ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48161

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
P B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
OP2 B 0, 0.000, 0.733, 1.465, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.733 std_dev=0.733
O4' A 0, 0.000, 1.059, 2.118, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.059 std_dev=1.059
OP1 B 0, 0.000, 1.159, 2.319, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.159 std_dev=1.159
C2' A 0, 0.000, 1.211, 2.422, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.211 std_dev=1.211
O3' A 0, 0.000, 1.301, 2.602, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.301 std_dev=1.301
C3' A 0, 0.000, 1.387, 2.774, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.387 std_dev=1.387
C4' A 0, 0.000, 1.403, 2.805, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.403 std_dev=1.403
O5' B 0, 0.000, 1.663, 3.325, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.663 std_dev=1.663
O2' A 0, 0.000, 1.821, 3.642, 3.642 max_d=3.642 avg_d=1.821 std_dev=1.821
O5' A 0, 0.000, 2.429, 4.858, 4.858 max_d=4.858 avg_d=2.429 std_dev=2.429
C5' A 0, 0.000, 2.592, 5.183, 5.183 max_d=5.183 avg_d=2.592 std_dev=2.592
C5' B 0, 0.000, 2.729, 5.458, 5.458 max_d=5.458 avg_d=2.729 std_dev=2.729
OP2 A 0, 0.000, 2.844, 5.689, 5.689 max_d=5.689 avg_d=2.844 std_dev=2.844
P A 0, 0.000, 3.374, 6.747, 6.747 max_d=6.747 avg_d=3.374 std_dev=3.374
C4' B 0, 0.000, 3.883, 7.766, 7.766 max_d=7.766 avg_d=3.883 std_dev=3.883
OP1 A 0, 0.000, 4.156, 8.313, 8.313 max_d=8.313 avg_d=4.156 std_dev=4.156
O4' B 0, 0.000, 4.175, 8.350, 8.350 max_d=8.350 avg_d=4.175 std_dev=4.175
C3' B 0, 0.000, 4.783, 9.566, 9.566 max_d=9.566 avg_d=4.783 std_dev=4.783
C6 B 0, 0.000, 4.932, 9.864, 9.864 max_d=9.864 avg_d=4.932 std_dev=4.932
C1' B 0, 0.000, 5.281, 10.561, 10.561 max_d=10.561 avg_d=5.281 std_dev=5.281
C2' B 0, 0.000, 5.455, 10.911, 10.911 max_d=10.911 avg_d=5.455 std_dev=5.455
C5 B 0, 0.000, 5.531, 11.061, 11.061 max_d=11.061 avg_d=5.531 std_dev=5.531
N1 B 0, 0.000, 5.543, 11.086, 11.086 max_d=11.086 avg_d=5.543 std_dev=5.543
O3' B 0, 0.000, 5.773, 11.546, 11.546 max_d=11.546 avg_d=5.773 std_dev=5.773
C2 B 0, 0.000, 6.651, 13.301, 13.301 max_d=13.301 avg_d=6.651 std_dev=6.651
C4 B 0, 0.000, 6.661, 13.321, 13.321 max_d=13.321 avg_d=6.661 std_dev=6.661
O2' B 0, 0.000, 6.754, 13.509, 13.509 max_d=13.509 avg_d=6.754 std_dev=6.754
N3 B 0, 0.000, 7.066, 14.132, 14.132 max_d=14.132 avg_d=7.066 std_dev=7.066
O2 B 0, 0.000, 7.358, 14.716, 14.716 max_d=14.716 avg_d=7.358 std_dev=7.358
O4 B 0, 0.000, 7.396, 14.792, 14.792 max_d=14.792 avg_d=7.396 std_dev=7.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.17 0.21 0.07 0.13
C2 0.05 0.00 0.27 0.05 0.01 0.36 0.00 0.59 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.43 0.02 0.44 0.83 1.07 0.69 0.94
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.06 0.06 0.12 0.13 0.21 0.26 0.08 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.41 0.41 0.36 0.33
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.18 0.28 0.11 0.03 0.21 0.28 0.15 0.00 0.00 0.01 0.28 0.33 0.26 0.17
