ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48157

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.034, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.011, 0.037, 0.064, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.016, 0.057, 0.099, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.057 std_dev=0.041
C4 A 0, 0.004, 0.051, 0.098, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.051 std_dev=0.047
C2 A 0, 0.016, 0.065, 0.115, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.065 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.017, 0.068, 0.119, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.068 std_dev=0.051
N3 A 0, 0.007, 0.061, 0.114, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.061 std_dev=0.053
N1 A 0, 0.005, 0.059, 0.113, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.059 std_dev=0.054
N9 A 0, 0.007, 0.062, 0.118, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.062 std_dev=0.055
N6 A 0, 0.026, 0.094, 0.163, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.094 std_dev=0.069
C1' A 0, 0.004, 0.081, 0.158, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.081 std_dev=0.077
OP1 B 0, 0.148, 0.542, 0.936, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.542 std_dev=0.394
O5' B 0, 0.030, 0.494, 0.958, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.494 std_dev=0.464
P B 0, 0.040, 0.518, 0.996, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.518 std_dev=0.478
OP2 B 0, 0.027, 0.588, 1.149, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.588 std_dev=0.561
C5' B 0, -0.064, 0.732, 1.528, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.732 std_dev=0.796
C2' A 0, -0.223, 0.764, 1.750, 2.157 max_d=2.157 avg_d=0.764 std_dev=0.986
O4' A 0, -0.309, 0.864, 2.037, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.864 std_dev=1.173
O2' A 0, -0.295, 0.990, 2.276, 2.806 max_d=2.806 avg_d=0.990 std_dev=1.285
C3' A 0, -0.352, 1.139, 2.629, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.139 std_dev=1.491
O3' A 0, -0.351, 1.177, 2.705, 3.335 max_d=3.335 avg_d=1.177 std_dev=1.528
C4' B 0, -0.260, 1.316, 2.891, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.316 std_dev=1.576
C2' B 0, -0.284, 1.394, 3.072, 3.754 max_d=3.754 avg_d=1.394 std_dev=1.678
C3' B 0, -0.306, 1.415, 3.135, 3.837 max_d=3.837 avg_d=1.415 std_dev=1.721
C4' A 0, -0.435, 1.298, 3.031, 3.748 max_d=3.748 avg_d=1.298 std_dev=1.733
O2 B 0, -0.267, 1.737, 3.741, 4.545 max_d=4.545 avg_d=1.737 std_dev=2.004
O4' B 0, -0.397, 1.742, 3.880, 4.754 max_d=4.754 avg_d=1.742 std_dev=2.138
C2 B 0, -0.325, 1.826, 3.977, 4.846 max_d=4.846 avg_d=1.826 std_dev=2.151
C1' B 0, -0.428, 1.839, 4.106, 5.033 max_d=5.033 avg_d=1.839 std_dev=2.267
O2' B 0, -0.465, 1.845, 4.154, 5.101 max_d=5.101 avg_d=1.845 std_dev=2.309
