ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48155

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.013, 0.048, 0.083, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.048 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.052 std_dev=0.038
C5' B 0, 0.001, 0.039, 0.078, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.039 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.021, 0.077, 0.134, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.077 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.014, 0.071, 0.128, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.071 std_dev=0.057
OP2 B 0, 0.018, 0.079, 0.140, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.079 std_dev=0.061
C3' B 0, 0.029, 0.107, 0.185, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.107 std_dev=0.078
C4' B 0, 0.026, 0.104, 0.183, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.104 std_dev=0.078
O3' B 0, 0.029, 0.119, 0.209, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.119 std_dev=0.090
P B 0, 0.012, 0.102, 0.192, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.102 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.013, 0.110, 0.208, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.110 std_dev=0.097
OP1 A 0, 0.032, 0.132, 0.232, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.132 std_dev=0.100
P A 0, 0.043, 0.148, 0.254, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.148 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.040, 0.152, 0.264, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.152 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.004, 0.119, 0.234, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.119 std_dev=0.115
OP1 B 0, 0.042, 0.173, 0.304, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.173 std_dev=0.131
C2' B 0, 0.055, 0.188, 0.321, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.188 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.055, 0.189, 0.322, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.189 std_dev=0.133
C2 B 0, 0.056, 0.191, 0.326, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.191 std_dev=0.135
O2 B 0, 0.056, 0.192, 0.329, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.192 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.058, 0.198, 0.338, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.198 std_dev=0.140
N1 B 0, 0.060, 0.206, 0.352, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.206 std_dev=0.146
O4' B 0, 0.061, 0.211, 0.360, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.211 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.062, 0.212, 0.361, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.212 std_dev=0.150
O4 B 0, 0.060, 0.212, 0.364, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.212 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.063, 0.216, 0.369, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.216 std_dev=0.153
O5' B 0, 0.043, 0.197, 0.352, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.197 std_dev=0.154
OP2 A 0, 0.064, 0.220, 0.375, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.220 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.065, 0.221, 0.377, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.221 std_dev=0.156
O2' B 0, 0.078, 0.274, 0.470, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.274 std_dev=0.196

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.06 0.21 0.07 0.01 0.06
C2 0.08 0.07 0.06 0.03 0.08 0.03 0.08 0.02 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.03 0.08 0.09 0.08 0.12 0.03 0.02
C2' 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.05 0.23 0.05 0.02 0.07
C3' 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.22 0.03 0.05 0.05
C4 0.07 0.06 0.04 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.08 0.07 0.06 0.05 0.05 0.01 0.08 0.08 0.11 0.12 0.02 0.03
C4' 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.08 0.06 0.19 0.04 0.05 0.04
C5 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.13 0.03 0.01
C5' 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.11 0.09 0.13 0.03 0.09 0.00
C6 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.01 0.13 0.04 0.01
C8 0.05 0.05 0.03 0.02 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.08 0.06 0.10 0.13 0.01 0.02
N1 0.08 0.07 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.08 0.03 0.13 0.04 0.01
N3 0.08 0.06 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.03 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.01 0.08 0.08 0.12 0.11 0.02 0.03
N6 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.02 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.05 0.13 0.05 0.01
N7 0.04 0.06 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.06 0.02 0.14 0.02 0.01
N9 0.06 0.05 0.04 0.02 0.07 0.04 0.08 0.04 0.08 0.06 0.06 0.04 0.04 0.01 0.08 0.07 0.16 0.11 0.01 0.04
O2' 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.25 0.04 0.02 0.09
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.24 0.03 0.04 0.06
O4' 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.08 0.07 0.19 0.06 0.02 0.05
O5' 0.10 0.10 0.07 0.07 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.05 0.05 0.12 0.11 0.08 0.07 0.10 0.03
OP1 0.05 0.05 0.03 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.08 0.06 0.11 0.01 0.03 0.02
OP2 0.08 0.08 0.06 0.06 0.11 0.07 0.11 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07 0.06 0.06 0.12 0.08 0.13 0.07 0.07 0.04
P 0.06 0.07 0.04 0.04 0.09 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.09 0.07 0.12 0.03 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.12 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.04 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.16 0.10 0.06 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.10 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.17 0.10 0.07 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.16 0.10 0.05 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.11 0.04 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.10 0.05 0.06
O2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.09 0.05 0.04
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.06 0.03 0.04
O4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.16 0.10 0.07 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.12 0.05 0.02
O5' 0.10 0.13 0.01 0.03 0.16 0.00 0.17 0.00 0.16 0.14 0.15 0.12 0.05 0.11 0.16 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.06 0.10 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00