C4 0.02 0.01 0.14 0.12 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.23 0.47 0.53 0.42 0.51
C4' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.08 0.32 0.24 0.36 0.00 0.24 0.07 0.19 0.02 0.00 0.01 0.16 0.16 0.09
C5 0.01 0.00 0.06 0.20 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.08 0.33 0.33 0.41 0.40
C5' 0.00 0.59 0.06 0.00 0.18 0.01 0.05 0.00 0.11 0.53 0.40 0.56 0.01 0.42 0.12 0.12 0.10 0.01 0.01 0.24 0.01 0.02
C6 0.02 0.00 0.12 0.18 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.49 0.55 0.55 0.60
C8 0.02 0.00 0.13 0.28 0.00 0.32 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.53 0.06 0.26 0.12 0.23 0.07 0.10
N1 0.04 0.00 0.21 0.11 0.01 0.24 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.03 0.33 0.71 0.90 0.68 0.84
N3 0.05 0.00 0.26 0.03 0.00 0.36 0.01 0.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.44 0.05 0.46 0.75 0.94 0.57 0.81
N6 0.01 0.00 0.08 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.10 0.11 0.40 0.42 0.55 0.53
N7 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.24 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.10 0.15 0.01 0.11 0.21 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.01 0.19 0.18 0.20 0.19
O2' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.10 0.19 0.12 0.12 0.01 0.53 0.25 0.44 0.12 0.44 0.16 0.00 0.05 0.13 0.12 0.12 0.01 0.01
O3' 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.07 0.06 0.03 0.05 0.10 0.10 0.02 0.05 0.00 0.08 0.03 0.09 0.13 0.18
O4' 0.00 0.44 0.02 0.01 0.23 0.00 0.08 0.01 0.17 0.26 0.33 0.46 0.11 0.15 0.01 0.13 0.08 0.00 0.04 0.14 0.09 0.01
O5' 0.17 0.83 0.41 0.28 0.47 0.01 0.33 0.01 0.49 0.12 0.71 0.75 0.40 0.01 0.19 0.12 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 1.07 0.41 0.33 0.53 0.16 0.33 0.24 0.55 0.23 0.90 0.94 0.42 0.11 0.18 0.12 0.09 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.69 0.36 0.26 0.42 0.16 0.41 0.01 0.55 0.07 0.68 0.57 0.55 0.21 0.20 0.01 0.13 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.94 0.33 0.17 0.51 0.09 0.40 0.02 0.60 0.10 0.84 0.81 0.53 0.06 0.19 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 1.51 0.35 0.45 2.78 0.62 2.53 0.34 1.76 1.25 2.24 1.09 0.30 1.17 3.30 0.08 0.09 0.45 0.21 0.13
C2 1.87 3.40 1.89 0.88 4.25 0.50 3.54 0.37 2.87 2.76 4.15 3.24 2.14 0.35 4.78 1.14 0.54 0.54 0.05 0.05
C2' 0.09 0.86 0.07 0.60 2.07 0.82 1.96 0.40 1.27 0.71 1.52 0.43 0.01 1.34 2.52 0.46 0.02 0.43 0.11 0.08
C3' 1.13 0.10 0.99 1.65 1.20 1.85 1.05 1.36 0.30 0.29 0.61 0.53 1.06 2.38 1.74 1.48 0.92 1.15 0.97 0.88
C4 1.47 2.82 1.51 0.57 3.77 0.22 3.25 0.18 2.58 2.35 3.51 2.55 1.65 0.00 4.20 0.81 0.41 0.50 0.01 0.08
C4' 1.22 0.01 1.25 2.03 1.39 2.10 1.12 1.67 0.29 0.28 0.80 0.43 1.32 2.80 2.03 1.56 1.10 1.25 1.22 1.08
C5 1.93 3.23 2.04 1.08 3.81 0.62 3.30 0.43 2.78 2.72 3.76 3.06 2.27 0.62 4.08 1.19 0.55 0.44 0.16 0.03
C5' 2.03 0.72 2.10 2.93 0.62 2.99 0.27 2.58 0.56 1.08 0.09 1.08 2.10 3.61 1.29 2.38 1.92 1.79 1.84 1.76
C6 2.35 3.75 2.46 1.46 4.11 0.94 3.48 0.63 3.01 3.10 4.24 3.72 2.83 1.07 4.38 1.53 0.67 0.43 0.21 0.01
C8 1.14 2.19 1.25 0.43 2.96 0.06 2.71 0.05 2.18 1.90 2.69 1.91 1.31 0.08 3.22 0.57 0.29 0.40 0.05 0.09