N1 B 0, -0.448, 1.923, 4.293, 5.263 max_d=5.263 avg_d=1.923 std_dev=2.371
N3 B 0, -0.370, 2.004, 4.377, 5.338 max_d=5.338 avg_d=2.004 std_dev=2.373
O3' B 0, -0.587, 2.110, 4.806, 5.916 max_d=5.916 avg_d=2.110 std_dev=2.697
C5' A 0, -0.717, 2.010, 4.737, 5.866 max_d=5.866 avg_d=2.010 std_dev=2.727
C6 B 0, -0.660, 2.280, 5.219, 6.430 max_d=6.430 avg_d=2.280 std_dev=2.939
C4 B 0, -0.576, 2.435, 5.447, 6.679 max_d=6.679 avg_d=2.435 std_dev=3.012
O4 B 0, -0.562, 2.735, 6.032, 7.373 max_d=7.373 avg_d=2.735 std_dev=3.297
C5 B 0, -0.760, 2.588, 5.935, 7.315 max_d=7.315 avg_d=2.588 std_dev=3.348
O5' A 0, -0.876, 2.646, 6.169, 7.625 max_d=7.625 avg_d=2.646 std_dev=3.523
OP1 A 0, -1.049, 2.981, 7.011, 8.679 max_d=8.679 avg_d=2.981 std_dev=4.030
P A 0, -1.065, 3.114, 7.294, 9.022 max_d=9.022 avg_d=3.114 std_dev=4.180
OP2 A 0, -1.109, 3.238, 7.585, 9.383 max_d=9.383 avg_d=3.238 std_dev=4.347

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.09 0.02 0.10 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.28 0.00 0.05 0.67 0.33 0.04
C2 0.09 0.00 0.48 0.32 0.02 0.39 0.02 0.45 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.08 0.68 0.47 0.03 0.96 0.60
C2' 0.00 0.48 0.00 0.01 0.26 0.00 0.12 0.16 0.21 0.24 0.36 0.46 0.14 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.17 0.26 0.53 0.19
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.33 0.00 0.41 0.01 0.42 0.33 0.38 0.26 0.45 0.41 0.27 0.01 0.00 0.00 0.10 0.13 0.32 0.11
C4 0.06 0.02 0.26 0.33 0.00 0.08 0.03 0.08 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.07 0.35 0.08 0.53 0.63 0.14
C4' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.04 0.44 0.25 0.39 0.05 0.37 0.13 0.26 0.03 0.01 0.02 0.49 0.08 0.08
C5 0.05 0.02 0.12 0.41 0.03 0.09 0.00 0.18 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.19 0.18 0.18 0.18 0.79 0.52 0.10
C5' 0.04 0.45 0.16 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.63 0.26 0.45 0.16 0.56 0.17 0.08 0.13 0.03 0.01 0.38 0.35 0.03
C6 0.09 0.01 0.21 0.42 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.08 0.20 0.35 0.03 0.58 0.69 0.10
C8 0.02 0.02 0.24 0.33 0.01 0.44 0.01 0.63 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.56 0.11 0.33 0.59 1.30 0.13 0.59
N1 0.10 0.01 0.36 0.38 0.03 0.25 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.16 0.16 0.55 0.26 0.22 0.89 0.42
N3 0.09 0.01 0.46 0.26 0.00 0.39 0.02 0.45 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.01 0.37 0.02 0.67 0.46 0.08 0.87 0.54
N6 0.08 0.01 0.14 0.45 0.05 0.05 0.03 0.16 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.06 0.20 0.27 0.26 0.19 0.73 0.63 0.05
N7 0.02 0.01 0.11 0.41 0.03 0.37 0.01 0.56 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.48 0.21 0.15 0.56 1.24 0.22 0.52
N9 0.01 0.01 0.01 0.27 0.01 0.13 0.03 0.17 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.20 0.02 0.01 0.15 0.82 0.39 0.14
