ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48158

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.003, 0.014, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.018
N1 A 0, -0.002, 0.016, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.006, 0.019, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.026
N9 A 0, -0.005, 0.022, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.002, 0.030, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.028
N7 A 0, -0.007, 0.027, 0.061, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.034
C8 A 0, -0.009, 0.034, 0.077, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.034 std_dev=0.043
O2' A 0, -0.010, 0.072, 0.154, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.072 std_dev=0.082
O4' A 0, -0.014, 0.077, 0.169, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.077 std_dev=0.092
C2' A 0, -0.018, 0.092, 0.202, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.092 std_dev=0.110
C4' A 0, -0.041, 0.163, 0.367, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.163 std_dev=0.204
C3' A 0, -0.050, 0.190, 0.431, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.190 std_dev=0.241
C5' A 0, -0.041, 0.200, 0.442, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.200 std_dev=0.242
OP1 B 0, -0.078, 0.293, 0.665, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.293 std_dev=0.371
O3' A 0, -0.089, 0.326, 0.741, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.326 std_dev=0.415
O5' A 0, -0.082, 0.335, 0.752, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.335 std_dev=0.417
P A 0, -0.067, 0.367, 0.802, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.367 std_dev=0.434
P B 0, -0.113, 0.331, 0.774, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.331 std_dev=0.444
C5' B 0, -0.113, 0.387, 0.888, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.387 std_dev=0.500
OP2 A 0, -0.081, 0.423, 0.927, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.423 std_dev=0.504
OP2 B 0, -0.135, 0.378, 0.892, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.378 std_dev=0.513
O5' B 0, -0.140, 0.387, 0.915, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.387 std_dev=0.528
C4' B 0, -0.120, 0.467, 1.054, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.467 std_dev=0.587
OP1 A 0, -0.113, 0.510, 1.134, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.510 std_dev=0.623
O4' B 0, -0.128, 0.503, 1.133, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.503 std_dev=0.631
C3' B 0, -0.153, 0.554, 1.262, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.554 std_dev=0.707
O3' B 0, -0.156, 0.580, 1.316, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.580 std_dev=0.736
C1' B 0, -0.157, 0.599, 1.354, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.599 std_dev=0.755
O4 B 0, -0.212, 0.564, 1.340, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.564 std_dev=0.776
C2 B 0, -0.178, 0.603, 1.383, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.603 std_dev=0.781
N1 B 0, -0.172, 0.610, 1.392, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.610 std_dev=0.782
N3 B 0, -0.185, 0.599, 1.383, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.599 std_dev=0.784
C2' B 0, -0.163, 0.626, 1.415, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.626 std_dev=0.789
O2' B 0, -0.144, 0.647, 1.437, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.647 std_dev=0.790
O2 B 0, -0.182, 0.610, 1.402, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.610 std_dev=0.792
C4 B 0, -0.193, 0.603, 1.399, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.603 std_dev=0.796
C6 B 0, -0.181, 0.630, 1.441, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.630 std_dev=0.811
C5 B 0, -0.190, 0.626, 1.443, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.626 std_dev=0.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.06 0.17 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.24 0.02 0.01 0.00 0.15 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.16 0.07 0.18 0.15 0.16 0.11 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.01 0.06 0.06 0.06 0.01
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.10 0.11 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.16 0.01 0.11 0.12 0.04 0.04
C5' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.10 0.11 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.16 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.21 0.01 0.10 0.12 0.07 0.04
C8 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.12 0.15 0.03 0.06
