ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48159

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.003, 0.027, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.012, 0.040, 0.069, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.001, 0.031, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.031 std_dev=0.030
C2 A 0, -0.001, 0.030, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.031
C1' A 0, -0.001, 0.034, 0.070, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.034 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.005, 0.060, 0.114, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.060 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.058, 0.248, 0.437, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.248 std_dev=0.189
O4' A 0, 0.021, 0.226, 0.431, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.226 std_dev=0.205
C2' A 0, -0.016, 0.202, 0.420, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.202 std_dev=0.218
C3' A 0, -0.043, 0.347, 0.738, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.347 std_dev=0.390
C4' A 0, -0.048, 0.379, 0.807, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.379 std_dev=0.427
OP2 B 0, 0.149, 0.601, 1.053, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.601 std_dev=0.452
P B 0, 0.134, 0.606, 1.078, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.606 std_dev=0.472
C3' B 0, 0.194, 0.674, 1.154, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.674 std_dev=0.480
O5' B 0, 0.176, 0.659, 1.143, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.659 std_dev=0.483
O3' A 0, 0.014, 0.531, 1.048, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.531 std_dev=0.517
O3' B 0, 0.232, 0.792, 1.353, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.792 std_dev=0.561
OP1 B 0, 0.217, 0.780, 1.343, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.780 std_dev=0.563
C4' B 0, 0.235, 0.840, 1.446, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.840 std_dev=0.605
C5' A 0, -0.149, 0.617, 1.382, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.617 std_dev=0.766
C5' B 0, 0.162, 0.960, 1.757, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.960 std_dev=0.797
O4' B 0, 0.233, 1.066, 1.899, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.066 std_dev=0.833
C1' B 0, 0.133, 1.243, 2.353, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.243 std_dev=1.110
N1 B 0, 0.132, 1.255, 2.379, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.255 std_dev=1.123
C2 B 0, 0.383, 1.585, 2.787, 2.909 max_d=2.909 avg_d=1.585 std_dev=1.202
C4 B 0, 0.406, 1.631, 2.856, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.631 std_dev=1.225
C6 B 0, -0.023, 1.215, 2.452, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.215 std_dev=1.238
N3 B 0, 0.453, 1.701, 2.949, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.701 std_dev=1.248
C5 B 0, 0.201, 1.463, 2.725, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.463 std_dev=1.262
C2' B 0, 0.064, 1.363, 2.662, 3.111 max_d=3.111 avg_d=1.363 std_dev=1.299
O4 B 0, 0.527, 1.858, 3.189, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.858 std_dev=1.331
O2 B 0, 0.516, 1.893, 3.269, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.893 std_dev=1.377
O5' A 0, -0.324, 1.117, 2.559, 3.152 max_d=3.152 avg_d=1.117 std_dev=1.441
P A 0, -0.586, 1.726, 4.038, 4.994 max_d=4.994 avg_d=1.726 std_dev=2.312
O2' B 0, -0.193, 2.143, 4.478, 5.390 max_d=5.390 avg_d=2.143 std_dev=2.335
OP2 A 0, -0.665, 1.911, 4.488, 5.553 max_d=5.553 avg_d=1.911 std_dev=2.576