O2' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.04 0.26 0.19 0.08 0.08 0.56 0.16 0.37 0.20 0.48 0.20 0.00 0.10 0.24 0.12 0.61 0.07 0.18
O3' 0.28 0.08 0.05 0.00 0.07 0.03 0.18 0.13 0.20 0.11 0.16 0.02 0.27 0.21 0.02 0.10 0.00 0.19 0.18 0.20 0.23 0.19
O4' 0.00 0.68 0.00 0.00 0.35 0.01 0.18 0.03 0.35 0.33 0.55 0.67 0.26 0.15 0.01 0.24 0.19 0.00 0.01 0.82 0.16 0.15
O5' 0.05 0.47 0.17 0.10 0.08 0.02 0.18 0.01 0.03 0.59 0.26 0.46 0.19 0.56 0.15 0.12 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.67 0.03 0.26 0.13 0.53 0.49 0.79 0.38 0.58 1.30 0.22 0.08 0.73 1.24 0.82 0.61 0.20 0.82 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.96 0.53 0.32 0.63 0.08 0.52 0.35 0.69 0.13 0.89 0.87 0.63 0.22 0.39 0.07 0.23 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.60 0.19 0.11 0.14 0.08 0.10 0.03 0.10 0.59 0.42 0.54 0.05 0.52 0.14 0.18 0.19 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.61 0.58 0.74 0.14 0.39 0.58 0.09 0.49 0.15 0.39 1.16 0.79 1.02 0.18 0.17 0.07 0.02 0.03 0.01
C2 0.30 0.09 0.02 0.07 0.50 0.20 0.92 0.11 0.89 0.38 0.04 0.57 0.08 0.06 0.49 0.41 0.11 0.07 0.16 0.13
C2' 0.03 0.19 0.09 0.34 0.60 0.12 1.02 0.30 0.90 0.25 0.07 0.73 0.29 0.78 0.65 0.09 0.60 0.88 0.89 0.78
C3' 1.13 1.19 1.14 1.43 0.35 1.24 0.06 0.72 0.14 0.80 0.90 1.70 1.33 1.95 0.26 1.03 0.28 0.20 0.31 0.10
C4 0.17 0.22 0.10 0.19 0.43 0.10 0.87 0.11 0.84 0.28 0.07 0.74 0.21 0.24 0.42 0.31 0.08 0.03 0.10 0.08
C4' 1.74 1.74 1.93 2.21 0.87 1.79 0.50 1.21 0.70 1.38 1.43 2.26 2.21 2.72 0.75 1.51 0.90 0.61 0.44 0.58
C5 0.40 0.08 0.11 0.07 0.50 0.33 0.95 0.18 0.96 0.44 0.03 0.59 0.05 0.13 0.46 0.52 0.10 0.10 0.21 0.17
C5' 2.41 2.31 2.61 2.97 1.34 2.53 0.98 1.86 1.24 1.97 1.93 2.83 2.87 3.49 1.18 2.17 1.45 1.02 0.75 0.95
C6 0.59 0.10 0.27 0.25 0.59 0.48 1.03 0.22 1.05 0.59 0.17 0.38 0.25 0.40 0.54 0.69 0.11 0.12 0.26 0.20
C8 0.09 0.35 0.16 0.26 0.32 0.04 0.80 0.11 0.79 0.19 0.19 0.92 0.27 0.32 0.31 0.23 0.08 0.06 0.10 0.09
N1 0.51 0.07 0.20 0.16 0.59 0.40 1.01 0.18 1.01 0.54 0.16 0.39 0.16 0.28 0.56 0.61 0.11 0.09 0.22 0.17
N3 0.14 0.20 0.13 0.23 0.44 0.06 0.87 0.09 0.82 0.27 0.04 0.71 0.25 0.31 0.45 0.28 0.08 0.02 0.06 0.06
N6 0.84 0.30 0.49 0.50 0.70 0.71 1.12 0.29 1.18 0.78 0.32 0.14 0.51 0.76 0.62 0.91 0.12 0.16 0.33 0.25
N7 0.39 0.14 0.11 0.08 0.44 0.34 0.92 0.21 0.95 0.41 0.03 0.69 0.05 0.14 0.40 0.52 0.10 0.15 0.24 0.20
N9 0.03 0.39 0.27 0.40 0.32 0.09 0.77 0.06 0.72 0.12 0.20 0.93 0.42 0.54 0.33 0.13 0.08 0.01 0.03 0.03
O2' 0.42 0.24 0.38 0.19 0.94 0.40 1.33 0.82 1.24 0.65 0.45 0.26 0.17 0.29 0.98 0.53 1.09 1.19 1.17 1.11
O3' 1.32 1.33 1.23 1.47 0.60 1.33 0.27 0.72 0.43 1.02 1.08 1.76 1.44 2.07 0.51 1.22 0.26 0.25 0.31 0.13
O4' 1.22 1.36 1.53 1.73 0.53 1.24 0.13 0.83 0.27 0.94 1.09 1.90 1.80 2.06 0.45 0.95 0.73 0.72 0.60 0.64