N1 2.27 3.78 2.33 1.30 4.32 0.83 3.60 0.57 3.04 3.08 4.40 3.75 2.69 0.87 4.71 1.46 0.65 0.49 0.15 0.01
N3 1.45 2.91 1.46 0.49 3.97 0.18 3.36 0.17 2.62 2.38 3.69 2.64 1.61 0.11 4.55 0.81 0.42 0.55 0.03 0.09
N6 2.73 4.00 2.91 1.90 4.03 1.29 3.42 0.85 3.08 3.33 4.30 4.14 3.42 1.64 4.21 1.83 0.77 0.35 0.32 0.07
N7 1.78 2.83 1.94 1.07 3.30 0.58 2.95 0.39 2.55 2.47 3.22 2.65 2.11 0.63 3.48 1.08 0.50 0.36 0.22 0.02
N9 0.96 2.16 1.00 0.14 3.21 0.15 2.88 0.06 2.19 1.83 2.82 1.83 1.05 0.46 3.62 0.41 0.25 0.48 0.08 0.12
O2' 0.28 1.03 0.43 0.13 2.26 0.23 2.32 0.33 1.70 1.03 1.64 0.51 0.23 0.96 2.64 0.06 0.76 0.44 0.67 0.78
O3' 1.43 0.55 1.26 1.79 0.84 1.91 0.81 1.27 0.07 0.62 0.16 1.05 1.41 2.57 1.38 1.65 0.80 0.97 0.75 0.65
O4' 0.36 0.93 0.43 1.29 2.26 1.40 1.90 1.14 1.08 0.59 1.73 0.54 0.45 2.00 2.88 0.79 0.62 0.96 0.88 0.76
O5' 1.94 0.71 2.06 2.86 0.57 2.77 0.26 2.35 0.51 1.03 0.06 1.08 2.15 3.61 1.18 2.20 1.60 1.28 1.35 1.33
OP1 2.93 1.73 3.27 3.91 0.47 3.55 0.79 3.16 1.56 2.06 0.96 2.07 3.49 4.49 0.19 3.03 2.26 1.66 1.68 1.77
OP2 2.65 1.71 2.71 3.23 0.37 2.97 0.50 2.35 1.19 1.83 0.98 2.20 3.06 4.14 0.19 2.65 1.56 0.98 1.06 1.08
P 2.74 1.59 2.90 3.58 0.30 3.32 0.57 2.81 1.31 1.86 0.82 1.97 3.09 4.39 0.31 2.86 1.98 1.45 1.48 1.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.00 0.26 0.10 0.20 0.20
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.01 0.43 0.20 0.72 0.52
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.42 0.37 0.36
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.19 0.40 0.08 0.14
C4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.00 0.02 0.60 0.44 1.26 0.89
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.44 0.17
C5 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.04 0.00 0.04 0.63 0.52 1.28 0.94
C5' 0.01 0.04 0.06 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.11 0.04 0.08 0.00 0.04 0.04 0.13 0.00 0.00 0.34 0.23 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.01 0.04 0.58 0.42 1.00 0.76
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.00 0.43 0.24 0.67 0.51
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.00 0.00 0.52 0.31 1.01 0.71
O2 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.20 0.00 0.04 0.34 0.09 0.50 0.36
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.03 0.14 0.04 0.12 0.06 0.07 0.05 0.00 0.04 0.12 0.03 0.29 0.43 0.34 0.34
O3' 0.11 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.04 0.03 0.10 0.13 0.20 0.04 0.00 0.08 0.04 0.07 0.19 0.46 0.11
O4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.08 0.00 0.02 0.63 0.49 1.39 0.97
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.09 0.13 0.15 0.05
O5' 0.26 0.43 0.30 0.19 0.60 0.00 0.63 0.00 0.58 0.43 0.52 0.34 0.29 0.07 0.63 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.10 0.20 0.42 0.40 0.44 0.03 0.52 0.34 0.42 0.24 0.31 0.09 0.43 0.19 0.49 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.72 0.37 0.08 1.26 0.44 1.28 0.23 1.00 0.67 1.01 0.50 0.34 0.46 1.39 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.52 0.36 0.14 0.89 0.17 0.94 0.01 0.76 0.51 0.71 0.36 0.34 0.11 0.97 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00