OP1 A 0, -0.829, 2.476, 5.780, 7.146 max_d=7.146 avg_d=2.476 std_dev=3.305

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.21 0.31 0.18
C2 0.07 0.00 0.10 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06 0.07 0.06 0.25 0.58 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.54 0.29 0.34
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.03 0.08 0.15 0.07 0.05 0.09 0.13 0.09 0.03 0.00 0.02 0.33 0.71 0.16 0.41
C4 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.25 0.30 0.81 0.34
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.10 0.23 0.07 0.05 0.13 0.21 0.11 0.04 0.01 0.00 0.04 0.16 0.18 0.05
C5 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.05 0.53 0.73 1.27 0.72
C5' 0.05 0.05 0.03 0.03 0.15 0.00 0.28 0.00 0.24 0.42 0.13 0.04 0.30 0.42 0.21 0.04 0.00 0.00 0.02 0.13 0.40 0.01
C6 0.03 0.00 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.04 0.42 0.55 1.26 0.59
C8 0.01 0.02 0.06 0.15 0.00 0.23 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.13 0.10 0.85 1.22 1.32 1.05
N1 0.06 0.00 0.06 0.07 0.02 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.06 0.15 0.09 0.92 0.23
N3 0.07 0.00 0.10 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.06 0.08 0.09 0.23 0.45 0.08
N6 0.02 0.02 0.02 0.09 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.04 0.55 0.81 1.53 0.80
N7 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.21 0.01 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.13 0.08 0.86 1.28 1.62 1.15
N9 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.43 0.57 0.79 0.52
O2' 0.02 0.10 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.10 0.06 0.11 0.06 0.10 0.03 0.00 0.04 0.07 0.16 0.36 0.12 0.22
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.13 0.07 0.06 0.10 0.13 0.07 0.04 0.00 0.01 0.34 0.90 0.09 0.46
O4' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.06 0.08 0.04 0.08 0.04 0.07 0.01 0.00 0.11 0.12 0.04 0.09
O5' 0.14 0.06 0.26 0.33 0.25 0.04 0.53 0.02 0.42 0.85 0.15 0.09 0.55 0.86 0.43 0.16 0.34 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.21 0.25 0.54 0.71 0.30 0.16 0.73 0.13 0.55 1.22 0.09 0.23 0.81 1.28 0.57 0.36 0.90 0.12 0.02 0.00 0.06 0.00
OP2 0.31 0.58 0.29 0.16 0.81 0.18 1.27 0.40 1.26 1.32 0.92 0.45 1.53 1.62 0.79 0.12 0.09 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00
P 0.18 0.06 0.34 0.41 0.34 0.05 0.72 0.01 0.59 1.05 0.23 0.08 0.80 1.15 0.52 0.22 0.46 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.46 0.15 0.11 0.37 0.44 0.69 0.45 0.72 0.32 0.45 0.90 0.13 0.35 0.38 0.53 0.09 0.11 0.09 0.03
C2 0.45 0.36 0.32 0.10 0.43 0.37 0.68 0.19 0.72 0.44 0.37 0.58 0.83 0.45 0.41 0.50 0.09 0.04 0.16 0.08
C2' 0.18 0.50 0.33 0.18 0.37 0.45 0.69 0.61 0.71 0.28 0.46 0.97 0.20 0.23 0.38 0.53 0.17 0.17 0.02 0.11
C3' 0.06 0.69 0.57 0.41 0.32 0.16 0.47 0.20 0.49 0.17 0.64 1.20 0.37 0.05 0.37 0.33 0.04 0.02 0.09 0.01
C4 0.46 0.36 0.27 0.10 0.44 0.41 0.72 0.22 0.76 0.45 0.38 0.63 0.76 0.47 0.43 0.54 0.06 0.01 0.17 0.07
C4' 0.06 0.77 0.56 0.39 0.36 0.13 0.41 0.10 0.44 0.18 0.75 1.29 0.32 0.04 0.44 0.28 0.07 0.02 0.24 0.09
C5 0.61 0.37 0.53 0.20 0.51 0.40 0.77 0.09 0.83 0.56 0.39 0.48 1.16 0.57 0.48 0.57 0.07 0.04 0.22 0.11
C5' 0.15 0.88 0.65 0.53 0.49 0.10 0.28 0.26 0.28 0.27 0.90 1.40 0.30 0.14 0.60 0.11 0.19 0.12 0.36 0.18
C6 0.66 0.40 0.65 0.25 0.54 0.38 0.78 0.05 0.83 0.61 0.42 0.42 1.34 0.59 0.51 0.55 0.08 0.05 0.21 0.11
C8 0.55 0.36 0.35 0.16 0.49 0.46 0.78 0.16 0.84 0.52 0.39 0.60 0.87 0.53 0.47 0.61 0.04 0.04 0.24 0.11
N1 0.57 0.37 0.52 0.17 0.49 0.37 0.73 0.11 0.78 0.53 0.38 0.47 1.14 0.52 0.46 0.52 0.09 0.03 0.19 0.09