O5' 3.03 2.76 3.17 3.53 1.80 3.03 1.50 2.12 1.83 2.53 2.36 3.22 3.51 4.32 1.60 2.73 1.61 1.02 0.77 0.99
OP1 3.87 3.64 4.28 4.54 2.52 3.67 2.18 2.77 2.55 3.35 3.18 4.17 4.81 5.22 2.28 3.37 2.47 2.15 1.86 2.01
OP2 2.75 2.24 2.98 3.23 1.25 2.46 1.07 1.35 1.50 2.15 1.78 2.63 3.63 4.33 0.98 2.22 0.85 0.35 0.05 0.16
P 3.51 3.13 3.79 4.11 2.10 3.31 1.84 2.28 2.23 2.94 2.68 3.57 4.30 5.05 1.85 3.03 1.85 1.32 1.04 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.05 0.07 0.01 0.13 0.39 0.05 0.01
C2 0.06 0.00 0.20 0.19 0.03 0.25 0.01 0.50 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.10 0.06 0.14 0.67 0.85 0.72 0.65
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.05 0.01 0.20 0.05 0.25 0.02 0.11 0.35 0.01 0.03 0.05 0.02 0.11 0.64 0.31 0.26
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.05 0.01 0.21 0.05 0.25 0.02 0.12 0.37 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.80 0.39 0.36
C4 0.05 0.03 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.10 0.02 0.04 0.12 0.06 0.37 0.30
C4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.04 0.00 0.22 0.03 0.27 0.01 0.17 0.46 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.43 0.10 0.09
C5 0.01 0.01 0.20 0.21 0.01 0.22 0.00 0.45 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.14 0.69 0.66 1.16 0.99
C5' 0.05 0.50 0.05 0.05 0.05 0.03 0.45 0.00 0.54 0.04 0.37 0.97 0.06 0.05 0.03 0.05 0.02 0.12 0.03 0.04
C6 0.01 0.01 0.25 0.25 0.02 0.27 0.01 0.54 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.17 0.82 0.63 1.14 1.01
N1 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.13 0.19 0.16 0.14
N3 0.06 0.02 0.11 0.12 0.02 0.17 0.01 0.37 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.11 0.05 0.08 0.51 0.60 0.46 0.41
O2 0.11 0.01 0.35 0.37 0.03 0.46 0.02 0.97 0.03 0.04 0.02 0.00 0.06 0.16 0.08 0.24 1.37 1.56 1.61 1.46
O2' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.07 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.00 0.03 0.09 0.03 0.10 0.80 0.45 0.36
O3' 0.05 0.10 0.03 0.02 0.10 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.11 0.16 0.03 0.00 0.12 0.04 0.08 0.90 0.41 0.38
O4 0.07 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.08 0.09 0.12 0.00 0.05 0.08 0.07 0.34 0.27
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.05 0.17 0.01 0.08 0.24 0.03 0.04 0.05 0.00 0.13 0.20 0.14 0.14
O5' 0.13 0.67 0.11 0.07 0.12 0.06 0.69 0.02 0.82 0.13 0.51 1.37 0.10 0.08 0.08 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02
OP1 0.39 0.85 0.64 0.80 0.06 0.43 0.66 0.12 0.63 0.19 0.60 1.56 0.80 0.90 0.07 0.20 0.00 0.00 0.02 0.02
OP2 0.05 0.72 0.31 0.39 0.37 0.10 1.16 0.03 1.14 0.16 0.46 1.61 0.45 0.41 0.34 0.14 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.65 0.26 0.36 0.30 0.09 0.99 0.04 1.01 0.14 0.41 1.46 0.36 0.38 0.27 0.14 0.02 0.02 0.00 0.00