N1 0.00 0.00 0.07 0.18 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.25 0.00 0.06 0.06 0.13 0.01
N3 0.00 0.00 0.04 0.15 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.19 0.03 0.00 0.01 0.12 0.06
N6 0.00 0.01 0.08 0.16 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.22 0.03 0.14 0.17 0.05 0.07
N7 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.02 0.13 0.17 0.01 0.07
N9 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.00 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04 0.01 0.06
O3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.21 0.06 0.25 0.19 0.22 0.12 0.07 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02
O5' 0.06 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.10 0.12 0.06 0.00 0.14 0.13 0.08 0.07 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.12 0.15 0.06 0.01 0.17 0.17 0.09 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.15 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.13 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.10 0.05 0.10 0.06 0.08 0.05 0.07 0.02 0.02 0.05 0.12 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01
C2 0.03 0.01 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.09 0.11 0.10 0.02 0.07 0.09 0.09 0.07
C2' 0.13 0.11 0.13 0.13 0.15 0.14 0.18 0.14 0.17 0.14 0.13 0.09 0.11 0.13 0.16 0.14 0.10 0.12 0.04 0.09
C3' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.04 0.06 0.07 0.10 0.09 0.05 0.08 0.01 0.05
C4 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.08 0.07 0.04 0.08 0.09 0.12 0.09
C4' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02
C5 0.10 0.08 0.12 0.13 0.01 0.10 0.01 0.11 0.05 0.07 0.05 0.11 0.14 0.15 0.02 0.09 0.14 0.16 0.17 0.15
C5' 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.07 0.07 0.03 0.06 0.02 0.10 0.05
C6 0.11 0.09 0.15 0.16 0.02 0.12 0.02 0.13 0.05 0.08 0.05 0.12 0.17 0.19 0.02 0.09 0.15 0.17 0.16 0.15
C8 0.09 0.08 0.09 0.09 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.08 0.05 0.11 0.10 0.08 0.01 0.09 0.13 0.15 0.19 0.17
N1 0.08 0.05 0.12 0.14 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.17 0.06 0.06 0.11 0.13 0.13 0.11
N3 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.12 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
N6 0.15 0.13 0.20 0.21 0.06 0.17 0.06 0.17 0.09 0.12 0.10 0.16 0.22 0.25 0.02 0.13 0.19 0.21 0.19 0.18
N7 0.13 0.12 0.15 0.15 0.06 0.13 0.06 0.14 0.09 0.11 0.09 0.14 0.16 0.16 0.02 0.12 0.17 0.20 0.21 0.19
N9 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.12 0.09
O2' 0.16 0.14 0.16 0.16 0.18 0.16 0.22 0.17 0.21 0.17 0.15 0.10 0.14 0.17 0.18 0.16 0.14 0.17 0.11 0.14
O3' 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.09 0.04 0.08 0.02 0.04
O4' 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.10 0.02 0.04 0.02 0.10 0.05
O5' 0.13 0.06 0.18 0.18 0.02 0.14 0.02 0.13 0.08 0.09 0.01 0.08 0.19 0.19 0.08 0.12 0.14 0.11 0.14 0.12
OP1 0.29 0.20 0.34 0.34 0.11 0.28 0.18 0.25 0.25 0.24 0.14 0.21 0.35 0.35 0.03 0.26 0.26 0.20 0.24 0.21
OP2 0.18 0.14 0.22 0.22 0.09 0.16 0.12 0.13 0.16 0.16 0.11 0.15 0.22 0.22 0.05 0.15 0.17 0.11 0.19 0.14
P 0.17 0.10 0.21 0.22 0.03 0.16 0.08 0.14 0.13 0.14 0.05 0.12 0.23 0.22 0.03 0.15 0.16 0.11 0.16 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.06 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.10 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.11 0.10 0.01 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.01 0.11 0.14 0.16 0.13
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.11 0.14 0.16 0.14
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.10 0.11 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.06 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.00 0.03 0.09 0.11 0.12 0.10
O2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.13 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.14 0.12 0.03 0.00 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02
O4 0.00 0.00 0.08 0.13 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.00 0.01 0.13 0.18 0.18 0.15
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.05 0.09 0.03 0.00 0.03 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.07 0.02 0.01 0.14 0.01 0.14 0.01 0.10 0.06 0.11 0.04 0.02 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.02 0.01 0.16 0.01 0.16 0.01 0.11 0.08 0.12 0.06 0.00 0.01 0.18 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.02 0.13 0.02 0.14 0.01 0.11 0.07 0.10 0.04 0.00 0.02 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00