0.01 0.14 0.04 0.02 0.08 0.02 0.07 0.14 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.16 0.09 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.09 0.07 0.11 0.10
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.10 0.06 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.13 0.07 0.07
O2 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.07 0.23 0.16 0.15
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01
O4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.06
O5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.16 0.08 0.05 0.05 0.06 0.07 0.01 0.06 0.07 0.13 0.23 0.10 0.05 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.11 0.00 0.09 0.02 0.07 0.16 0.06 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.01 0.03 0.03 0.10 0.00 0.09 0.02 0.07 0.15 0.05 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00