N3 0.38 0.39 0.19 0.10 0.40 0.39 0.67 0.26 0.71 0.39 0.40 0.69 0.60 0.41 0.40 0.51 0.09 0.05 0.15 0.06
N6 0.81 0.52 0.89 0.38 0.64 0.39 0.84 0.04 0.90 0.73 0.51 0.43 1.69 0.67 0.60 0.58 0.10 0.09 0.22 0.13
N7 0.68 0.39 0.62 0.27 0.54 0.42 0.80 0.04 0.87 0.62 0.41 0.45 1.28 0.61 0.51 0.60 0.09 0.07 0.26 0.14
N9 0.41 0.39 0.15 0.08 0.43 0.44 0.72 0.29 0.77 0.42 0.40 0.73 0.55 0.44 0.42 0.56 0.05 0.03 0.17 0.06
O2' 0.14 0.53 0.41 0.13 0.36 0.53 0.75 0.82 0.75 0.25 0.47 1.03 0.45 0.32 0.38 0.55 0.23 0.28 0.05 0.17
O3' 0.24 0.86 0.88 0.56 0.35 0.03 0.36 0.17 0.35 0.25 0.79 1.42 0.78 0.23 0.41 0.21 0.02 0.00 0.02 0.00
O4' 0.19 0.56 0.27 0.18 0.33 0.33 0.58 0.27 0.62 0.23 0.56 1.03 0.04 0.26 0.37 0.46 0.05 0.06 0.16 0.02
O5' 0.62 1.31 1.01 1.00 0.89 0.66 0.39 0.90 0.28 0.72 1.31 1.79 0.54 0.58 0.99 0.46 0.75 0.55 0.83 0.64
OP1 1.90 2.72 2.17 2.03 2.32 1.85 1.76 2.11 1.63 2.08 2.76 3.20 1.64 1.56 2.43 1.78 1.69 1.48 1.95 1.56
OP2 0.88 1.34 1.23 1.35 0.94 1.14 0.54 1.40 0.50 0.89 1.31 1.76 0.70 1.12 1.00 0.84 0.85 0.43 0.50 0.47
P 1.06 1.75 1.39 1.39 1.38 1.16 0.87 1.46 0.77 1.18 1.78 2.20 0.85 1.00 1.48 0.97 1.08 0.84 1.15 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.30 0.01 0.00 0.05 0.58 0.17 0.28
C2 0.03 0.00 0.20 0.17 0.00 0.30 0.01 0.60 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.27 0.00 0.23 0.53 1.10 0.87 0.89
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.19 0.15 0.03 0.14 0.33 0.00 0.03 0.03 0.03 0.53 1.24 0.73 0.90
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.32 0.01 0.57 0.01 0.58 0.19 0.12 0.48 0.01 0.01 0.33 0.02 0.45 0.65 0.49 0.58
C4 0.02 0.00 0.03 0.32 0.00 0.15 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.07 0.00 0.07 0.34 0.40 0.55 0.40
C4' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.15 0.00 0.41 0.00 0.46 0.09 0.20 0.65 0.27 0.01 0.15 0.00 0.02 0.16 0.13 0.08
C5 0.01 0.01 0.11 0.57 0.00 0.41 0.00 0.61 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.24 0.01 0.21 0.58 0.29 0.54 0.44
C5' 0.07 0.60 0.19 0.01 0.28 0.00 0.61 0.00 0.64 0.16 0.47 1.17 0.08 0.22 0.30 0.01 0.00 0.21 0.30 0.00
C6 0.01 0.00 0.15 0.58 0.01 0.46 0.00 0.64 0.00 0.01 0.00 0.01 0.45 0.21 0.01 0.26 0.59 0.21 0.48 0.40
N1 0.01 0.00 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.01 0.04 0.19 0.49 0.32 0.29
N3 0.03 0.00 0.14 0.12 0.00 0.20 0.01 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.14 0.00 0.15 0.45 0.92 0.85 0.78
O2 0.05 0.00 0.33 0.48 0.00 0.65 0.01 1.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.49 0.00 0.44 1.04 1.67 1.43 1.47
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.40 0.27 0.49 0.08 0.45 0.22 0.26 0.16 0.00 0.03 0.42 0.18 0.29 1.31 0.53 0.78
O3' 0.30 0.27 0.03 0.01 0.07 0.01 0.24 0.22 0.21 0.10 0.14 0.49 0.03 0.00 0.10 0.19 0.22 0.39 0.27 0.30
O4 0.01 0.00 0.03 0.33 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.10 0.00 0.07 0.36 0.42 0.62 0.45
O4' 0.00 0.23 0.03 0.02 0.07 0.00 0.21 0.01 0.26 0.04 0.15 0.44 0.18 0.19 0.07 0.00 0.31 0.15 0.18 0.13
O5' 0.05 0.53 0.53 0.45 0.34 0.02 0.58 0.00 0.59 0.19 0.45 1.04 0.29 0.22 0.36 0.31 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.58 1.10 1.24 0.65 0.40 0.16 0.29 0.21 0.21 0.49 0.92 1.67 1.31 0.39 0.42 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.87 0.73 0.49 0.55 0.13 0.54 0.30 0.48 0.32 0.85 1.43 0.53 0.27 0.62 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.28 0.89 0.90 0.58 0.40 0.08 0.44 0.00 0.40 0.29 0.78 1.47 0.78 0.30 0.45 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00