ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48162

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O3' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N3 B 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2 B 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.000, 0.081, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O2 B 0, 0.000, 0.085, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.085 std_dev=0.085
OP1 B 0, 0.000, 0.094, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.094 std_dev=0.094
OP1 A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
P B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C2' B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
P A 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C4 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C3' B 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
OP2 B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O3' B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
OP2 A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C5' B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O4 B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C4' B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O4' B 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03
C5' 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05
N1 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
N6 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
N7 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.06 0.05
N9 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
O2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O3' 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
O4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
O5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.00 0.06 0.03 0.07 0.02 0.13 0.00 0.13 0.05 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01
C2 0.05 0.01 0.07 0.03 0.10 0.02 0.17 0.01 0.16 0.07 0.03 0.05 0.10 0.02 0.10 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02
C2' 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04
C3' 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.10 0.01 0.09 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01
C4 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.15 0.02 0.14 0.05 0.02 0.06 0.08 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03
C4' 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.09 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.15 0.04 0.14 0.05 0.02 0.06 0.07 0.02 0.10 0.03 0.04 0.01 0.08 0.05
C5' 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
C6 0.02 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.16 0.04 0.15 0.06 0.03 0.05 0.09 0.01 0.10 0.02 0.03 0.00 0.07 0.04
C8 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.14 0.04 0.13 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.09 0.03 0.03 0.00 0.07 0.04
N1 0.04 0.01 0.06 0.02 0.10 0.00 0.16 0.03 0.15 0.06 0.03 0.06 0.10 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03
N3 0.04 0.00 0.06 0.03 0.09 0.01 0.16 0.01 0.15 0.06 0.02 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
N6 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.03 0.16 0.05 0.14 0.05 0.03 0.05 0.09 0.01 0.11 0.03 0.04 0.00 0.08 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.14 0.07 0.12 0.03 0.01 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.06 0.02 0.09 0.06
N9 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.14 0.02 0.13 0.05 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03
O2' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.04 0.08 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.09 0.07
O3' 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.09 0.02 0.09 0.03 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01
O4' 0.04 0.00 0.07 0.04 0.08 0.04 0.15 0.03 0.14 0.06 0.02 0.06 0.07 0.00 0.07 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03
O5' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
OP1 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.02 0.04 0.10 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.09 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
P 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.04 0.09 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.10 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.05 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.18 0.13
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.11 0.15 0.22 0.16
C5' 0.03 0.05 0.04 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.06 0.04 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.10 0.13 0.20 0.15
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.02 0.01 0.05 0.07 0.13 0.09
O2 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.07 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.04
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.10 0.17 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
O4 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.19 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O5' 0.02 0.04 0.05 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.07 0.04 0.11 0.02 0.15 0.01 0.13 0.07 0.07 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.10 0.05 0.18 0.03 0.22 0.02 0.20 0.13 0.13 0.06 0.11 0.01 0.19 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.07 0.04 0.13 0.02 0.16 0.01 0.15 0.09 0.09 0.04 0.08 0.00 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00